More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3877 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3877  hypothetical protein  100 
 
 		 255 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.282753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4166  hypothetical protein  89.76 
 
 		 267 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.206924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4844  protein of unknown function DUF152  79.45 
 
 		 257 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3093  hypothetical protein  75.2 
 
 		 256 aa  404  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2502  hypothetical protein  74.9 
 
 		 256 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.341887  normal  0.521161 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1411  hypothetical protein  71.37 
 
 		 258 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0881104  normal  0.275348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1763  hypothetical protein  73.86 
 
 		 242 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3533  hypothetical protein  60.24 
 
 		 256 aa  305  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.406811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2550  hypothetical protein  61.02 
 
 		 255 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.810005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1133  protein of unknown function DUF152  62.4 
 
 		 261 aa  298  4e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0471176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5410  hypothetical protein  58.66 
 
 		 259 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2760  protein of unknown function DUF152  60.63 
 
 		 264 aa  291  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3291  hypothetical protein  55.69 
 
 		 255 aa  290  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.613887  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3109  protein of unknown function DUF152  57.09 
 
 		 255 aa  289  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.158574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5255  protein of unknown function DUF152  56.08 
 
 		 255 aa  288  6e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76056  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2883  hypothetical protein  56.69 
 
 		 255 aa  287  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0393736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3023  protein of unknown function DUF152  59.84 
 
 		 264 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3006  protein of unknown function DUF152  57.09 
 
 		 255 aa  287  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2260  hypothetical protein  55.91 
 
 		 255 aa  282  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.516462  normal  0.73418 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2254  hypothetical protein  59.59 
 
 		 264 aa  278  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3173  hypothetical protein  57.25 
 
 		 276 aa  278  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2152  hypothetical protein  56.13 
 
 		 264 aa  275  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144936  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1530  hypothetical protein  55 
 
 		 283 aa  265  5e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1479  hypothetical protein  55 
 
 		 265 aa  264  8.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0106997  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1637  hypothetical protein  54.62 
 
 		 265 aa  257  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.491316  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0643  hypothetical protein  51.37 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3271  hypothetical protein  53.69 
 
 		 252 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3335  hypothetical protein  55.91 
 
 		 248 aa  238  6.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.466504 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0258  hypothetical protein  56.73 
 
 		 250 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.626731 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0996  hypothetical protein  45.45 
 
 		 263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.063722  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2651  hypothetical protein  53.15 
 
 		 252 aa  232  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.683201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0618  hypothetical protein  52.55 
 
 		 255 aa  225  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.506998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0485  hypothetical protein  54.55 
 
 		 253 aa  226  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.379995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2211  hypothetical protein  53.17 
 
 		 254 aa  223  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1578  hypothetical protein  56.33 
 
 		 250 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0230  hypothetical protein  57.32 
 
 		 250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4772  hypothetical protein  51.97 
 
 		 257 aa  218  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00107349  normal  0.0417622 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1091  protein of unknown function DUF152  53.56 
 
 		 273 aa  208  9e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.247412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0672  hypothetical protein  50.59 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1128  hypothetical protein  39.6 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.390835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0423  hypothetical protein  46.94 
 
 		 247 aa  174  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2463  hypothetical protein  43.06 
 
 		 212 aa  145  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.299947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0152  protein of unknown function DUF152  41.13 
 
 		 259 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0261  hypothetical protein  41.28 
 
 		 255 aa  139  4.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.270785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0879  hypothetical protein  40.64 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0208806  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0947  hypothetical protein  38.24 
 
 		 244 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.398421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0670  hypothetical protein  40.66 
 
 		 246 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0727  hypothetical protein  36.77 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11950  hypothetical protein  39.46 
 
 		 242 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3126  protein of unknown function DUF152  44.44 
 
 		 260 aa  135  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2304  hypothetical protein  38.71 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0338  protein of unknown function DUF152  34.98 
 
 		 267 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000382886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4546  hypothetical protein  39.91 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2020  protein of unknown function DUF152  40.52 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0664  hypothetical protein  40.36 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326173  normal  0.173002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5182  hypothetical protein  39.29 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0828  hypothetical protein  35.87 
 
 		 242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437893  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1871  hypothetical protein  39.75 
 
 		 236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0624  hypothetical protein  39.91 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1419  hypothetical protein  42.86 
 
 		 227 aa  129  6e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0337019  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0177  protein of unknown function DUF152  40.81 
 
 		 260 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.51612 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1114  hypothetical protein  41.52 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4835  hypothetical protein  39.63 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0239  hypothetical protein  34.6 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22760  conserved hypothetical protein TIGR00726  39.91 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.430765  normal  0.0380699 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3013  protein of unknown function DUF152  40.09 
 
 		 252 aa  125  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60200  hypothetical protein  37.95 
 
 		 242 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000445092 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0061  hypothetical protein  34.18 
 
 		 255 aa  125  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.102372  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27360  conserved hypothetical protein TIGR00726  38.57 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3434  hypothetical protein  35.91 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2111  hypothetical protein  40.89 
 
 		 238 aa  121  9e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.972024 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3397  protein of unknown function DUF152  34.92 
 
 		 264 aa  121  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.97667  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09200  conserved hypothetical protein TIGR00726  36.75 
 
 		 268 aa  120  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000514042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3460  protein of unknown function DUF152  34.92 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1653  hypothetical protein  31.33 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00346479  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0970  hypothetical protein  36.1 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33357 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1345  hypothetical protein  39.75 
 
 		 265 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0816  protein of unknown function DUF152  39.63 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.245631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2604  hypothetical protein  37.97 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000133256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5093  hypothetical protein  39.35 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196567  hitchhiker  0.00745461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1079  protein of unknown function DUF152  37.79 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000618765  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0083  hypothetical protein  33.96 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0117  hypothetical protein  33.04 
 
 		 270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0615841  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2642  protein of unknown function DUF152  37.84 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1076  protein of unknown function DUF152  35.78 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1599  protein of unknown function DUF152  41 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.149332  normal  0.694465 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2888  protein of unknown function DUF152  33.64 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000159444  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3165  hypothetical protein  34.36 
 
 		 248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0488343  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0882  hypothetical protein  33.47 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000314964  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2974  hypothetical protein  37.33 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00490626  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3834  hypothetical protein  37.79 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000211618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0811  hypothetical protein  38.99 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.101718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2773  hypothetical protein  36.87 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000469937  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2990  hypothetical protein  36.87 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2876  hypothetical protein  36.87 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.391481  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2878  hypothetical protein  36.87 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.334761 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1812  hypothetical protein  35.1 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246229  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1323  hypothetical protein  35.1 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0453864  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2204  hypothetical protein  35.1 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0084  hypothetical protein  35.1 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>