92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3426 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  100 
 
 		 386 aa  776    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  65.75 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  54.38 
 
 		 406 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4511  hypothetical protein  51.82 
 
 		 235 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.533619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  39.69 
 
 		 1229 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  37.56 
 
 		 1409 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  41.95 
 
 		 1410 aa  119  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  39.04 
 
 		 1411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  41.14 
 
 		 1400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0495  S-type pyocin family protein  43.85 
 
 		 480 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.21565  hitchhiker  0.00238856 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  41.14 
 
 		 1385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2036  S-type pyocin domain-containing protein  44.96 
 
 		 578 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4050  S-type pyocin domain-containing protein  43.85 
 
 		 612 aa  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  39.11 
 
 		 1421 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  36.14 
 
 		 855 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  44.96 
 
 		 459 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  36.33 
 
 		 1359 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0883  S-type Pyocin  42.98 
 
 		 678 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  35.51 
 
 		 1446 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  37.5 
 
 		 1419 aa  99.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  35.37 
 
 		 1140 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  36.32 
 
 		 1386 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  43.18 
 
 		 1505 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  43.18 
 
 		 1616 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  45 
 
 		 434 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  42.42 
 
 		 1600 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  44.06 
 
 		 439 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  41.3 
 
 		 1422 aa  86.7  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 1418 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 1402 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  39.86 
 
 		 1428 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 1390 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  38.73 
 
 		 1604 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  33.18 
 
 		 1379 aa  83.2  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  37.67 
 
 		 1447 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  43.88 
 
 		 1423 aa  80.1  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  34.97 
 
 		 1583 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  34.62 
 
 		 1437 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  34.97 
 
 		 597 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  33.12 
 
 		 1487 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  33.12 
 
 		 1494 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  33.12 
 
 		 1494 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  40.82 
 
 		 1475 aa  74.3  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  40.82 
 
 		 1457 aa  74.3  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  32.48 
 
 		 1495 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  31.98 
 
 		 1654 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  34.38 
 
 		 1517 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  47.22 
 
 		 540 aa  63.2  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  55.74 
 
 		 1530 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  38.37 
 
 		 113 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  47.3 
 
 		 86 aa  57  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  47.3 
 
 		 86 aa  57  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  47.3 
 
 		 86 aa  57  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  47.3 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  46.15 
 
 		 592 aa  56.6  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  45.07 
 
 		 466 aa  56.2  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  32.32 
 
 		 1527 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  40.21 
 
 		 96 aa  54.7  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  46.48 
 
 		 1381 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  40.79 
 
 		 102 aa  53.5  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  45.33 
 
 		 88 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  44.59 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  45.33 
 
 		 88 aa  52.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  24.62 
 
 		 2942 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  41.03 
 
 		 461 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 96 aa  51.2  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  45.07 
 
 		 1553 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  39.74 
 
 		 456 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  38.46 
 
 		 456 aa  49.7  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1614  Rhs family protein  45.95 
 
 		 89 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0130  Rhs family protein  45.95 
 
 		 89 aa  47.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904339  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  41.67 
 
 		 89 aa  47.8  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  41.67 
 
 		 89 aa  47.8  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  43.04 
 
 		 98 aa  47.8  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0167  Rhs family protein  45.95 
 
 		 91 aa  47.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688933  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0144  PAAR motif-containing protein  45.95 
 
 		 91 aa  47.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.352766  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  40.54 
 
 		 96 aa  47  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  40.79 
 
 		 93 aa  46.6  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  37.21 
 
 		 174 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 323 aa  45.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  34.78 
 
 		 169 aa  45.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  36.14 
 
 		 137 aa  44.7  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  39.13 
 
 		 84 aa  44.7  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  43.04 
 
 		 96 aa  44.3  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  39.66 
 
 		 94 aa  43.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  41.33 
 
 		 118 aa  43.1  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>