More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3636 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  75.23 
 
 		 435 aa  678    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  74.4 
 
 		 447 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  75.9 
 
 		 436 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  74.36 
 
 		 437 aa  675    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 443 aa  897    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  74.77 
 
 		 440 aa  672    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  84.65 
 
 		 443 aa  776    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  74.77 
 
 		 437 aa  672    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  76.98 
 
 		 435 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  86.23 
 
 		 444 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  91.61 
 
 		 444 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  88.21 
 
 		 442 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  91.16 
 
 		 443 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  86.17 
 
 		 446 aa  783    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  74.94 
 
 		 437 aa  662    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  75.06 
 
 		 438 aa  678    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  76.85 
 
 		 436 aa  699    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  78.31 
 
 		 440 aa  686    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  72.58 
 
 		 438 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  74.59 
 
 		 437 aa  678    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  72.85 
 
 		 438 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  75.23 
 
 		 440 aa  679    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  74.06 
 
 		 437 aa  627  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  73.58 
 
 		 437 aa  620  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  67.54 
 
 		 439 aa  607  9.999999999999999e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  67.76 
 
 		 434 aa  583  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  66.43 
 
 		 439 aa  567  1e-160  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  59.86 
 
 		 431 aa  538  9.999999999999999e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  65.48 
 
 		 436 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  63.81 
 
 		 443 aa  532  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  63.55 
 
 		 433 aa  530  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  63.66 
 
 		 437 aa  529  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  63.42 
 
 		 437 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  63.66 
 
 		 437 aa  528  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  62.71 
 
 		 442 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  61.05 
 
 		 436 aa  523  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  64.11 
 
 		 481 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  59.95 
 
 		 463 aa  521  1e-146  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  61.97 
 
 		 473 aa  514  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  62.7 
 
 		 435 aa  508  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  61.19 
 
 		 452 aa  502  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  61.73 
 
 		 444 aa  498  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  60.98 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  54.48 
 
 		 447 aa  465  9.999999999999999e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  52.88 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  51.97 
 
 		 459 aa  428  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  51.77 
 
 		 440 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  51.67 
 
 		 440 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  52.48 
 
 		 440 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  52.38 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  50.69 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  52.14 
 
 		 441 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  52.86 
 
 		 441 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  51.4 
 
 		 441 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  51.19 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  51.43 
 
 		 441 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1651  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 444 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0230087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  51.19 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  47.56 
 
 		 440 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 432 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  48.03 
 
 		 441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  51.88 
 
 		 451 aa  405  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  48.82 
 
 		 435 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  48.21 
 
 		 448 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  51.19 
 
 		 441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 		 485 aa  402  1e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  47.19 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  47.87 
 
 		 447 aa  402  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  48.88 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  47.37 
 
 		 435 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  46.27 
 
 		 457 aa  395  1e-109  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  50.82 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  50.24 
 
 		 446 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  47.74 
 
 		 443 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  48.92 
 
 		 443 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  49.76 
 
 		 436 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  48.12 
 
 		 443 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  49.17 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  48.47 
 
 		 442 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  47.89 
 
 		 445 aa  395  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  48.39 
 
 		 455 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  49.76 
 
 		 437 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  48.84 
 
 		 444 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 437 aa  395  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  47.95 
 
 		 443 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  47.89 
 
 		 443 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  48.02 
 
 		 443 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  49.52 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  49.52 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  45.15 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  49.52 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  49.4 
 
 		 443 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  49.52 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  50.12 
 
 		 444 aa  391  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 442 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>