More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_3121 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  100 
 
 
459 aa  933    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  67.69 
 
 
505 aa  595  1e-169  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  68.65 
 
 
485 aa  588  1e-167  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1076  recombination factor protein RarA  61.28 
 
 
544 aa  552  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  56.7 
 
 
457 aa  500  1e-140  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  56.88 
 
 
457 aa  489  1e-137  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  62.56 
 
 
423 aa  489  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  55.96 
 
 
457 aa  484  1e-136  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  54.36 
 
 
435 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  55.3 
 
 
441 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  56.81 
 
 
447 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  53.81 
 
 
443 aa  462  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  54.78 
 
 
439 aa  463  1e-129  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  54.59 
 
 
459 aa  457  1e-127  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  53.94 
 
 
434 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  53.33 
 
 
440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  54.04 
 
 
434 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  53.32 
 
 
432 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  53.9 
 
 
441 aa  449  1e-125  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  50.81 
 
 
447 aa  449  1e-125  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  52.35 
 
 
445 aa  449  1e-125  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  53.9 
 
 
451 aa  449  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  54.57 
 
 
448 aa  448  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  54.35 
 
 
435 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  52.27 
 
 
444 aa  433  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  53.58 
 
 
447 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  52.55 
 
 
441 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  52.38 
 
 
432 aa  431  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  52.55 
 
 
441 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2590  recombination factor protein RarA  51.3 
 
 
422 aa  427  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000937072  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  52.55 
 
 
441 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  53.47 
 
 
447 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  52.31 
 
 
441 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1103  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  48.8 
 
 
726 aa  423  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000432194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  52.31 
 
 
441 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  48.51 
 
 
450 aa  422  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  50.7 
 
 
443 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  51.85 
 
 
440 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 
443 aa  418  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  52.41 
 
 
440 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  52.66 
 
 
441 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  52.08 
 
 
441 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  57.45 
 
 
451 aa  420  1e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  49.44 
 
 
447 aa  421  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  52.31 
 
 
440 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 
447 aa  418  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 
447 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  48.84 
 
 
443 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 
447 aa  418  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  51.79 
 
 
443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  55.5 
 
 
461 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  48.76 
 
 
447 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  49.09 
 
 
447 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  52.06 
 
 
458 aa  412  1e-114  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  51.99 
 
 
442 aa  412  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  50.11 
 
 
440 aa  412  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  46.65 
 
 
441 aa  414  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1615  recombination factor protein RarA  49.2 
 
 
444 aa  414  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240713  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2594  recombination factor protein RarA  49.09 
 
 
447 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.558915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1989  recombination factor protein RarA  48.54 
 
 
447 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2683  recombination factor protein RarA  49.2 
 
 
444 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.826715  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  51.04 
 
 
445 aa  414  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  51.99 
 
 
442 aa  412  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  48.61 
 
 
443 aa  413  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  52.42 
 
 
441 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  47.87 
 
 
447 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  47.45 
 
 
739 aa  409  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4770  recombination factor protein RarA  51.31 
 
 
436 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  49.66 
 
 
440 aa  409  1e-113  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  52.03 
 
 
446 aa  411  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  49.53 
 
 
443 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  53.46 
 
 
437 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 
438 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  48.64 
 
 
447 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 
438 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  53.48 
 
 
447 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 
443 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  53.1 
 
 
439 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  50.84 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2324  recombination factor protein RarA  51.55 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  49.3 
 
 
443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  49.53 
 
 
443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  51.07 
 
 
442 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  49.42 
 
 
443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  49.3 
 
 
445 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1392  recombination factor protein RarA  51.31 
 
 
443 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  49.19 
 
 
443 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  49.3 
 
 
443 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  50 
 
 
443 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  51.08 
 
 
444 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>