82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3760 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3251  hypothetical protein  44.09 
 
 		 278 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3216  hypothetical protein  45.81 
 
 		 290 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.383094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  40.16 
 
 		 268 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  46.67 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  42.21 
 
 		 263 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  46.43 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3411  periplasmic protein-like  42.59 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.456273  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3795  hypothetical protein  39.64 
 
 		 240 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.085145  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3068  hypothetical protein  39.64 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3898  hypothetical protein  36.27 
 
 		 245 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.354376 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5219  periplasmic protein-like  33.33 
 
 		 437 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5203  hypothetical protein  29.95 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.297257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3874  hypothetical protein  29.9 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1327  hypothetical protein  30.29 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5186  hypothetical protein  28.28 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4903  periplasmic protein-like protein  28.65 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.96318 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3116  hypothetical protein  29.44 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0789557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3250  hypothetical protein  29.5 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334982  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2694  periplasmic protein-like protein  27.74 
 
 		 576 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.361508  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4034  putative transmembrane protein  28.3 
 
 		 537 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4146  hypothetical protein  28.3 
 
 		 537 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2182  hypothetical protein  29.21 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172075  normal  0.0204408 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1655  hypothetical protein  28.04 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1613  hypothetical protein  25.15 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0837629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10680  hypothetical protein  28.91 
 
 		 189 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1810  hypothetical protein  25.15 
 
 		 199 aa  55.1  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3657  periplasmic protein-like  27.75 
 
 		 417 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0974  hypothetical protein  27.34 
 
 		 189 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0091  hypothetical protein  23.73 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.164093  hitchhiker  0.000324527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5200  hypothetical protein  37 
 
 		 306 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.782608  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1489  hypothetical protein  33.61 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal  0.0687577 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2817  hypothetical protein  29.5 
 
 		 560 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0260933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3085  hypothetical protein  26.62 
 
 		 566 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6360  lipoprotein  30.07 
 
 		 296 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.419648 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1432  hypothetical protein  29.2 
 
 		 416 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000441497 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0972  endopeptidase Clp  32.35 
 
 		 193 aa  51.2  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000265141  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1892  hypothetical protein  27.92 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.769847 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0377  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.77 
 
 		 193 aa  51.2  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0348831  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03125  hypothetical protein  27.67 
 
 		 537 aa  50.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.516059 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0147  alpha/beta fold family hydrolase  27.01 
 
 		 668 aa  49.7  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.557879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0811  hypothetical protein  28.92 
 
 		 275 aa  49.3  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407181  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3647  alpha/beta fold family hydrolase  27.74 
 
 		 680 aa  49.3  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3205  hypothetical protein  31.88 
 
 		 351 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.87511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1850  periplasmic protein-like protein  39.33 
 
 		 351 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1514  periplasmic protein-like protein  25.45 
 
 		 302 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0326247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0069  hypothetical protein  30.66 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0970  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.03 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000101618  normal  0.051864 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0984  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  24.64 
 
 		 202 aa  47  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3661  alpha/beta fold family hydrolase  29.2 
 
 		 203 aa  47.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1411  periplasmic protein-like protein  24.85 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202803  normal  0.391906 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1247  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.41 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.063421 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5126  hypothetical protein  29.7 
 
 		 307 aa  47  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  32.82 
 
 		 620 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0943  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.03 
 
 		 199 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3386  hypothetical protein  34.44 
 
 		 446 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1928  Endopeptidase Clp  24.76 
 
 		 207 aa  45.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000142088  normal  0.0321887 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1329  hypothetical protein  30.4 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000146191  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00691  Clp protease proteolytic subunit  26.61 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.176795 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3695  hypothetical protein  34.44 
 
 		 445 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.555947 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3499  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  29.63 
 
 		 203 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3353  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  29.63 
 
 		 203 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2648  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.32 
 
 		 194 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0062  peptidase S14, ClpP  27.34 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3435  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  29.63 
 
 		 203 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4515  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  28.79 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010245  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1526  periplasmic protein-like protein  25.98 
 
 		 185 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0352336  normal  0.908264 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0235  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.32 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0233  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.32 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.196502  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1106  hypothetical protein  21.05 
 
 		 199 aa  43.9  0.003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1755  periplasmic protein-like protein  26.12 
 
 		 233 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0436  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.36 
 
 		 194 aa  43.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2774  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.78 
 
 		 238 aa  43.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.410804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0065  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  25.18 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2301  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.12 
 
 		 199 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000618373 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1529  Endopeptidase Clp  26.15 
 
 		 213 aa  43.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0209327  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15001  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.88 
 
 		 203 aa  42.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15131  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.88 
 
 		 203 aa  42.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.499188  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1411  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.88 
 
 		 203 aa  42.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1143  Endopeptidase Clp  30.22 
 
 		 229 aa  42.7  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.193015  normal  0.493164 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1088  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  25.74 
 
 		 194 aa  42.4  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.850787  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2477  endopeptidase Clp  27.34 
 
 		 217 aa  42.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.353713 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>