More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0558 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0558  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 513 aa  1027    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.8 
 
 		 409 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 450 aa  120  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.01 
 
 		 402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 340 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  23.66 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 380 aa  99.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  25.43 
 
 		 405 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.69 
 
 		 448 aa  95.1  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  27.93 
 
 		 371 aa  95.5  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 462 aa  94.4  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  24.67 
 
 		 348 aa  90.5  6e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 432 aa  89.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  23.74 
 
 		 397 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 358 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 467 aa  88.2  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  23.7 
 
 		 354 aa  87.8  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 354 aa  87.8  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.32 
 
 		 370 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 354 aa  87.4  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  23.71 
 
 		 358 aa  87  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 379 aa  87  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 354 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  23.96 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  23.7 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  29.18 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  25.72 
 
 		 352 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  23.4 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  25.13 
 
 		 461 aa  84.7  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 370 aa  84.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  23.44 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 444 aa  84  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.71 
 
 		 383 aa  83.6  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  22.49 
 
 		 361 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 350 aa  82.8  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 418 aa  83.2  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  22.36 
 
 		 365 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  22.91 
 
 		 405 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.54 
 
 		 376 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 		 372 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  23.98 
 
 		 360 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  23.73 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 509 aa  82.4  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 500 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  31.55 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  23.19 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  23.19 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.14 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  24.15 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 360 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 360 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.03 
 
 		 370 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  23.84 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  23.77 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.95 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  34.27 
 
 		 530 aa  80.5  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  27.16 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.04 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  22.34 
 
 		 415 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.34 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  22.34 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  22.34 
 
 		 415 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  22.78 
 
 		 376 aa  80.1  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 409 aa  79.7  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  22.34 
 
 		 455 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  24.13 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.21 
 
 		 397 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24.67 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  26.03 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  23.1 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.35 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  22.77 
 
 		 415 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.89 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  26.03 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  24.94 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.4 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  23.34 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>