More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0288 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  79.19 
 
 		 437 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  79.41 
 
 		 437 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  76.92 
 
 		 436 aa  679    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 443 aa  899    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  74.6 
 
 		 436 aa  641    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  76.98 
 
 		 442 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  79.64 
 
 		 437 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  65.71 
 
 		 439 aa  553  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  64.94 
 
 		 446 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  64.81 
 
 		 444 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  63.88 
 
 		 436 aa  551  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  66.03 
 
 		 444 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  63.82 
 
 		 440 aa  548  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  63.66 
 
 		 438 aa  548  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  64.78 
 
 		 443 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  64.65 
 
 		 431 aa  541  1e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  64.54 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  63.81 
 
 		 443 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  62.16 
 
 		 437 aa  541  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  61.94 
 
 		 437 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  61.94 
 
 		 463 aa  536  1e-151  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  64.37 
 
 		 438 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  65.18 
 
 		 442 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  65.24 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  62.39 
 
 		 436 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  62.7 
 
 		 473 aa  533  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  64.05 
 
 		 435 aa  531  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  63.9 
 
 		 438 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  62.05 
 
 		 447 aa  525  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  62.11 
 
 		 437 aa  525  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  60.33 
 
 		 439 aa  522  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  60.76 
 
 		 440 aa  518  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  64.78 
 
 		 435 aa  519  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  60.95 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  60.67 
 
 		 437 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  61.09 
 
 		 452 aa  511  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  60.67 
 
 		 440 aa  514  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  64.24 
 
 		 444 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  63.06 
 
 		 437 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  61.4 
 
 		 433 aa  505  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  59.77 
 
 		 439 aa  492  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  60.78 
 
 		 437 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  60.86 
 
 		 481 aa  488  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  55.12 
 
 		 447 aa  454  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  57.07 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  54.33 
 
 		 437 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  55.53 
 
 		 437 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  55.13 
 
 		 441 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  55.13 
 
 		 449 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  54.5 
 
 		 446 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  54.42 
 
 		 441 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  55.04 
 
 		 440 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  53.9 
 
 		 430 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  53.05 
 
 		 427 aa  431  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  53.3 
 
 		 432 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  55.07 
 
 		 435 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  54.39 
 
 		 440 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  53.7 
 
 		 441 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  53.72 
 
 		 440 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  54.07 
 
 		 441 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  54.33 
 
 		 442 aa  425  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  51.21 
 
 		 440 aa  425  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  51.9 
 
 		 437 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  53.7 
 
 		 441 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1122  recombination factor protein RarA  55.31 
 
 		 443 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0552039  normal  0.120002 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  53.4 
 
 		 442 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  53.59 
 
 		 441 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2357  recombination factor protein RarA  50.34 
 
 		 434 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.545615  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  54.05 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  53.35 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0796  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 455 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  51.45 
 
 		 445 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0707  recombination factor protein RarA  49.07 
 
 		 453 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.56713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  53.11 
 
 		 441 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  51.03 
 
 		 453 aa  420  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  53.25 
 
 		 453 aa  418  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  51.45 
 
 		 443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  51.61 
 
 		 437 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  52.07 
 
 		 436 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  50.24 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  50.48 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  52.21 
 
 		 436 aa  413  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5359  recombination factor protein RarA  50.34 
 
 		 434 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  53.65 
 
 		 435 aa  412  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2338  recombination factor protein RarA  55.4 
 
 		 449 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.420388 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  51.05 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4080  recombination factor protein RarA  52.45 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 443 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 443 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  50.93 
 
 		 447 aa  412  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0498  recombination factor protein RarA  51.82 
 
 		 436 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  50.24 
 
 		 443 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  51.05 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  52.45 
 
 		 436 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0977  recombination factor protein RarA  51.82 
 
 		 436 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 443 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  52.21 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>