More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1287 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_1761  recombination factor protein RarA  83.57 
 
 
452 aa  706    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  81.03 
 
 
435 aa  713    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  80 
 
 
427 aa  701    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  80.76 
 
 
442 aa  709    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  100 
 
 
430 aa  874    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  79.95 
 
 
432 aa  707    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  80.42 
 
 
442 aa  708    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.263258 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1122  recombination factor protein RarA  74.64 
 
 
443 aa  629  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0552039  normal  0.120002 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0758  recombination factor protein RarA  72.08 
 
 
447 aa  594  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000599835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  68.41 
 
 
446 aa  584  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  69.25 
 
 
435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  68.53 
 
 
449 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2338  recombination factor protein RarA  67.82 
 
 
449 aa  568  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.420388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0694  recombination factor protein RarA  69.5 
 
 
445 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  66.59 
 
 
453 aa  568  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  65.41 
 
 
437 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  64.94 
 
 
437 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  62.94 
 
 
437 aa  553  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  65.48 
 
 
436 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  64.13 
 
 
440 aa  549  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  64.78 
 
 
436 aa  549  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0498  recombination factor protein RarA  65.25 
 
 
436 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  64.54 
 
 
436 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0977  recombination factor protein RarA  65.25 
 
 
436 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  64.54 
 
 
436 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2357  recombination factor protein RarA  64.13 
 
 
434 aa  547  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.545615  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
455 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  64.1 
 
 
436 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4080  recombination factor protein RarA  65.01 
 
 
436 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38616  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5359  recombination factor protein RarA  64.76 
 
 
434 aa  541  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144347  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  63.15 
 
 
437 aa  538  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1496  recombination factor protein RarA  67.06 
 
 
442 aa  536  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.410866  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1873  recombination factor protein RarA  63.48 
 
 
462 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1516  AAA ATPase central domain protein  62.15 
 
 
433 aa  521  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1766  recombination factor protein RarA  64.05 
 
 
474 aa  520  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  61.86 
 
 
444 aa  518  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1728  recombination factor protein RarA  60.43 
 
 
434 aa  513  1e-144  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  62.5 
 
 
447 aa  513  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1728  recombination factor protein RarA  60.48 
 
 
434 aa  511  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0179  recombination factor protein RarA  63.18 
 
 
437 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.88179  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  60.18 
 
 
440 aa  497  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  60.18 
 
 
440 aa  498  1e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  61.27 
 
 
441 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  61.5 
 
 
441 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  61.27 
 
 
440 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  60.85 
 
 
441 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  61.5 
 
 
441 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  58.37 
 
 
444 aa  488  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  60.14 
 
 
440 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  60.61 
 
 
441 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  57.08 
 
 
453 aa  487  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  60.85 
 
 
441 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  60.85 
 
 
441 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  59.43 
 
 
440 aa  481  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  60.18 
 
 
435 aa  480  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  60 
 
 
441 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  58.82 
 
 
461 aa  481  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  55.3 
 
 
458 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6768  recombination factor protein RarA  57.24 
 
 
434 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  55.3 
 
 
458 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  55.81 
 
 
445 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  56 
 
 
453 aa  461  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0103  recombination factor protein RarA  55.74 
 
 
439 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  53.49 
 
 
446 aa  456  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  54.76 
 
 
449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  53.88 
 
 
445 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  54.78 
 
 
447 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  53.52 
 
 
443 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  54.69 
 
 
443 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1664  recombination factor protein RarA  53.46 
 
 
442 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0526535  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0796  recombination factor protein RarA  54.55 
 
 
455 aa  451  1e-125  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  53.01 
 
 
443 aa  451  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3254  recombination factor protein RarA  53.55 
 
 
455 aa  451  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0183203  hitchhiker  0.0000000120861 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  53.26 
 
 
443 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0707  recombination factor protein RarA  54.55 
 
 
453 aa  450  1e-125  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.56713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  54.97 
 
 
443 aa  448  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  53.04 
 
 
443 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  53.27 
 
 
443 aa  451  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  54.08 
 
 
447 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  53.02 
 
 
443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  53.26 
 
 
443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  54.08 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  56 
 
 
447 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  54.31 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  54.31 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  53.18 
 
 
443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  52.31 
 
 
443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  53.26 
 
 
443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  55.53 
 
 
427 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>