136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0335 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 		 466 aa  968    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  51.79 
 
 		 540 aa  203  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  46.61 
 
 		 592 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  54.64 
 
 		 461 aa  94  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  51.55 
 
 		 456 aa  93.2  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  50.52 
 
 		 456 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  48.96 
 
 		 96 aa  80.1  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  52.63 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1945  YeeF  32.8 
 
 		 211 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0898442 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 169 aa  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  53.93 
 
 		 94 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  51.85 
 
 		 96 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  50.54 
 
 		 176 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  44.9 
 
 		 174 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  45.83 
 
 		 101 aa  75.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3055  hypothetical protein  30.86 
 
 		 176 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.122934  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  45.26 
 
 		 100 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  52.5 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2184  PAAR repeat-containing protein  53.42 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.062242  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0532  PAAR repeat-containing protein  54.02 
 
 		 88 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0276  hypothetical protein  35.92 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000445544  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0283  hypothetical protein  35.92 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.421649  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  46.81 
 
 		 96 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  39.18 
 
 		 1229 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3448  PAAR repeat-containing protein  54.29 
 
 		 88 aa  66.6  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86089  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  42.35 
 
 		 1446 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2226  YeeE  32.72 
 
 		 183 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4667599999999997e-42 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  45.56 
 
 		 113 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  41.67 
 
 		 855 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  46.74 
 
 		 89 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  46.74 
 
 		 89 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  45.88 
 
 		 99 aa  65.1  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3071  hypothetical protein  34.87 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253302  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  45.16 
 
 		 96 aa  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  47.67 
 
 		 102 aa  63.9  0.000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2214  hypothetical protein  32.67 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1722100000000003e-55 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  43.62 
 
 		 96 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000530651 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  38.64 
 
 		 86 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  38.64 
 
 		 86 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  38.64 
 
 		 86 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  46.15 
 
 		 94 aa  62  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  44.33 
 
 		 100 aa  61.6  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  46.58 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3608  PAAR  43.01 
 
 		 92 aa  61.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000736395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  45.57 
 
 		 1385 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  46.15 
 
 		 1409 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 100 aa  60.5  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  45.74 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  45.57 
 
 		 1400 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  40 
 
 		 1421 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  44 
 
 		 386 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  41.24 
 
 		 99 aa  59.7  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  42.68 
 
 		 84 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  36.36 
 
 		 1475 aa  58.9  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  36.36 
 
 		 1457 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  40.23 
 
 		 84 aa  58.2  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  42.27 
 
 		 99 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  37.5 
 
 		 1422 aa  58.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  42.71 
 
 		 98 aa  58.2  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  40.22 
 
 		 96 aa  57.4  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  42.42 
 
 		 93 aa  57.8  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  37.17 
 
 		 113 aa  57  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5383  PAAR repeat-containing protein  43.62 
 
 		 93 aa  57.4  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1043  hypothetical protein  45.16 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  47.14 
 
 		 1140 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  41.49 
 
 		 469 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  37.66 
 
 		 1423 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  37.5 
 
 		 1447 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  39 
 
 		 1386 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  42.55 
 
 		 96 aa  56.6  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  44.33 
 
 		 99 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  44 
 
 		 481 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  43.62 
 
 		 96 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  37.5 
 
 		 1428 aa  55.1  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  45.36 
 
 		 174 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 1419 aa  55.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  43.48 
 
 		 86 aa  53.9  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3074  hypothetical protein  30.46 
 
 		 580 aa  53.9  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1997  hypothetical protein  28.57 
 
 		 146 aa  53.5  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441541  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  38.46 
 
 		 88 aa  53.5  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  36.49 
 
 		 1517 aa  53.5  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  43.96 
 
 		 89 aa  53.1  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  41.79 
 
 		 102 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  42.53 
 
 		 439 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4306  hypothetical protein  30.19 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0625016  hitchhiker  0.00220022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  39.18 
 
 		 131 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  43.96 
 
 		 89 aa  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  42.53 
 
 		 434 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  37.65 
 
 		 1437 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1411 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  40.54 
 
 		 1359 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1943  YeeE  37.97 
 
 		 106 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.81987  normal  0.144052 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  36.08 
 
 		 118 aa  51.2  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  35.63 
 
 		 137 aa  51.2  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  40.43 
 
 		 172 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0985  hypothetical protein  40 
 
 		 98 aa  50.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0761318  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0860  hypothetical protein  32.68 
 
 		 192 aa  50.4  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  46.67 
 
 		 84 aa  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  37.36 
 
 		 88 aa  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  41.24 
 
 		 181 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>