56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2823 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2823  PAAR  100 
 
 		 113 aa  217  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.248108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2789  PAAR  65.45 
 
 		 105 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0285082  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  62.37 
 
 		 118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3229  PAAR repeat-containing protein  58.33 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.784559  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  40.82 
 
 		 855 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  41.86 
 
 		 1229 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  39.78 
 
 		 592 aa  55.1  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  40 
 
 		 1140 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  40.43 
 
 		 540 aa  51.6  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  42.11 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  41.57 
 
 		 461 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  35.16 
 
 		 1422 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  37.08 
 
 		 406 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  41.46 
 
 		 323 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  39.24 
 
 		 1446 aa  47.8  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  39.78 
 
 		 1421 aa  47.4  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  39.33 
 
 		 456 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  35.05 
 
 		 1359 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  40.91 
 
 		 466 aa  45.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  43.24 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  39.08 
 
 		 1400 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  39.08 
 
 		 1385 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  43.02 
 
 		 1410 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  50.68 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  34.78 
 
 		 1423 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  35.62 
 
 		 169 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 174 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  43.02 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  40.98 
 
 		 1494 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  40.98 
 
 		 1494 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  39.08 
 
 		 379 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  40.98 
 
 		 1487 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  42.03 
 
 		 102 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  42.37 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  33.7 
 
 		 1457 aa  42.7  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  33.7 
 
 		 1475 aa  42.7  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  37.08 
 
 		 456 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  40.98 
 
 		 1495 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  39.44 
 
 		 1386 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  38.37 
 
 		 1379 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  35.38 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  38.36 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  38.96 
 
 		 469 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  38.36 
 
 		 1411 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  41.1 
 
 		 89 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  39.73 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  39.29 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  39.76 
 
 		 481 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  36.36 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  36.36 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  39.19 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2255  hypothetical protein  34.92 
 
 		 89 aa  40.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  37.97 
 
 		 1419 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  43.24 
 
 		 179 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  38.46 
 
 		 386 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  31.87 
 
 		 386 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>