More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1027 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  92.84 
 
 		 447 aa  857    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  73.15 
 
 		 449 aa  671    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  96.87 
 
 		 447 aa  891    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1843  recombination factor protein RarA  73.44 
 
 		 448 aa  691    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0939319  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  96.87 
 
 		 447 aa  889    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1615  recombination factor protein RarA  85.81 
 
 		 444 aa  794    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  73.6 
 
 		 451 aa  676    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  99.55 
 
 		 447 aa  917    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  99.78 
 
 		 447 aa  919    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  99.55 
 
 		 447 aa  916    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  87.92 
 
 		 447 aa  816    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  87.25 
 
 		 447 aa  810    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  96.64 
 
 		 447 aa  888    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  88.14 
 
 		 447 aa  818    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2594  recombination factor protein RarA  85.91 
 
 		 447 aa  801    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.558915  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  72.93 
 
 		 449 aa  673    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  72.93 
 
 		 446 aa  679    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 447 aa  920    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  99.78 
 
 		 447 aa  919    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1989  recombination factor protein RarA  88.37 
 
 		 447 aa  817    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2683  recombination factor protein RarA  85.81 
 
 		 444 aa  794    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.826715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  97.09 
 
 		 447 aa  892    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  66.82 
 
 		 443 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  66.82 
 
 		 443 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  66.44 
 
 		 443 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  65.7 
 
 		 445 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 443 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  65.32 
 
 		 443 aa  596  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  64.88 
 
 		 443 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  64.88 
 
 		 443 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  64.88 
 
 		 443 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  64.88 
 
 		 443 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  63.53 
 
 		 443 aa  589  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  64.59 
 
 		 445 aa  591  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  63.53 
 
 		 443 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  63.7 
 
 		 443 aa  586  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  65.84 
 
 		 442 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  62.42 
 
 		 443 aa  580  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1664  recombination factor protein RarA  65.22 
 
 		 442 aa  578  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0526535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  62.81 
 
 		 443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2757  recombination factor protein RarA  59.69 
 
 		 511 aa  547  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  61.17 
 
 		 444 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3254  recombination factor protein RarA  59.42 
 
 		 455 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0183203  hitchhiker  0.0000000120861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  60.96 
 
 		 441 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  60.96 
 
 		 441 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  60.27 
 
 		 441 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  59.82 
 
 		 441 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  60.05 
 
 		 441 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  60.05 
 
 		 441 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  61.42 
 
 		 441 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  61.2 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  58.81 
 
 		 447 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  60.97 
 
 		 440 aa  522  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  60.28 
 
 		 440 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  60.05 
 
 		 441 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  57.57 
 
 		 440 aa  514  1e-144  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  57.11 
 
 		 440 aa  511  1e-144  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  57.21 
 
 		 461 aa  499  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  56.94 
 
 		 444 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  58.09 
 
 		 435 aa  489  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  53.14 
 
 		 453 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  56.14 
 
 		 435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  55.28 
 
 		 436 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  55.4 
 
 		 437 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0796  recombination factor protein RarA  53.32 
 
 		 455 aa  462  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  55.73 
 
 		 446 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  55.23 
 
 		 449 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  54.71 
 
 		 437 aa  461  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  54.69 
 
 		 436 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0498  recombination factor protein RarA  54.46 
 
 		 436 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0977  recombination factor protein RarA  54.46 
 
 		 436 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 455 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  53.26 
 
 		 437 aa  458  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1496  recombination factor protein RarA  56.64 
 
 		 442 aa  460  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.410866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  54.02 
 
 		 436 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 436 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  54.79 
 
 		 436 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0707  recombination factor protein RarA  53.32 
 
 		 453 aa  461  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.56713  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  55.66 
 
 		 453 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2357  recombination factor protein RarA  54.46 
 
 		 434 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.545615  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  54.34 
 
 		 436 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2338  recombination factor protein RarA  54.69 
 
 		 449 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.420388 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  55.4 
 
 		 427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4080  recombination factor protein RarA  54 
 
 		 436 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  53.32 
 
 		 440 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  54.65 
 
 		 453 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  51.62 
 
 		 442 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  51.62 
 
 		 442 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  54.31 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  53.32 
 
 		 458 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>