More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0788 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  78.49 
 
 		 437 aa  681    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  78.72 
 
 		 437 aa  683    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  79.18 
 
 		 437 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  73.46 
 
 		 436 aa  640    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  76.98 
 
 		 443 aa  669    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 442 aa  889    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  74.15 
 
 		 436 aa  629  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  64.75 
 
 		 439 aa  553  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  64.09 
 
 		 440 aa  543  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  64.24 
 
 		 436 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  62.56 
 
 		 437 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  62.33 
 
 		 437 aa  532  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  63.91 
 
 		 438 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  63.92 
 
 		 444 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  64.37 
 
 		 443 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  64.11 
 
 		 444 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  63.01 
 
 		 438 aa  530  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  63.21 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  62.7 
 
 		 435 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  63.45 
 
 		 438 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  62.97 
 
 		 446 aa  527  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  62.71 
 
 		 443 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  62.24 
 
 		 436 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  63.99 
 
 		 434 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  61.81 
 
 		 431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  61.37 
 
 		 463 aa  515  1.0000000000000001e-145  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  63.74 
 
 		 442 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  60.57 
 
 		 439 aa  514  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  62.15 
 
 		 473 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  61.38 
 
 		 447 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  61.1 
 
 		 435 aa  510  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  61.04 
 
 		 440 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  60.59 
 
 		 437 aa  502  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  60.59 
 
 		 440 aa  501  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  61.78 
 
 		 452 aa  499  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  59.73 
 
 		 437 aa  495  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  63.13 
 
 		 444 aa  496  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  60.55 
 
 		 439 aa  494  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  63.57 
 
 		 435 aa  494  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  62.29 
 
 		 437 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  60.64 
 
 		 481 aa  486  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  61.11 
 
 		 437 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  60.14 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  55.19 
 
 		 453 aa  448  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  54.46 
 
 		 447 aa  447  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  53.88 
 
 		 437 aa  438  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  54.63 
 
 		 449 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  53.24 
 
 		 446 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  53.41 
 
 		 437 aa  435  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  54.94 
 
 		 435 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  55.53 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2338  recombination factor protein RarA  52.09 
 
 		 449 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.420388 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0796  recombination factor protein RarA  51.29 
 
 		 455 aa  425  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  54.63 
 
 		 442 aa  425  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  54.52 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  54.52 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 440 aa  425  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  55.15 
 
 		 427 aa  428  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1122  recombination factor protein RarA  53.49 
 
 		 443 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0552039  normal  0.120002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  54.22 
 
 		 432 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 442 aa  425  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0707  recombination factor protein RarA  52.01 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.56713  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  55.06 
 
 		 441 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 		 437 aa  421  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  54 
 
 		 441 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  53.78 
 
 		 441 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  53.44 
 
 		 440 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1766  recombination factor protein RarA  53.53 
 
 		 474 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  53.59 
 
 		 435 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  52.94 
 
 		 430 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  51.05 
 
 		 445 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 455 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1728  recombination factor protein RarA  51.95 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1761  recombination factor protein RarA  53.4 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  51.88 
 
 		 441 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  51.38 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  50.33 
 
 		 459 aa  415  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  52.41 
 
 		 441 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  50.23 
 
 		 436 aa  413  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  52.19 
 
 		 440 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1728  recombination factor protein RarA  51.95 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  51.79 
 
 		 437 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  50.82 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1516  AAA ATPase central domain protein  51.03 
 
 		 433 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  52.64 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0758  recombination factor protein RarA  53.08 
 
 		 447 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000599835 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1873  recombination factor protein RarA  51.63 
 
 		 462 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5359  recombination factor protein RarA  51.16 
 
 		 434 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 443 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0977  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>