120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3775 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 
540 aa  1113    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3770  histidine kinase  77.46 
 
 
146 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  51.79 
 
 
466 aa  193  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3773  hypothetical protein  57.23 
 
 
159 aa  190  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463898  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  57.84 
 
 
592 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  55.88 
 
 
461 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  51.96 
 
 
456 aa  97.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  52.94 
 
 
456 aa  97.4  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  53.68 
 
 
96 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  39.58 
 
 
169 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  49.44 
 
 
96 aa  80.5  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  53.16 
 
 
323 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2184  PAAR repeat-containing protein  57.53 
 
 
88 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.062242  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  51.06 
 
 
176 aa  79  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  46.46 
 
 
101 aa  77  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0532  PAAR repeat-containing protein  55.17 
 
 
88 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  45.36 
 
 
174 aa  74.3  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  56.34 
 
 
855 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3448  PAAR repeat-containing protein  56.52 
 
 
88 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86089  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  47.19 
 
 
94 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  44.05 
 
 
99 aa  70.9  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  51.32 
 
 
1229 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  49.46 
 
 
96 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  46.34 
 
 
1446 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  42.42 
 
 
100 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  46.32 
 
 
96 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  50 
 
 
94 aa  64.3  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  47.22 
 
 
386 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  41.58 
 
 
1385 aa  63.9  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  43.68 
 
 
1421 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  41.58 
 
 
1400 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  44.44 
 
 
1140 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  50 
 
 
1409 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  50.65 
 
 
406 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  35.71 
 
 
1419 aa  62  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  45.65 
 
 
89 aa  61.6  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  45.65 
 
 
89 aa  61.6  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  42.53 
 
 
1386 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  45.36 
 
 
100 aa  61.2  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  42.55 
 
 
96 aa  60.5  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530651 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  43.3 
 
 
98 aa  60.5  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  45.35 
 
 
439 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  46.59 
 
 
113 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  38.24 
 
 
1411 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  41.24 
 
 
96 aa  59.3  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  38.64 
 
 
86 aa  59.3  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  40.21 
 
 
99 aa  58.9  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  38.64 
 
 
86 aa  59.3  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  38.64 
 
 
86 aa  59.3  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  41.94 
 
 
96 aa  58.9  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  45.35 
 
 
102 aa  58.2  0.0000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 
113 aa  57.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  42.42 
 
 
93 aa  57.8  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  42.68 
 
 
84 aa  57.4  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  40.23 
 
 
118 aa  57.4  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  41.24 
 
 
99 aa  57.4  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  44.19 
 
 
434 aa  57.4  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  35.42 
 
 
1359 aa  57.4  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  40.82 
 
 
100 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  46.67 
 
 
185 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  36.36 
 
 
1475 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  44.33 
 
 
99 aa  57  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  43.96 
 
 
172 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  45.12 
 
 
89 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  36.36 
 
 
1457 aa  55.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  38.96 
 
 
1410 aa  55.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  35.23 
 
 
1422 aa  54.7  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3608  PAAR  38.54 
 
 
92 aa  54.3  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000736395 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  45.12 
 
 
89 aa  54.3  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  37.66 
 
 
1423 aa  54.3  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2789  PAAR  42.5 
 
 
105 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0285082  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  41.58 
 
 
481 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  38.89 
 
 
1379 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  37.68 
 
 
86 aa  52.4  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5383  PAAR repeat-containing protein  42.55 
 
 
93 aa  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  39.56 
 
 
469 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  40.43 
 
 
96 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  41.3 
 
 
174 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  31.52 
 
 
1494 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 
1494 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 
1487 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  29.91 
 
 
1437 aa  50.8  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  40.28 
 
 
84 aa  50.4  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  32.97 
 
 
1517 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  39.33 
 
 
88 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1043  hypothetical protein  40.62 
 
 
92 aa  48.9  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  40.22 
 
 
179 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  40.91 
 
 
88 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  42.55 
 
 
96 aa  48.9  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  37.76 
 
 
131 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  40.96 
 
 
87 aa  47.8  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  40.96 
 
 
87 aa  47.8  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  40.96 
 
 
87 aa  47.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  40.43 
 
 
96 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  30.43 
 
 
1495 aa  47.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  40.28 
 
 
444 aa  47.4  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0281  hypothetical protein  36.62 
 
 
84 aa  47  0.0008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  42.05 
 
 
107 aa  46.6  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  32.53 
 
 
1447 aa  46.6  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  39.6 
 
 
379 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>