More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1885 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  74.27 
 
 		 449 aa  663    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0732  recombination factor protein RarA  72.36 
 
 		 457 aa  682    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  74.66 
 
 		 453 aa  689    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 447 aa  919    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  73.54 
 
 		 446 aa  694    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  68.16 
 
 		 445 aa  633  1e-180  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0832  recombination factor protein RarA  66.97 
 
 		 454 aa  586  1e-166  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1440  recombination factor protein RarA  55.92 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  56.24 
 
 		 426 aa  473  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  55.71 
 
 		 420 aa  468  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  55.92 
 
 		 419 aa  462  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  55.28 
 
 		 441 aa  463  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05640  putative ATPase, AAA family protein  53.66 
 
 		 425 aa  458  1e-127  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0410  recombination factor protein RarA  53.55 
 
 		 425 aa  457  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.108672  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  53.85 
 
 		 435 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  53.74 
 
 		 435 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  53.33 
 
 		 440 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  54.87 
 
 		 423 aa  446  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 447 aa  444  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  54.35 
 
 		 432 aa  444  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5733  AAA ATPase central domain protein  54.39 
 
 		 423 aa  442  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855875  normal  0.0926038 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  52.93 
 
 		 434 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  53.16 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  53.16 
 
 		 434 aa  438  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 450 aa  431  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  51.17 
 
 		 434 aa  426  1e-118  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  51.07 
 
 		 443 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 457 aa  415  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0103  recombination factor protein RarA  52.16 
 
 		 429 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  53.74 
 
 		 429 aa  417  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  49.77 
 
 		 457 aa  417  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 439 aa  413  1e-114  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  50.93 
 
 		 441 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0094  recombination factor protein RarA  51.42 
 
 		 429 aa  411  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  51.19 
 
 		 441 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  49.53 
 
 		 447 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  47.59 
 
 		 446 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  50.23 
 
 		 441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0257  recombination factor protein RarA  49.65 
 
 		 439 aa  402  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097809  normal  0.0366003 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  47.51 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  49.66 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2031  AAA ATPase central domain protein  49.88 
 
 		 447 aa  398  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.039319  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  50.71 
 
 		 440 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 441 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  48.39 
 
 		 438 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  47.82 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0792  AAA ATPase central domain protein  47.44 
 
 		 431 aa  398  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  49.76 
 
 		 440 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  48.75 
 
 		 447 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  49.75 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  49.05 
 
 		 443 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  47.91 
 
 		 446 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  47.58 
 
 		 445 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 485 aa  397  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  47.47 
 
 		 437 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  47.47 
 
 		 437 aa  393  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 455 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  47.55 
 
 		 463 aa  392  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  47.91 
 
 		 443 aa  394  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  48.24 
 
 		 447 aa  395  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  47.97 
 
 		 435 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 432 aa  392  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  47.07 
 
 		 449 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 447 aa  392  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  49.05 
 
 		 443 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  47.87 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  48.85 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  48.8 
 
 		 432 aa  391  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  48.62 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  48.58 
 
 		 447 aa  391  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  48.5 
 
 		 459 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  50.93 
 
 		 505 aa  391  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  47.87 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  48.1 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  47.73 
 
 		 461 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  45.8 
 
 		 443 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  48.1 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  48.11 
 
 		 444 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  46.84 
 
 		 451 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  48.82 
 
 		 442 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  47.63 
 
 		 443 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  48.83 
 
 		 435 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  47.39 
 
 		 443 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1843  recombination factor protein RarA  47.47 
 
 		 448 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0939319  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0141  ATPase central domain-containing protein  46.92 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  46.84 
 
 		 447 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  47.16 
 
 		 443 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1664  recombination factor protein RarA  47.47 
 
 		 442 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0526535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1873  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 462 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>