More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5020 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5020  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  100 
 
 
249 aa  504  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.363473  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3720  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.24 
 
 
235 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0600  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  78.24 
 
 
235 aa  374  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0638  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  77.82 
 
 
235 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6120  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  76.15 
 
 
235 aa  373  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5885  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  76.57 
 
 
235 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6799  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  75.73 
 
 
235 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704148  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5092  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.67 
 
 
235 aa  347  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3710  3-oxoacid CoA-transferase  65 
 
 
236 aa  296  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3591  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.49 
 
 
276 aa  294  9e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2597  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.01 
 
 
230 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.260319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3951  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  59.03 
 
 
231 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3593  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.03 
 
 
231 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310124  normal  0.560913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1871  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.59 
 
 
231 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.17369 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2873  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.3 
 
 
231 aa  254  7e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3550  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.3 
 
 
231 aa  254  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520535  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5561  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.33 
 
 
233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.670135  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5289  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.48 
 
 
231 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.496045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0865  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.77 
 
 
236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3946  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.41 
 
 
233 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.358275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4312  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.72 
 
 
235 aa  252  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.457397  normal  0.761681 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4457  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.64 
 
 
233 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.33812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0643  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A (pcaI)  58.3 
 
 
233 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.371061  normal  0.0641252 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4435  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.33 
 
 
233 aa  251  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.4 
 
 
238 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5288  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.4 
 
 
237 aa  249  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.595074  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2066  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.19 
 
 
231 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0689657  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2459  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.19 
 
 
231 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.695651  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5113  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  57.4 
 
 
238 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.4 
 
 
238 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1483  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  58.3 
 
 
282 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0056  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  58.3 
 
 
282 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.16571  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3129  3-oxoadipate CoA-transferase  56.95 
 
 
237 aa  248  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1200  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  58.3 
 
 
282 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0054  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  58.3 
 
 
282 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876381  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  58.3 
 
 
237 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1552  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  58.3 
 
 
237 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0067  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  57.85 
 
 
282 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200296  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1036  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  55.46 
 
 
233 aa  247  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.138374  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3158  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.95 
 
 
238 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.913746  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.14 
 
 
225 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.513534 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3086  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.14 
 
 
221 aa  246  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5017  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.95 
 
 
238 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  56.5 
 
 
237 aa  245  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2254  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A protein  58.33 
 
 
229 aa  245  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0955089  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4072  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.38 
 
 
219 aa  244  6.999999999999999e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1262  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  54.26 
 
 
230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3037  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.11 
 
 
228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625654  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.53 
 
 
220 aa  242  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5585  coenzyme A transferase  56.95 
 
 
246 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4594  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.72 
 
 
228 aa  241  1e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1120  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.21 
 
 
225 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3848  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.27 
 
 
233 aa  238  5.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1076  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  58.11 
 
 
221 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3667  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  56.94 
 
 
221 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5059  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  56.56 
 
 
226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00434544  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.5 
 
 
233 aa  232  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.42 
 
 
219 aa  230  1e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0138899  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1229  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  54.27 
 
 
238 aa  228  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000422585  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1113  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.88 
 
 
231 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.49 
 
 
232 aa  223  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.802929  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0526  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.49 
 
 
232 aa  222  4e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.02 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1730  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.02 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1680  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.02 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.514841  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1702  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  53.02 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.125286  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1504  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.2 
 
 
223 aa  218  7.999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1506  coenzyme A transferase  56.11 
 
 
232 aa  214  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.825778  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.66 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1846  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.35 
 
 
228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.7 
 
 
227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.359655 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.22 
 
 
245 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5001  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.07 
 
 
246 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0462314  hitchhiker  0.0019273 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4403  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.84 
 
 
232 aa  207  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189982  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.12 
 
 
233 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  47.3 
 
 
235 aa  207  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47.3 
 
 
232 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.79 
 
 
245 aa  205  7e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.79 
 
 
245 aa  205  7e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.94 
 
 
255 aa  204  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.91 
 
 
236 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584651  normal  0.485272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.78 
 
 
235 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  49.55 
 
 
242 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.37 
 
 
246 aa  202  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  48.26 
 
 
238 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  48.86 
 
 
229 aa  201  7e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47.6 
 
 
235 aa  201  8e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0518  3-oxoacid CoA-transferase  45.5 
 
 
253 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.62 
 
 
236 aa  201  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3823  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.2 
 
 
242 aa  199  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  46.75 
 
 
329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  46.34 
 
 
235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0649  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.96 
 
 
238 aa  199  5e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  49.34 
 
 
232 aa  198  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  49.11 
 
 
238 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.5 
 
 
238 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4027  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.8 
 
 
223 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.071671  normal  0.667356 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  47.16 
 
 
302 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3950  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  44.84 
 
 
245 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.34 
 
 
239 aa  194  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>