More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0938 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0938  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 320 aa  647    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57140  putative two-component response regulator  80.5 
 
 		 366 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4967  putative two-component response regulator  80.19 
 
 		 321 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2586  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.91 
 
 		 323 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.340266  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.06 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  27.04 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.62 
 
 		 584 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.4 
 
 		 324 aa  99.8  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  31.03 
 
 		 422 aa  93.6  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.07 
 
 		 340 aa  93.2  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  25.24 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  27.44 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 351 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.77 
 
 		 423 aa  90.1  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.3 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 634 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 362 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  33.56 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 453 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 917 aa  86.3  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  27.49 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.41 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1210  response regulator receiver protein  33.09 
 
 		 400 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0544929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 569 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  27.27 
 
 		 634 aa  80.1  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  31.03 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.93 
 
 		 593 aa  79.3  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.93 
 
 		 593 aa  79.3  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.96 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.72 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  34.31 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0679  response regulator receiver  32.39 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 434 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  29.53 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.15 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.15 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 		 1691 aa  77  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.61 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  24.76 
 
 		 458 aa  75.9  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  25.69 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  24.43 
 
 		 458 aa  74.3  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  33.33 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  33.33 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  33.33 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2647  response regulator receiver protein  31.69 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0228439  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  33.33 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.76 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.04 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  33.33 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  33.33 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0071  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  31.33 
 
 		 426 aa  73.2  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  35.48 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.08 
 
 		 400 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  34.68 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 380 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1939  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.48 
 
 		 248 aa  72  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117768  normal  0.104796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1203  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1634  response regulator receiver protein  40 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.03 
 
 		 419 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  27.5 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.05 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  34.59 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  25.97 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0930  response regulator  35.11 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 465 aa  70.9  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  24.76 
 
 		 457 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0994  response regulator  35.11 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  24.92 
 
 		 799 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.62 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  25 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 		 581 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  32.08 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.89 
 
 		 457 aa  70.1  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3149  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.31 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618172  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4555  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  27.5 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 355 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>