More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3478 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2588  bacterial luciferase family protein  88.18 
 
 		 345 aa  641    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.143367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2278  luciferase  88.76 
 
 		 345 aa  645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0442763  normal  0.0103665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3263  luciferase-like  86.17 
 
 		 347 aa  637    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3478  luciferase family protein  100 
 
 		 347 aa  723    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2265  luciferase family protein  86.99 
 
 		 346 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3644  luciferase family protein  86.71 
 
 		 346 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130748  normal  0.102583 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2087  luciferase family protein  86.71 
 
 		 346 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0147979  normal  0.63736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2260  luciferase family protein  85.84 
 
 		 347 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0087  Luciferase-like monooxygenase  74.93 
 
 		 355 aa  562  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2214  glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme F420)  53.45 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.125658  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6252  luciferase family protein  50.58 
 
 		 346 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  0.361259 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5586  Luciferase-like monooxygenase  49.57 
 
 		 346 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0885387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6547  Luciferase-like monooxygenase  49.28 
 
 		 346 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6122  luciferase family protein  52.16 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.632716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6087  alkanal monooxygenase alpha chain  47.69 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2477  luciferase family protein  46.69 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.030707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5506  Luciferase-like monooxygenase  45.95 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000556535 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2525  luciferase-like  45.09 
 
 		 363 aa  329  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4155  luciferase-like  44.96 
 
 		 343 aa  326  4.0000000000000003e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.455198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2291  luciferase family protein  45.38 
 
 		 354 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4322  luciferase family protein  43.35 
 
 		 358 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2104  luciferase family protein  32.14 
 
 		 353 aa  159  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5502  Luciferase-like monooxygenase  27.45 
 
 		 363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.86603  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2522  luciferase-like monooxygenase  27.54 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0436016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2017  luciferase family protein  28.53 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3765  luciferase-like  29.6 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1412  flavin-dependent oxidoreductase  29.89 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1478  putative luciferase-alpha subunit  31.33 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4241  luciferase family protein  28.05 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00842618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2704  Luciferase-like monooxygenase  28.57 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.682555  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0388  Luciferase-like, subgroup  27.37 
 
 		 365 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4198  Luciferase-like monooxygenase  27.35 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3405  luciferase-like protein  29.86 
 
 		 333 aa  124  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2074  luciferase family protein  27.13 
 
 		 377 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1960  Luciferase-like monooxygenase  36.65 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2103  luciferase family protein  31.78 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0919949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2321  monooxygenase, luciferase-like protein  36.65 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3576  luciferase-like monooxygenase  29.97 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.138987  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6860  flavin-dependent oxidoreductase  28.2 
 
 		 352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1541  luciferase-like  25.59 
 
 		 382 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0704  luciferase family protein  28.18 
 
 		 346 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169592 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2368  Luciferase-like, subgroup  29.83 
 
 		 341 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3354  luciferase family protein  27.03 
 
 		 383 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.698383  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0734  luciferase-like monooxygenase  27.17 
 
 		 364 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0210  luciferase family protein  27.03 
 
 		 415 aa  112  9e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.370837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8163  Luciferase-like monooxygenase  28.17 
 
 		 386 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3263  luciferase family protein  27.3 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6239  luciferase family protein  26.8 
 
 		 402 aa  109  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.46641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3467  luciferase family protein  28.65 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0478174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3594  luciferase family protein  26.32 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.335123  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0457  luciferase-like  34.52 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.710485  normal  0.228876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2108  luciferase family protein  27.2 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2703  Luciferase-like monooxygenase  37.29 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.190412  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2881  luciferase-like protein  25.31 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8741  Luciferase-like monooxygenase  28.88 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.308879 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0972  luciferase-like protein  26.13 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3549  luciferase-like monooxygenase  26.7 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7171  monooxygenase  29.1 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21228  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2404  luciferase family protein  28.61 
 
 		 439 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0389  Luciferase-like monooxygenase  29.2 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3783  luciferase-like protein  28.41 
 
 		 436 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3856  luciferase family protein  28.41 
 
 		 436 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3787  luciferase family protein  28.41 
 
 		 436 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.82218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3900  Luciferase-like, subgroup  25.64 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.310372  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0953  putative luciferase-like monooxygenase  26.36 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2701  Luciferase-like monooxygenase  27.64 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00906967  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6510  luciferase family protein  26.47 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345279  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4242  luciferase family protein  27.65 
 
 		 439 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1774  alkanal monooxygenase  24.38 
 
 		 371 aa  99.4  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0539243  normal  0.0415142 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1053  luciferase family protein  29.36 
 
 		 376 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4140  luciferase-like  28.48 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.784966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4909  luciferase-like  25.88 
 
 		 384 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3254  luciferase family protein  25.88 
 
 		 384 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0647  luciferase-like monooxygenase  25.7 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1828  Luciferase-like monooxygenase  26.98 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0959568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4238  luciferase family protein  27.56 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1793  alkanal monooxygenase  24.15 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476726 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4178  Luciferase-like monooxygenase  26.69 
 
 		 344 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05860  peptide synthetase protein  28.7 
 
 		 6889 aa  96.3  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03171  putative luciferase (monooxygenase) oxidoreductase protein  38.46 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.208799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4460  luciferase-like protein  28.16 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0732  luciferase  25.39 
 
 		 321 aa  95.9  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06242  alkanal monooxygenase alpha chain  24.03 
 
 		 355 aa  94.4  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2699  Luciferase-like monooxygenase  31.49 
 
 		 342 aa  94  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00225064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4006  luciferase-like protein  25.8 
 
 		 364 aa  93.6  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1042  luciferase family protein  26.71 
 
 		 358 aa  93.2  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.548372  normal  0.0698642 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0164  Luciferase-like monooxygenase  25.5 
 
 		 334 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3153  luciferase family protein  28.94 
 
 		 348 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0027  Luciferase-like monooxygenase  27.4 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3707  Luciferase-like monooxygenase  26.88 
 
 		 377 aa  90.9  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2315  Luciferase-like monooxygenase  27.54 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.447599  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0029  Luciferase-like monooxygenase  27.54 
 
 		 346 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0157  Luciferase-like monooxygenase  29.71 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.966319 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4850  hypothetical protein  26.7 
 
 		 347 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.401256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3066  MCP methyltransferase, CheR-type  27.16 
 
 		 4483 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0819  luciferase-like monooxygenase  25.07 
 
 		 349 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4740  Luciferase-like monooxygenase  27.35 
 
 		 330 aa  86.7  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8768  Luciferase-like monooxygenase  29.32 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.463122 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 		 1107 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0803  putative F420-dependent oxidoreductase  24.59 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>