More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3416 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  73.5 
 
 		 440 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  76.08 
 
 		 436 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  74.36 
 
 		 437 aa  677    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  75.17 
 
 		 437 aa  659    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  73.79 
 
 		 438 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  86.62 
 
 		 443 aa  783    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  72.71 
 
 		 447 aa  641    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  73.78 
 
 		 437 aa  664    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  73.1 
 
 		 438 aa  658    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  75.98 
 
 		 438 aa  689    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  92.74 
 
 		 444 aa  837    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 442 aa  901    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  92.06 
 
 		 443 aa  828    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  88.44 
 
 		 446 aa  797    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  77.26 
 
 		 440 aa  689    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  87.56 
 
 		 444 aa  795    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  73.96 
 
 		 440 aa  672    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  74.6 
 
 		 437 aa  679    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  77.96 
 
 		 436 aa  700    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  88.21 
 
 		 443 aa  804    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  76.96 
 
 		 435 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  73.84 
 
 		 435 aa  670    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  73.58 
 
 		 437 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  68.9 
 
 		 439 aa  615  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  71.46 
 
 		 437 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  68.21 
 
 		 434 aa  583  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  67.38 
 
 		 439 aa  568  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  62.23 
 
 		 431 aa  552  1e-156  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  62.14 
 
 		 463 aa  541  1e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  65.18 
 
 		 443 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  66.9 
 
 		 436 aa  540  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  64.25 
 
 		 433 aa  531  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  63.74 
 
 		 442 aa  529  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  63.9 
 
 		 437 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  61.61 
 
 		 436 aa  526  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  63.66 
 
 		 437 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  64.75 
 
 		 481 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  63.66 
 
 		 437 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  62.88 
 
 		 452 aa  517  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  61.08 
 
 		 473 aa  505  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  62.27 
 
 		 435 aa  498  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  62.67 
 
 		 444 aa  495  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  61.54 
 
 		 439 aa  495  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  53.88 
 
 		 447 aa  452  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  54.27 
 
 		 440 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  53.33 
 
 		 440 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  53.33 
 
 		 441 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  53.33 
 
 		 441 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  54.05 
 
 		 441 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  52.86 
 
 		 440 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  52.58 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  51.83 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  53.07 
 
 		 441 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  52.83 
 
 		 441 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  52.59 
 
 		 441 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  51.39 
 
 		 459 aa  412  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  49.55 
 
 		 453 aa  413  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  52.11 
 
 		 505 aa  413  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  52.01 
 
 		 441 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  47.71 
 
 		 441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  50.59 
 
 		 485 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  48.12 
 
 		 448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  46.9 
 
 		 440 aa  402  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  50.59 
 
 		 447 aa  402  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  51.77 
 
 		 451 aa  404  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  50.8 
 
 		 447 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  52.02 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  50.57 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  48.82 
 
 		 435 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  48.55 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1766  recombination factor protein RarA  52.4 
 
 		 474 aa  396  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  50.45 
 
 		 446 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  51.49 
 
 		 449 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  52.12 
 
 		 435 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  48.83 
 
 		 437 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  46.05 
 
 		 447 aa  392  1e-108  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  51.82 
 
 		 435 aa  393  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  50.48 
 
 		 443 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  49.64 
 
 		 442 aa  395  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  46.65 
 
 		 435 aa  391  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 455 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  47.61 
 
 		 457 aa  388  1e-107  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  49.52 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 459 aa  390  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1651  recombination factor protein RarA  48.2 
 
 		 444 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0230087 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  49.52 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  50.48 
 
 		 437 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  50.95 
 
 		 437 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  49.28 
 
 		 443 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  50.6 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  48.33 
 
 		 443 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  49.07 
 
 		 444 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  48.31 
 
 		 443 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 442 aa  386  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>