27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3250 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3250  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334982  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2182  hypothetical protein  79.02 
 
 		 306 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172075  normal  0.0204408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3874  hypothetical protein  71.43 
 
 		 296 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3116  hypothetical protein  67.94 
 
 		 322 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0789557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5186  hypothetical protein  64.26 
 
 		 301 aa  351  7e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1655  hypothetical protein  60.73 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1327  hypothetical protein  58.44 
 
 		 305 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3657  periplasmic protein-like  31.58 
 
 		 417 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2817  hypothetical protein  27.65 
 
 		 560 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0260933 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5219  periplasmic protein-like  32.18 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1755  periplasmic protein-like protein  30.69 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3216  hypothetical protein  28.79 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.383094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  30 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  29.35 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3085  hypothetical protein  25.26 
 
 		 566 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3898  hypothetical protein  25.38 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.354376 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  29.5 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3068  hypothetical protein  27.22 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3795  hypothetical protein  27.22 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.085145  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2400  periplasmic protein-like protein  28.12 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  26.2 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3251  hypothetical protein  25.89 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3411  periplasmic protein-like  30.99 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.456273  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0811  hypothetical protein  26.8 
 
 		 275 aa  50.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407181  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  28.57 
 
 		 273 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3661  alpha/beta fold family hydrolase  28.74 
 
 		 203 aa  46.6  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4903  periplasmic protein-like protein  29.03 
 
 		 358 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.96318 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>