154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3224 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3224  type VI secretion protein  100 
 
 		 167 aa  337  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2624  hypothetical protein  88.62 
 
 		 167 aa  302  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2127  hypothetical protein  88.02 
 
 		 167 aa  300  9e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4074  hypothetical protein  78.44 
 
 		 167 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000649214  unclonable  0.000000799186 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3733  hypothetical protein  58.43 
 
 		 165 aa  186  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1196  hypothetical protein  59.62 
 
 		 166 aa  183  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0239  hypothetical protein  56.69 
 
 		 166 aa  182  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0241  hypothetical protein  56.69 
 
 		 166 aa  182  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2807  type VI secretion protein, VC_A0107 family  57.06 
 
 		 167 aa  181  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0247  hypothetical protein  55.41 
 
 		 166 aa  180  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.788284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1111  type VI secretion protein, family  57.05 
 
 		 167 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1231  type VI secretion protein  57.05 
 
 		 167 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.137782 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1070  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.21 
 
 		 167 aa  176  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.533436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2529  type VI secretion protein  54.25 
 
 		 162 aa  174  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0386  type VI secretion protein  53.09 
 
 		 165 aa  174  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3905  hypothetical protein  53.09 
 
 		 165 aa  174  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0313  hypothetical protein  53.09 
 
 		 165 aa  174  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3255  type VI secretion protein, VC_A0107 family  54.6 
 
 		 167 aa  174  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0045  hypothetical protein  53.05 
 
 		 169 aa  173  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05863  hypothetical protein  53.75 
 
 		 168 aa  165  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000441  uncharacterized protein ImpB  53.75 
 
 		 168 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0278  hypothetical protein  50.62 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1124  putative type VI secretion protein VasQ  49.37 
 
 		 164 aa  155  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5595  hypothetical protein  48.77 
 
 		 167 aa  152  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43040  hypothetical protein  49.39 
 
 		 168 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.138878 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0870  hypothetical protein  51.57 
 
 		 164 aa  151  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0090  hypothetical protein  48.41 
 
 		 168 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0744  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0196457  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0533  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56183  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0604  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0715  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.750715  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2123  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2025  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.393017  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1672  hypothetical protein  50.94 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.873681  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3172  hypothetical protein  48.39 
 
 		 161 aa  147  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5433  hypothetical protein  47.24 
 
 		 168 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3615  hypothetical protein  47.44 
 
 		 168 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0011  hypothetical protein  46.2 
 
 		 168 aa  140  7e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2543  hypothetical protein  44.72 
 
 		 166 aa  140  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0150995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1181  type VI secretion protein  44.81 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0031  hypothetical protein  53.68 
 
 		 103 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.841066  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0777  hypothetical protein  38.85 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2600  type VI secretion protein  38.22 
 
 		 166 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0798  type VI secretion protein  38.22 
 
 		 166 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.153288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0176  hypothetical protein  37.97 
 
 		 166 aa  101  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.026937  hitchhiker  0.000000135076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2814  hypothetical protein  36.2 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0625  hypothetical protein  39.02 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0562318 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2978  hypothetical protein  37.97 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000439438 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0726  hypothetical protein  38.22 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2511  hypothetical protein  38.22 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5266  hypothetical protein  38.65 
 
 		 168 aa  99.4  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1783  hypothetical protein  36.48 
 
 		 165 aa  97.1  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3649  type VI secretion protein  38.06 
 
 		 170 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2916  hypothetical protein  34.59 
 
 		 165 aa  94.4  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.318874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3261  type VI secretion protein  39.13 
 
 		 167 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.30542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3123  hypothetical protein  32.91 
 
 		 166 aa  87.4  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.489353  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0161  hypothetical protein  35.29 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.535252  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2369  hypothetical protein  39.47 
 
 		 166 aa  82  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4953  hypothetical protein  34.81 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3100  hypothetical protein  35.14 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3025  hypothetical protein  34.67 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0474697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3073  hypothetical protein  33.97 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.747125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2510  type VI secretion protein  34.18 
 
 		 177 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203105  normal  0.816356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2622  hypothetical protein  35.14 
 
 		 179 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2764  type VI secretion protein  35.14 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0599499  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0032  hypothetical protein  61.02 
 
 		 58 aa  70.9  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.865838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000020  uncharacterized protein ImpB  34.87 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1529  hypothetical protein  33.11 
 
 		 167 aa  67.4  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2360  type VI secretion protein, VC_A0107 family  40.34 
 
 		 183 aa  67  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109575 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6051  hypothetical protein  32 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2268  hypothetical protein  32.43 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.923124  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02045  EvpA  32.65 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.792135  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1171  putative type VI secretion protein VasQ-1  30.82 
 
 		 169 aa  64.7  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.242549  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01965  hypothetical protein  31.03 
 
 		 170 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.380992  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3041  type VI secretion protein, VC_A0107 family  32.08 
 
 		 178 aa  62  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0155  hypothetical protein  33.33 
 
 		 172 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01010  hypothetical protein  33.33 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3645  EvpA  30.94 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0328511  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2964  EvpA  30.94 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3635  hypothetical protein  30.94 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0300878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3660  hypothetical protein  30.94 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471211  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0445  type VI secretion protein  29.45 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.493585  normal  0.482575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3559  hypothetical protein  29.45 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00132458  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2639  hypothetical protein  29.45 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00139416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0467  hypothetical protein  29.45 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00157357  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5978  type VI secretion protein  29.17 
 
 		 190 aa  57  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.332632  normal  0.785874 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3121  hypothetical protein  29.61 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241786  normal  0.0428701 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3477  hypothetical protein  29.61 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.772504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2322  hypothetical protein  33.33 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0239725  normal  0.0114186 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6114  type VI secretion protein  34.75 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27143 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0299  type VI secretion protein  33.9 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.506089  normal  0.154697 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0296  hypothetical protein  33.9 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.822214 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0381  hypothetical protein  28.77 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00433333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0402  type VI secretion protein  28.77 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000194603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0311  type VI secretion protein, family  33.9 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0305  type VI secretion protein, family  33.9 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3028  type VI secretion protein  33.96 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1733  hypothetical protein  32.26 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541869  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4913  type VI secretion protein, VC_A0107 family  29.25 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468167  normal  0.0151327 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4091  type VI secretion protein  32.46 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000140512 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>