More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2022 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  82.62 
 
 		 443 aa  771    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  86 
 
 		 443 aa  808    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  81.04 
 
 		 445 aa  765    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  82.39 
 
 		 443 aa  768    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  82.39 
 
 		 443 aa  770    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 443 aa  919    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  82.39 
 
 		 443 aa  770    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  78.1 
 
 		 443 aa  719    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  86 
 
 		 443 aa  811    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  84.65 
 
 		 443 aa  779    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  81.72 
 
 		 443 aa  768    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  81.94 
 
 		 443 aa  769    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  78.33 
 
 		 443 aa  734    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  82.17 
 
 		 443 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  81.26 
 
 		 443 aa  763    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  78.68 
 
 		 442 aa  723    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1989  recombination factor protein RarA  65.63 
 
 		 447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  65.63 
 
 		 447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1843  recombination factor protein RarA  65.03 
 
 		 448 aa  601  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0939319  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  65.55 
 
 		 447 aa  599  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  65.55 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 447 aa  599  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  65.1 
 
 		 447 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  65.1 
 
 		 447 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 447 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  64.46 
 
 		 447 aa  594  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  65.1 
 
 		 447 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  65.48 
 
 		 449 aa  594  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  65.1 
 
 		 447 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  64.43 
 
 		 447 aa  592  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 447 aa  589  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  63.7 
 
 		 446 aa  585  1e-166  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2594  recombination factor protein RarA  64.14 
 
 		 447 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.558915  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  64.14 
 
 		 451 aa  580  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1615  recombination factor protein RarA  64.13 
 
 		 444 aa  579  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2683  recombination factor protein RarA  64.13 
 
 		 444 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.826715  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1664  recombination factor protein RarA  64.09 
 
 		 442 aa  580  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0526535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  63.92 
 
 		 449 aa  579  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  60.63 
 
 		 445 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  59.86 
 
 		 441 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  59.63 
 
 		 441 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  59.86 
 
 		 441 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  59.86 
 
 		 440 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  58.94 
 
 		 441 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  60.09 
 
 		 440 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  59.4 
 
 		 441 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  59.17 
 
 		 441 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  58.72 
 
 		 441 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  59.17 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  59.4 
 
 		 441 aa  528  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  57.05 
 
 		 447 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  57.24 
 
 		 444 aa  519  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2757  recombination factor protein RarA  56.28 
 
 		 511 aa  518  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3254  recombination factor protein RarA  55.96 
 
 		 455 aa  513  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0183203  hitchhiker  0.0000000120861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  59.21 
 
 		 461 aa  512  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  56.19 
 
 		 440 aa  491  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  55.95 
 
 		 440 aa  489  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  57.5 
 
 		 435 aa  487  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  55.16 
 
 		 444 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  56.35 
 
 		 427 aa  468  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  53.02 
 
 		 453 aa  464  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1122  recombination factor protein RarA  54.04 
 
 		 443 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0552039  normal  0.120002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  50.79 
 
 		 440 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  52.47 
 
 		 436 aa  448  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0498  recombination factor protein RarA  52.47 
 
 		 436 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0977  recombination factor protein RarA  52.47 
 
 		 436 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  52.47 
 
 		 436 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 455 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  52 
 
 		 436 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  53.19 
 
 		 437 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1327  recombination factor protein RarA  54.19 
 
 		 469 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  52.37 
 
 		 437 aa  444  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  51.82 
 
 		 446 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  52.72 
 
 		 437 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4080  recombination factor protein RarA  51.76 
 
 		 436 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  52.26 
 
 		 458 aa  441  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  52.26 
 
 		 458 aa  441  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  51.95 
 
 		 435 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  52.94 
 
 		 427 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  51.61 
 
 		 437 aa  436  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  52.56 
 
 		 435 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  52.62 
 
 		 442 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  52.52 
 
 		 441 aa  437  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  52.24 
 
 		 430 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  52.72 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  52.62 
 
 		 442 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>