52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3216 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3216  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.383094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  70 
 
 		 273 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  70.99 
 
 		 273 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  62.96 
 
 		 263 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  58.21 
 
 		 268 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  45.81 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3251  hypothetical protein  36.03 
 
 		 278 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3411  periplasmic protein-like  38.46 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.456273  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3068  hypothetical protein  38.38 
 
 		 240 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3795  hypothetical protein  38.38 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.085145  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3898  hypothetical protein  36.08 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.354376 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5219  periplasmic protein-like  31.28 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3874  hypothetical protein  31.16 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0811  hypothetical protein  31.43 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407181  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2694  periplasmic protein-like protein  31.36 
 
 		 576 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.361508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5186  hypothetical protein  31.65 
 
 		 301 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1655  hypothetical protein  30.84 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3250  hypothetical protein  28.79 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334982  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1327  hypothetical protein  28.87 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2182  hypothetical protein  28.21 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172075  normal  0.0204408 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4903  periplasmic protein-like protein  28.07 
 
 		 358 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.96318 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3205  hypothetical protein  28.09 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.87511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1810  hypothetical protein  28 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4146  hypothetical protein  30.9 
 
 		 537 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4034  putative transmembrane protein  30.9 
 
 		 537 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3116  hypothetical protein  29.3 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0789557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03125  hypothetical protein  31.48 
 
 		 537 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.516059 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1613  hypothetical protein  26.63 
 
 		 203 aa  53.9  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0837629  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0847  outer membrane autotransporter barrel domain protein  37.93 
 
 		 1004 aa  53.9  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2817  hypothetical protein  24.78 
 
 		 560 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0260933 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1220  putative secreted protein  27.27 
 
 		 387 aa  53.1  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.789164  normal  0.0187345 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3085  hypothetical protein  36.96 
 
 		 566 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3695  hypothetical protein  30.19 
 
 		 445 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.555947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3386  hypothetical protein  36.36 
 
 		 446 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3647  alpha/beta fold family hydrolase  30.6 
 
 		 680 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3657  periplasmic protein-like  27.23 
 
 		 417 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1755  periplasmic protein-like protein  29.2 
 
 		 233 aa  50.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5203  hypothetical protein  23.53 
 
 		 407 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.297257 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1526  periplasmic protein-like protein  28.07 
 
 		 185 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0352336  normal  0.908264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1411  periplasmic protein-like protein  24.8 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202803  normal  0.391906 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1892  hypothetical protein  28.93 
 
 		 285 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.769847 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1489  hypothetical protein  27.63 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal  0.0687577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1850  periplasmic protein-like protein  38.71 
 
 		 351 aa  46.6  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4663  hypothetical protein  28.06 
 
 		 481 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.320364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3661  alpha/beta fold family hydrolase  26.32 
 
 		 203 aa  46.2  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1514  periplasmic protein-like protein  26.85 
 
 		 302 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0326247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10680  hypothetical protein  31.63 
 
 		 189 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1730  hypothetical protein  30 
 
 		 251 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1472  hypothetical protein  26.09 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00176011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3577  hypothetical protein  37.62 
 
 		 444 aa  43.9  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3018  hypothetical protein  39.06 
 
 		 238 aa  42.7  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0958  periplasmic protein-like protein  22.09 
 
 		 439 aa  42.4  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>