103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2789 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2789  PAAR  100 
 
 		 105 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0285082  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  68.6 
 
 		 118 aa  122  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3229  PAAR repeat-containing protein  70 
 
 		 125 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.784559  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2823  PAAR  63.64 
 
 		 113 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.248108  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  43.9 
 
 		 855 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  41.46 
 
 		 1229 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  42.5 
 
 		 540 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  43.02 
 
 		 1140 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  41.86 
 
 		 592 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  45.07 
 
 		 466 aa  56.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  41.03 
 
 		 1446 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  38.64 
 
 		 1379 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  40.48 
 
 		 1385 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  39.08 
 
 		 406 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  45.33 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  40.48 
 
 		 1400 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  35.48 
 
 		 1359 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1386 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  39.29 
 
 		 1409 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  42.67 
 
 		 323 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  40.74 
 
 		 1410 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  38.46 
 
 		 1422 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  36.9 
 
 		 1419 aa  50.8  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  42.68 
 
 		 461 aa  51.2  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  35.8 
 
 		 1421 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  38.89 
 
 		 1411 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  37.35 
 
 		 1423 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  47.06 
 
 		 174 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  41.67 
 
 		 176 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  36.96 
 
 		 1475 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  36.96 
 
 		 1457 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  39.33 
 
 		 439 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  47.69 
 
 		 185 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  38.67 
 
 		 386 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  40 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  39.73 
 
 		 169 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  47.76 
 
 		 84 aa  47.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  38.2 
 
 		 434 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  39.13 
 
 		 89 aa  47.4  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  39.53 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  38.57 
 
 		 88 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  40.24 
 
 		 1418 aa  47  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  40.24 
 
 		 1390 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  36.14 
 
 		 1447 aa  47  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  40.24 
 
 		 1402 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  40.24 
 
 		 456 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  36.14 
 
 		 1428 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  38.81 
 
 		 84 aa  46.2  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  44.62 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 444 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1487 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  43.24 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  35 
 
 		 174 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  39.02 
 
 		 456 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  38.57 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  45.59 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  41.03 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  47.62 
 
 		 89 aa  45.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  47.62 
 
 		 89 aa  45.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  30.77 
 
 		 1494 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1494 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  42.25 
 
 		 469 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  41.77 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  47.5 
 
 		 1600 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  45.07 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  39.62 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  43.08 
 
 		 481 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  45.9 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  37.74 
 
 		 85 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  43.08 
 
 		 177 aa  42.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  42.19 
 
 		 164 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  44.44 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  30.38 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  51.16 
 
 		 1505 aa  43.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  35.63 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4045  hypothetical protein  37.25 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  36.62 
 
 		 1604 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.62 
 
 		 1527 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  40.51 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2854  hypothetical protein  38.46 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561027  normal  0.0963885 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  51.16 
 
 		 1616 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  44.12 
 
 		 179 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  43.42 
 
 		 165 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  50.91 
 
 		 96 aa  42  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  36.23 
 
 		 113 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  38.57 
 
 		 86 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  38.57 
 
 		 86 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  38.57 
 
 		 86 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  33.7 
 
 		 1437 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  32.53 
 
 		 1530 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2996  hypothetical protein  39.19 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0316  hypothetical protein  36.67 
 
 		 453 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  35.63 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  38.71 
 
 		 379 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  41.18 
 
 		 181 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  41.54 
 
 		 172 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  33.33 
 
 		 1517 aa  40.4  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4801  hypothetical protein  37.5 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0636786  normal  0.750355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  35.21 
 
 		 597 aa  40.4  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>