155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01965 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01965  hypothetical protein  100 
 
 		 170 aa  336  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.380992  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3559  hypothetical protein  80 
 
 		 171 aa  273  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00132458  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2639  hypothetical protein  80 
 
 		 171 aa  273  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00139416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0467  hypothetical protein  80 
 
 		 171 aa  273  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00157357  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0445  type VI secretion protein  80 
 
 		 171 aa  273  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.493585  normal  0.482575 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2930  type VI secretion protein  80.59 
 
 		 171 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00592536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4913  type VI secretion protein, VC_A0107 family  83.23 
 
 		 182 aa  271  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468167  normal  0.0151327 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0381  hypothetical protein  79.41 
 
 		 171 aa  271  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00433333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0402  type VI secretion protein  79.41 
 
 		 171 aa  271  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000194603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3645  EvpA  79.17 
 
 		 172 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0328511  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3635  hypothetical protein  79.17 
 
 		 172 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0300878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3660  hypothetical protein  79.17 
 
 		 172 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2964  EvpA  79.17 
 
 		 172 aa  269  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2177  hypothetical protein  72.62 
 
 		 170 aa  244  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02045  EvpA  71.43 
 
 		 166 aa  239  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.792135  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3100  hypothetical protein  62.73 
 
 		 191 aa  207  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2268  hypothetical protein  62.11 
 
 		 177 aa  207  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.923124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2622  hypothetical protein  62.73 
 
 		 179 aa  206  9e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2764  type VI secretion protein  62.73 
 
 		 179 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0599499  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2510  type VI secretion protein  62.11 
 
 		 177 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203105  normal  0.816356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4953  hypothetical protein  61.49 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50800  hypothetical protein  55.13 
 
 		 187 aa  184  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3043  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.7 
 
 		 176 aa  184  6e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1207  type VI secretion protein, VC_A0107 family  55.7 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34070  hypothetical protein  53.85 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0502886  normal  0.0617525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2896  hypothetical protein  53.85 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3406  hypothetical protein  53.85 
 
 		 180 aa  174  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000020  uncharacterized protein ImpB  49.7 
 
 		 176 aa  169  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1529  hypothetical protein  50.96 
 
 		 167 aa  163  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5978  type VI secretion protein  52.26 
 
 		 190 aa  162  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.332632  normal  0.785874 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1733  hypothetical protein  47.88 
 
 		 182 aa  157  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541869  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2369  hypothetical protein  48.08 
 
 		 166 aa  156  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3474  hypothetical protein  47.53 
 
 		 180 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.279026  normal  0.968797 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1683  type VI secretion protein, VC_A0107 family  48.45 
 
 		 179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0225402 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3073  hypothetical protein  49.03 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.747125  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0334  hypothetical protein  44.83 
 
 		 193 aa  144  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0243  hypothetical protein  44.83 
 
 		 193 aa  144  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0871713  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6673  type VI secretion protein  48.45 
 
 		 185 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.72757  normal  0.388479 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6114  type VI secretion protein  48.08 
 
 		 177 aa  143  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27143 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0980  hypothetical protein  47.77 
 
 		 179 aa  141  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1909  hypothetical protein  44.25 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0921  hypothetical protein  44.25 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1208  hypothetical protein  44.25 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2183  hypothetical protein  44.25 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.945386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3028  type VI secretion protein  46.58 
 
 		 178 aa  140  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26670  hypothetical protein (UCP028301)  48.12 
 
 		 188 aa  140  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10267  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0941  type VI secretion protein, VC_A0107 family  46.25 
 
 		 181 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2461  type VI secretion protein, VC_A0107 family  47.17 
 
 		 176 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3907  type VI secretion protein  47.1 
 
 		 179 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406432 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1695  hypothetical protein  45.51 
 
 		 1238 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1605  hypothetical protein  45.96 
 
 		 179 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.350128  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0157  hypothetical protein  45.96 
 
 		 179 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0133  hypothetical protein  45.96 
 
 		 179 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3003  hypothetical protein  45.91 
 
 		 178 aa  137  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1171  putative type VI secretion protein VasQ-1  44.44 
 
 		 169 aa  137  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.242549  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0121  hypothetical protein  46.5 
 
 		 179 aa  136  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6051  hypothetical protein  47.74 
 
 		 171 aa  137  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0258  hypothetical protein  43.53 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1479  type VI secretion protein  44.72 
 
 		 174 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.276644  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1367  hypothetical protein  44.72 
 
 		 174 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.466171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2871  hypothetical protein  44.72 
 
 		 174 aa  135  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0193  type VI secretion protein, VC_A0107 family  44.94 
 
 		 189 aa  134  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4091  type VI secretion protein  47.1 
 
 		 168 aa  134  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000140512 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3850  type VI secretion protein  45.22 
 
 		 180 aa  134  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.453706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2095  putative cytoplasmic protein  45.34 
 
 		 182 aa  134  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3025  hypothetical protein  45.81 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0474697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1476  hypothetical protein  44.59 
 
 		 182 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2322  hypothetical protein  44.87 
 
 		 171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0239725  normal  0.0114186 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1588  hypothetical protein  44.52 
 
 		 184 aa  132  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149001  normal  0.271406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0550  type VI secretion protein, VC_A0107 family  47.2 
 
 		 172 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0155  hypothetical protein  43.48 
 
 		 172 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1200  hypothetical protein  42.51 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2960  hypothetical protein  42.51 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2835  hypothetical protein  42.51 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3565  type VI secretion protein  41.57 
 
 		 186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0763  hypothetical protein  41.57 
 
 		 186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.184659  normal  0.121475 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01010  hypothetical protein  42.86 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3436  hypothetical protein  41.57 
 
 		 186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00868528  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0299  type VI secretion protein  42.86 
 
 		 180 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.506089  normal  0.154697 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0296  hypothetical protein  42.86 
 
 		 180 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.822214 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0311  type VI secretion protein, family  42.86 
 
 		 180 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0305  type VI secretion protein, family  42.86 
 
 		 180 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0403  hypothetical protein  41.92 
 
 		 192 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1600  hypothetical protein  41.92 
 
 		 192 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1783  hypothetical protein  41.92 
 
 		 192 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0453  hypothetical protein  41.92 
 
 		 192 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3041  type VI secretion protein, VC_A0107 family  43.48 
 
 		 178 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2074  hypothetical protein  38.51 
 
 		 182 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.385689  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1901  hypothetical protein  40 
 
 		 183 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0789  hypothetical protein  38.51 
 
 		 182 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0700  hypothetical protein  38.51 
 
 		 182 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2018  type VI secretion protein  38.51 
 
 		 182 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2360  type VI secretion protein, VC_A0107 family  40.83 
 
 		 183 aa  115  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109575 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00266  hypothetical protein  42.96 
 
 		 150 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3477  hypothetical protein  36.81 
 
 		 176 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.772504  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3121  hypothetical protein  36.81 
 
 		 176 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241786  normal  0.0428701 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2814  hypothetical protein  34.62 
 
 		 175 aa  95.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2443  hypothetical protein  34.55 
 
 		 180 aa  94  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.485859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05863  hypothetical protein  35.42 
 
 		 168 aa  91.7  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000441  uncharacterized protein ImpB  35.42 
 
 		 168 aa  91.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>