More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0313 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1743  recombination factor protein RarA  76.32 
 
 		 437 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  76.32 
 
 		 437 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0313  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 436 aa  875    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379077 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  76.55 
 
 		 437 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  76.83 
 
 		 436 aa  664    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  74.6 
 
 		 443 aa  650    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  74.15 
 
 		 442 aa  648    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  68.57 
 
 		 439 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  65.53 
 
 		 437 aa  562  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  67.14 
 
 		 444 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3155  recombination factor protein RarA  67.7 
 
 		 443 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  65.53 
 
 		 437 aa  563  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  65.3 
 
 		 438 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  66.9 
 
 		 443 aa  558  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5037  recombination factor protein RarA  67.22 
 
 		 444 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  65.48 
 
 		 443 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  66.51 
 
 		 446 aa  557  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  65.9 
 
 		 440 aa  557  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  66.36 
 
 		 436 aa  558  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2765  recombination factor protein RarA  65.45 
 
 		 434 aa  548  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.70632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  64.24 
 
 		 436 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3416  recombination factor protein RarA  66.9 
 
 		 442 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384623  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  63.4 
 
 		 463 aa  540  9.999999999999999e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  64.01 
 
 		 435 aa  539  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  65.16 
 
 		 438 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0350  recombination factor protein RarA  63.84 
 
 		 440 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  64.92 
 
 		 438 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  66.43 
 
 		 452 aa  528  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  62.89 
 
 		 431 aa  528  1e-149  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0319  recombination factor protein RarA  63.3 
 
 		 440 aa  528  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal  0.0653237 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  62.77 
 
 		 439 aa  530  1e-149  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0275  recombination factor protein RarA  63.3 
 
 		 437 aa  527  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2994  AAA ATPase central domain protein  63.7 
 
 		 437 aa  527  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  63.79 
 
 		 447 aa  524  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2042  ATPase central domain-containing protein  62.61 
 
 		 435 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0497  recombination factor protein RarA  62.68 
 
 		 473 aa  516  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1651  recombination factor protein RarA  62.88 
 
 		 433 aa  508  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2156  recombination factor protein RarA  62.39 
 
 		 439 aa  504  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.562236 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0882  recombination factor protein RarA  62.3 
 
 		 481 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455086  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0163  recombination factor protein RarA  65.48 
 
 		 444 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1767  recombination factor protein RarA  63.36 
 
 		 435 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.797649  normal  0.255961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  61.7 
 
 		 437 aa  500  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7127  recombination factor protein RarA  62.38 
 
 		 437 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  54.46 
 
 		 447 aa  444  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0641  recombination factor protein RarA  54.98 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3436  recombination factor protein RarA  53.55 
 
 		 437 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1043  recombination factor protein RarA  53.79 
 
 		 437 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  52.41 
 
 		 440 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  55 
 
 		 441 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  53.13 
 
 		 441 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1122  recombination factor protein RarA  54.52 
 
 		 443 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0552039  normal  0.120002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  53.58 
 
 		 441 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  52.66 
 
 		 447 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  51.72 
 
 		 440 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2595  recombination factor protein RarA  52.52 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  55.56 
 
 		 442 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  52.83 
 
 		 437 aa  427  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  55.56 
 
 		 442 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  52.86 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1298  recombination factor protein RarA  51.49 
 
 		 437 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.795117  normal  0.498089 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  50.46 
 
 		 453 aa  423  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  52.38 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  52.62 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  52.4 
 
 		 440 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1728  recombination factor protein RarA  52.88 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1728  recombination factor protein RarA  52.88 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  50.35 
 
 		 440 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2146  recombination factor protein RarA  52.96 
 
 		 449 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0601218  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2552  recombination factor protein RarA  53.54 
 
 		 435 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  50.93 
 
 		 440 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  50.93 
 
 		 440 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  52.36 
 
 		 430 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 459 aa  413  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 455 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  51.9 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1516  AAA ATPase central domain protein  51.84 
 
 		 433 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  52.14 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  52.93 
 
 		 435 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  53.73 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1766  recombination factor protein RarA  52.86 
 
 		 474 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2357  recombination factor protein RarA  51.03 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.545615  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0758  recombination factor protein RarA  54.55 
 
 		 447 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000599835 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  52.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1873  recombination factor protein RarA  52.19 
 
 		 462 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  51.83 
 
 		 432 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2338  recombination factor protein RarA  53.47 
 
 		 449 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.420388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1761  recombination factor protein RarA  54.1 
 
 		 452 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0938  recombination factor protein RarA  51.79 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5359  recombination factor protein RarA  51.04 
 
 		 434 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  51.87 
 
 		 461 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2421  recombination factor protein RarA  51.79 
 
 		 436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.234269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  52.53 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0694  recombination factor protein RarA  53.43 
 
 		 445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  51.55 
 
 		 436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>