More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1651 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1651  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 444 aa  903    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0230087 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  50.56 
 
 		 437 aa  415  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  50.34 
 
 		 437 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  49.66 
 
 		 440 aa  412  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  50.46 
 
 		 481 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  49.09 
 
 		 438 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  51.49 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 443 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  50.34 
 
 		 436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 440 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  49.76 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  47.59 
 
 		 439 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  49.66 
 
 		 437 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  50.23 
 
 		 438 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  50.46 
 
 		 438 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  49.66 
 
 		 447 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  49.64 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  50.12 
 
 		 452 aa  398  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  49.28 
 
 		 446 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  49.09 
 
 		 436 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  50.24 
 
 		 435 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  49.09 
 
 		 435 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 444 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  48.81 
 
 		 443 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 439 aa  394  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  51.07 
 
 		 437 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  47.7 
 
 		 431 aa  385  1e-106  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  47.95 
 
 		 442 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  47.94 
 
 		 436 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  50.7 
 
 		 437 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  46.88 
 
 		 439 aa  383  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  47.15 
 
 		 437 aa  382  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  45.63 
 
 		 463 aa  381  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  48.2 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  47.88 
 
 		 473 aa  371  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  50.57 
 
 		 444 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  46.12 
 
 		 443 aa  366  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  48.05 
 
 		 433 aa  364  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  47.94 
 
 		 435 aa  365  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  45.77 
 
 		 437 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  45.41 
 
 		 436 aa  363  4e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  45.54 
 
 		 437 aa  362  8e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  45.45 
 
 		 437 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 440 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  43.66 
 
 		 447 aa  335  1e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  42.24 
 
 		 435 aa  332  9e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 435 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  42.33 
 
 		 446 aa  330  4e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  43.81 
 
 		 447 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1843  recombination factor protein RarA  42.02 
 
 		 448 aa  328  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0939319  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 451 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  42.73 
 
 		 441 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  41.84 
 
 		 448 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  43.57 
 
 		 447 aa  328  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  44.47 
 
 		 441 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  44.23 
 
 		 441 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 449 aa  326  6e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2594  recombination factor protein RarA  42.62 
 
 		 447 aa  325  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.558915  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1615  recombination factor protein RarA  42.62 
 
 		 444 aa  325  8.000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  325  8.000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2683  recombination factor protein RarA  42.62 
 
 		 444 aa  325  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.826715  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  43.87 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  41.98 
 
 		 449 aa  323  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  41.94 
 
 		 445 aa  322  7e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  42.42 
 
 		 423 aa  322  9.000000000000001e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  43.4 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  43.57 
 
 		 440 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 440 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  42.79 
 
 		 447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  42.55 
 
 		 447 aa  319  6e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  42.55 
 
 		 447 aa  319  7e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2757  recombination factor protein RarA  39.29 
 
 		 511 aa  316  4e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  40.89 
 
 		 447 aa  316  6e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  42.45 
 
 		 440 aa  315  8e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 441 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1989  recombination factor protein RarA  42.38 
 
 		 447 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 441 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  39.16 
 
 		 443 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  41.76 
 
 		 443 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  42.76 
 
 		 447 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 441 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  41.97 
 
 		 441 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  42.55 
 
 		 441 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  41.33 
 
 		 443 aa  311  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  40.05 
 
 		 447 aa  310  4e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2010  AAA ATPase central domain protein  44.49 
 
 		 484 aa  309  5.9999999999999995e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.105628  normal  0.523628 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3766  recombination factor protein RarA  40.74 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.369587 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  39.91 
 
 		 432 aa  309  8e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>