38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03125 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4146  hypothetical protein  74.49 
 
 		 537 aa  796    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136776  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03125  hypothetical protein  100 
 
 		 537 aa  1068    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.516059 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4034  putative transmembrane protein  74.49 
 
 		 537 aa  796    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2694  periplasmic protein-like protein  32.62 
 
 		 576 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.361508  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1432  hypothetical protein  47.58 
 
 		 416 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000441497 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3695  hypothetical protein  28.67 
 
 		 445 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.555947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3386  hypothetical protein  28.85 
 
 		 446 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3577  hypothetical protein  29.57 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4663  hypothetical protein  30.89 
 
 		 481 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.320364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1892  hypothetical protein  33.33 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.769847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3216  hypothetical protein  31.48 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.383094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  30.43 
 
 		 263 aa  57  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  39.53 
 
 		 273 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0194  hypothetical protein  37.84 
 
 		 224 aa  56.2  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.598443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1411  periplasmic protein-like protein  28.28 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202803  normal  0.391906 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1810  hypothetical protein  22.82 
 
 		 199 aa  52.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0811  hypothetical protein  32.12 
 
 		 275 aa  50.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407181  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1132  hypothetical protein  37.84 
 
 		 174 aa  50.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.092946  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  27.67 
 
 		 262 aa  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  37.21 
 
 		 273 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  29.45 
 
 		 268 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1514  periplasmic protein-like protein  30.22 
 
 		 302 aa  48.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0326247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1106  hypothetical protein  21.57 
 
 		 199 aa  48.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5219  periplasmic protein-like  32.82 
 
 		 437 aa  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0091  hypothetical protein  21.46 
 
 		 199 aa  47  0.0008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.164093  hitchhiker  0.000324527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3647  alpha/beta fold family hydrolase  26.14 
 
 		 680 aa  46.6  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0301  hypothetical protein  31.2 
 
 		 261 aa  47  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.937061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1742  hypothetical protein  31.45 
 
 		 261 aa  45.8  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00150002  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1827  hypothetical protein  31.45 
 
 		 231 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.580618  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1850  periplasmic protein-like protein  31.96 
 
 		 351 aa  44.7  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1489  hypothetical protein  32.22 
 
 		 211 aa  44.3  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal  0.0687577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3018  hypothetical protein  28.24 
 
 		 238 aa  43.9  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1330  hypothetical protein  30.4 
 
 		 231 aa  43.9  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0505573  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3205  hypothetical protein  28.79 
 
 		 351 aa  43.9  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.87511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0266  hypothetical protein  30.4 
 
 		 231 aa  43.9  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0373  hypothetical protein  30.4 
 
 		 231 aa  43.9  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109844  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0994  hypothetical protein  30.4 
 
 		 226 aa  43.5  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0432719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3023  hypothetical protein  26.85 
 
 		 226 aa  43.5  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>