More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2588 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3644  luciferase family protein  88.12 
 
 
346 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130748  normal  0.102583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2588  bacterial luciferase family protein  100 
 
 
345 aa  719    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.143367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2278  luciferase  96.23 
 
 
345 aa  695    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0442763  normal  0.0103665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3263  luciferase-like  90.78 
 
 
347 aa  660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3478  luciferase family protein  88.18 
 
 
347 aa  641    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2265  luciferase family protein  87.83 
 
 
346 aa  638    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2087  luciferase family protein  88.12 
 
 
346 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0147979  normal  0.63736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2260  luciferase family protein  85.55 
 
 
347 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0087  Luciferase-like monooxygenase  76.08 
 
 
355 aa  559  1e-158  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2214  glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme F420)  52.31 
 
 
347 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.125658  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6122  luciferase family protein  50.14 
 
 
345 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.632716  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5586  Luciferase-like monooxygenase  46.69 
 
 
346 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0885387  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6252  luciferase family protein  47.4 
 
 
346 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  0.361259 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6547  Luciferase-like monooxygenase  45.82 
 
 
346 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188362  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6087  alkanal monooxygenase alpha chain  46.38 
 
 
345 aa  353  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2525  luciferase-like  44.8 
 
 
363 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2477  luciferase family protein  44.67 
 
 
344 aa  320  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.030707  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5506  Luciferase-like monooxygenase  44.22 
 
 
358 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000556535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2291  luciferase family protein  45.09 
 
 
354 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4155  luciferase-like  43.23 
 
 
343 aa  311  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.455198 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4322  luciferase family protein  43.06 
 
 
358 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2104  luciferase family protein  30.85 
 
 
353 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1412  flavin-dependent oxidoreductase  29.77 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2704  Luciferase-like monooxygenase  29.16 
 
 
362 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.682555  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2017  luciferase family protein  28.37 
 
 
352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2522  luciferase-like monooxygenase  26.98 
 
 
374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0436016  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5502  Luciferase-like monooxygenase  30.17 
 
 
363 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.86603  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0388  Luciferase-like, subgroup  27.02 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2074  luciferase family protein  27.15 
 
 
377 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2103  luciferase family protein  30.51 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0919949  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3765  luciferase-like  27.3 
 
 
352 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3405  luciferase-like protein  26.59 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3354  luciferase family protein  26.96 
 
 
383 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.698383  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1478  putative luciferase-alpha subunit  27.48 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00296323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4241  luciferase family protein  26.44 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00842618  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1541  luciferase-like  25.97 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2321  monooxygenase, luciferase-like protein  34.87 
 
 
362 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1960  Luciferase-like monooxygenase  34.87 
 
 
362 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3263  luciferase family protein  26 
 
 
327 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8741  Luciferase-like monooxygenase  27.91 
 
 
372 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.308879 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2881  luciferase-like protein  25.38 
 
 
334 aa  106  5e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4198  Luciferase-like monooxygenase  24.86 
 
 
376 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3594  luciferase family protein  25.85 
 
 
387 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.335123  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0972  luciferase-like protein  25.6 
 
 
342 aa  104  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0210  luciferase family protein  26.36 
 
 
415 aa  103  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.370837  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0734  luciferase-like monooxygenase  27.83 
 
 
364 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6239  luciferase family protein  27.12 
 
 
402 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.46641  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3576  luciferase-like monooxygenase  26.64 
 
 
329 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.138987  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1793  alkanal monooxygenase  24.79 
 
 
362 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.476726 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2703  Luciferase-like monooxygenase  26.22 
 
 
341 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.190412  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3549  luciferase-like monooxygenase  25.21 
 
 
343 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6860  flavin-dependent oxidoreductase  25.58 
 
 
352 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515247  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3900  Luciferase-like, subgroup  25.64 
 
 
335 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.310372  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2368  Luciferase-like, subgroup  28.03 
 
 
341 aa  100  5e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1828  Luciferase-like monooxygenase  26.33 
 
 
329 aa  100  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0959568 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4460  luciferase-like protein  27.46 
 
 
344 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8163  Luciferase-like monooxygenase  26.15 
 
 
386 aa  99.4  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6510  luciferase family protein  26.8 
 
 
384 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345279  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4178  Luciferase-like monooxygenase  26.88 
 
 
344 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2108  luciferase family protein  25.41 
 
 
380 aa  97.4  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3783  luciferase-like protein  27.55 
 
 
436 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3856  luciferase family protein  27.55 
 
 
436 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92968  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0027  Luciferase-like monooxygenase  28.61 
 
 
345 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3787  luciferase family protein  27.55 
 
 
436 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.82218  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0704  luciferase family protein  25.69 
 
 
346 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0169592 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0457  luciferase-like  30.26 
 
 
333 aa  96.7  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.710485  normal  0.228876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0029  Luciferase-like monooxygenase  28.61 
 
 
346 aa  96.7  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7171  monooxygenase  27.81 
 
 
348 aa  96.7  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4909  luciferase-like  25.94 
 
 
384 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3254  luciferase family protein  25.94 
 
 
384 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3467  luciferase family protein  27.67 
 
 
354 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0478174  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1774  alkanal monooxygenase  25.46 
 
 
371 aa  93.6  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0539243  normal  0.0415142 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2404  luciferase family protein  26.72 
 
 
439 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0953  putative luciferase-like monooxygenase  26.43 
 
 
348 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4242  luciferase family protein  26.8 
 
 
439 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2521  luciferase-like monooxygenase  31.09 
 
 
364 aa  90.5  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00896395  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4140  luciferase-like  33.88 
 
 
354 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.784966  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1042  luciferase family protein  26.13 
 
 
358 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.548372  normal  0.0698642 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3707  Luciferase-like monooxygenase  26.47 
 
 
377 aa  90.5  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2701  Luciferase-like monooxygenase  26.78 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00906967  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4238  luciferase family protein  25.85 
 
 
345 aa  90.1  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140286  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3153  luciferase family protein  27.22 
 
 
348 aa  89.7  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8768  Luciferase-like monooxygenase  28.44 
 
 
375 aa  89.7  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.463122 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0389  Luciferase-like monooxygenase  26.97 
 
 
330 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1675  luciferase family protein  23.89 
 
 
362 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.79214  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4850  hypothetical protein  26.65 
 
 
347 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.401256 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1236  Alkanal monooxygenase (FMN-linked)  31.89 
 
 
323 aa  86.7  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.282844  normal  0.0150707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1053  luciferase family protein  26.51 
 
 
376 aa  86.3  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0647  luciferase-like monooxygenase  32.73 
 
 
321 aa  85.9  9e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0164  Luciferase-like monooxygenase  24.58 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0732  luciferase  32.73 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05860  peptide synthetase protein  26.73 
 
 
6889 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06242  alkanal monooxygenase alpha chain  24.03 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7310  monooxygenase  24.55 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3066  MCP methyltransferase, CheR-type  28.06 
 
 
4483 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2315  Luciferase-like monooxygenase  24.23 
 
 
343 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.447599  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4429  luciferase family protein  25.9 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2699  Luciferase-like monooxygenase  23.82 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00225064  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0157  Luciferase-like monooxygenase  37.61 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.966319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1750  amino acid adenylation domain protein  25.58 
 
 
3337 aa  80.9  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0447353 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>