More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3710 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3710  3-oxoacid CoA-transferase  100 
 
 
236 aa  482  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3591  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  77.97 
 
 
276 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6799  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.53 
 
 
235 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704148  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5885  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.1 
 
 
235 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6120  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  63.25 
 
 
235 aa  301  6.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0600  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  63.25 
 
 
235 aa  299  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0638  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  62.82 
 
 
235 aa  296  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5020  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65 
 
 
249 aa  296  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.363473  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5092  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.13 
 
 
235 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3720  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.82 
 
 
235 aa  291  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2066  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.56 
 
 
231 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0689657  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2459  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.56 
 
 
231 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.695651  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2254  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A protein  61.61 
 
 
229 aa  275  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0955089  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4457  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.79 
 
 
233 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.33812 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5585  coenzyme A transferase  62.1 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0643  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A (pcaI)  61.64 
 
 
233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.371061  normal  0.0641252 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3667  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.46 
 
 
221 aa  272  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4312  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.27 
 
 
235 aa  270  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.457397  normal  0.761681 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3129  3-oxoadipate CoA-transferase  60.73 
 
 
237 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.27 
 
 
237 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3086  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.45 
 
 
221 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2597  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.48 
 
 
230 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.260319 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5113  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  60.73 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885555  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.73 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.73 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.27 
 
 
237 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1552  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  60.27 
 
 
237 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0054  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  60.27 
 
 
282 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0067  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  60.27 
 
 
282 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1483  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.27 
 
 
282 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1200  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.27 
 
 
282 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0056  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  60.27 
 
 
282 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.16571  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5288  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.27 
 
 
237 aa  268  8e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.595074  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5017  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.82 
 
 
238 aa  266  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3158  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.82 
 
 
238 aa  266  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.913746  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3037  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.15 
 
 
228 aa  265  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625654  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3951  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  57.96 
 
 
231 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1871  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.41 
 
 
231 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.17369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3593  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.96 
 
 
231 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310124  normal  0.560913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5289  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.45 
 
 
231 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.496045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.73 
 
 
225 aa  259  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.513534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2873  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.19 
 
 
231 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3550  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.19 
 
 
231 aa  257  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520535  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4435  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.08 
 
 
233 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.73 
 
 
233 aa  256  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.9 
 
 
220 aa  254  7e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1076  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  57.6 
 
 
221 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.28 
 
 
219 aa  251  8.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0138899  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4072  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.15 
 
 
219 aa  250  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5561  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.98 
 
 
233 aa  250  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.670135  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3946  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.11 
 
 
233 aa  249  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.358275 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0865  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.31 
 
 
236 aa  249  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4594  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.28 
 
 
228 aa  249  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3848  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.28 
 
 
233 aa  248  5e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1262  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  55.45 
 
 
230 aa  247  9e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1036  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  54.87 
 
 
233 aa  245  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.138374  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1506  coenzyme A transferase  56.71 
 
 
232 aa  245  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.825778  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.45 
 
 
232 aa  244  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.802929  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0526  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.42 
 
 
232 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.94 
 
 
232 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1680  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.94 
 
 
232 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.514841  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1730  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.94 
 
 
232 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1702  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  58.94 
 
 
232 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.125286  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1504  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.99 
 
 
223 aa  238  5.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1120  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.99 
 
 
225 aa  238  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1113  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.72 
 
 
231 aa  235  4e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5059  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  54.38 
 
 
226 aa  235  6e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00434544  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1846  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.68 
 
 
228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4403  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.35 
 
 
232 aa  232  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189982  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1229  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  54.55 
 
 
238 aa  232  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000422585  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.48 
 
 
227 aa  232  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.359655 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.9 
 
 
236 aa  226  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  50.7 
 
 
229 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  48.9 
 
 
235 aa  221  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.58 
 
 
235 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  48.68 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.68 
 
 
245 aa  218  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.17 
 
 
245 aa  218  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.61 
 
 
236 aa  216  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584651  normal  0.485272 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.5 
 
 
237 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  49.79 
 
 
232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0649  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.44 
 
 
238 aa  215  4e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3823  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.48 
 
 
242 aa  214  7e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  53.96 
 
 
329 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.81 
 
 
233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.13 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.13 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18930  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.7 
 
 
237 aa  211  7.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0745996  normal  0.773659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  50.23 
 
 
242 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  48.07 
 
 
233 aa  210  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  49.77 
 
 
238 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.46 
 
 
242 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.71 
 
 
255 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3950  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  51.49 
 
 
245 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  52.97 
 
 
235 aa  209  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47.68 
 
 
246 aa  210  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.98 
 
 
233 aa  209  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4356  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.82 
 
 
229 aa  209  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.48 
 
 
238 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>