154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4074 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4074  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  335  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000649214  unclonable  0.000000799186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2624  hypothetical protein  82.04 
 
 		 167 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2127  hypothetical protein  82.04 
 
 		 167 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3224  type VI secretion protein  78.44 
 
 		 167 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3733  hypothetical protein  55.49 
 
 		 165 aa  182  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2807  type VI secretion protein, VC_A0107 family  57.06 
 
 		 167 aa  179  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3255  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.83 
 
 		 167 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1070  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.83 
 
 		 167 aa  177  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.533436  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3905  hypothetical protein  52.47 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0386  type VI secretion protein  52.47 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0313  hypothetical protein  52.47 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1196  hypothetical protein  55.41 
 
 		 166 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1111  type VI secretion protein, family  54.55 
 
 		 167 aa  171  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1231  type VI secretion protein  54.55 
 
 		 167 aa  171  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.137782 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2529  type VI secretion protein  52.26 
 
 		 162 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0239  hypothetical protein  52.15 
 
 		 166 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0241  hypothetical protein  52.15 
 
 		 166 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0247  hypothetical protein  51.53 
 
 		 166 aa  164  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.788284 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0045  hypothetical protein  52.56 
 
 		 169 aa  162  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000441  uncharacterized protein ImpB  52.87 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05863  hypothetical protein  52.87 
 
 		 168 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1124  putative type VI secretion protein VasQ  51.88 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0278  hypothetical protein  50.62 
 
 		 162 aa  157  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0870  hypothetical protein  53.85 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43040  hypothetical protein  50 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.138878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0090  hypothetical protein  50.63 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0744  hypothetical protein  51.92 
 
 		 164 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0196457  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0533  hypothetical protein  51.92 
 
 		 164 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56183  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5595  hypothetical protein  49.09 
 
 		 167 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0604  hypothetical protein  51.92 
 
 		 164 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0715  hypothetical protein  51.92 
 
 		 164 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.750715  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1672  hypothetical protein  51.92 
 
 		 164 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.873681  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2123  hypothetical protein  51.28 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2025  hypothetical protein  51.28 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.393017  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5433  hypothetical protein  47.59 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3615  hypothetical protein  48.1 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0011  hypothetical protein  48.1 
 
 		 168 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3172  hypothetical protein  48.05 
 
 		 161 aa  144  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2543  hypothetical protein  45.57 
 
 		 166 aa  143  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0150995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1181  type VI secretion protein  48.68 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0777  hypothetical protein  41.61 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0176  hypothetical protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.026937  hitchhiker  0.000000135076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0798  type VI secretion protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.153288  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2600  type VI secretion protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2978  hypothetical protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000439438 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0726  hypothetical protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2511  hypothetical protein  41.61 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0031  hypothetical protein  52.63 
 
 		 103 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.841066  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5266  hypothetical protein  40.88 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0625  hypothetical protein  39.24 
 
 		 171 aa  99.4  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0562318 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3649  type VI secretion protein  41.06 
 
 		 170 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2814  hypothetical protein  35.71 
 
 		 175 aa  97.8  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2916  hypothetical protein  34.94 
 
 		 165 aa  97.4  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.318874 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1783  hypothetical protein  36.14 
 
 		 165 aa  94.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3261  type VI secretion protein  37.58 
 
 		 167 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.30542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3123  hypothetical protein  34.23 
 
 		 166 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.489353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4953  hypothetical protein  34.18 
 
 		 177 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2369  hypothetical protein  36.18 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0161  hypothetical protein  34.78 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.535252  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3073  hypothetical protein  34.62 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.747125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2510  type VI secretion protein  33.54 
 
 		 177 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203105  normal  0.816356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2622  hypothetical protein  33.78 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2764  type VI secretion protein  33.78 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0599499  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3100  hypothetical protein  33.11 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000020  uncharacterized protein ImpB  32.89 
 
 		 176 aa  72  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100303  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1171  putative type VI secretion protein VasQ-1  31.61 
 
 		 169 aa  70.5  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.242549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2268  hypothetical protein  31.08 
 
 		 177 aa  70.9  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.923124  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0032  hypothetical protein  60.71 
 
 		 58 aa  70.9  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.865838  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3025  hypothetical protein  34 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0474697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1529  hypothetical protein  31.76 
 
 		 167 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02045  EvpA  30.82 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.792135  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6114  type VI secretion protein  34.25 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2360  type VI secretion protein, VC_A0107 family  33.57 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109575 
 
 
-
 
NC_003296  RS01965  hypothetical protein  27.95 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.380992  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3559  hypothetical protein  28.77 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00132458  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0445  type VI secretion protein  28.77 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.493585  normal  0.482575 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2639  hypothetical protein  28.77 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00139416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0467  hypothetical protein  28.77 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00157357  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0381  hypothetical protein  28.77 
 
 		 171 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00433333  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6051  hypothetical protein  30 
 
 		 171 aa  61.6  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0402  type VI secretion protein  28.77 
 
 		 171 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000194603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4913  type VI secretion protein, VC_A0107 family  28.93 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468167  normal  0.0151327 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1733  hypothetical protein  30 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541869  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3645  EvpA  28.57 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0328511  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0980  hypothetical protein  31.97 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3635  hypothetical protein  28.57 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0300878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3660  hypothetical protein  28.57 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471211  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3041  type VI secretion protein, VC_A0107 family  30.82 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2964  EvpA  29.14 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5978  type VI secretion protein  33.33 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.332632  normal  0.785874 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2930  type VI secretion protein  28.08 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00592536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2871  hypothetical protein  32.28 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2177  hypothetical protein  31.33 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3477  hypothetical protein  29.61 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.772504  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0305  type VI secretion protein, family  32.19 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2443  hypothetical protein  29.86 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.485859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0299  type VI secretion protein  32.19 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.506089  normal  0.154697 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0311  type VI secretion protein, family  32.19 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3121  hypothetical protein  29.61 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241786  normal  0.0428701 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3028  type VI secretion protein  31.87 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>