32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4903 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4903  periplasmic protein-like protein  100 
 
 		 358 aa  738    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.96318 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3657  periplasmic protein-like  28.51 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5203  hypothetical protein  27.23 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.297257 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1755  periplasmic protein-like protein  34.97 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3251  hypothetical protein  26.61 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  28.73 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2400  periplasmic protein-like protein  28.67 
 
 		 215 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0811  hypothetical protein  35.56 
 
 		 275 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407181  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5219  periplasmic protein-like  30.46 
 
 		 437 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  29.17 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0958  periplasmic protein-like protein  28.72 
 
 		 439 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347845  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3085  hypothetical protein  26.18 
 
 		 566 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3216  hypothetical protein  28.07 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.383094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1489  hypothetical protein  28.92 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal  0.0687577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  30.07 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  28.65 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3068  hypothetical protein  29.71 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3795  hypothetical protein  29.71 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.085145  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2817  hypothetical protein  23.79 
 
 		 560 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0260933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  24.72 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1329  hypothetical protein  30.63 
 
 		 234 aa  52  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000146191  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1514  periplasmic protein-like protein  28.57 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0326247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2182  hypothetical protein  31.33 
 
 		 306 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172075  normal  0.0204408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1411  periplasmic protein-like protein  28.15 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202803  normal  0.391906 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1892  hypothetical protein  28.57 
 
 		 285 aa  45.8  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.769847 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3874  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3898  hypothetical protein  24.57 
 
 		 245 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.354376 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3250  hypothetical protein  29.03 
 
 		 299 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334982  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3411  periplasmic protein-like  23.98 
 
 		 258 aa  44.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.456273  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4034  putative transmembrane protein  28.81 
 
 		 537 aa  43.1  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4146  hypothetical protein  28.81 
 
 		 537 aa  43.1  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3205  hypothetical protein  24.84 
 
 		 351 aa  42.7  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.87511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>