More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3950 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3950  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  100 
 
 
245 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  90.25 
 
 
238 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  88.98 
 
 
238 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  88.56 
 
 
238 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  88.79 
 
 
235 aa  427  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  87.5 
 
 
242 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  87.5 
 
 
329 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  77.78 
 
 
245 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.88 
 
 
245 aa  378  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.88 
 
 
245 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.75 
 
 
245 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.47 
 
 
255 aa  374  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  74.14 
 
 
235 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  74.14 
 
 
235 aa  353  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5001  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.77 
 
 
246 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0462314  hitchhiker  0.0019273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.55 
 
 
233 aa  348  6e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  69.8 
 
 
244 aa  337  9.999999999999999e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.12 
 
 
234 aa  334  7e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2123  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.97 
 
 
236 aa  332  3e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.678104  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.1 
 
 
237 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  68.7 
 
 
233 aa  328  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1914  3-ketoacid CoA transferase alpha subunit  68.1 
 
 
232 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507414  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
232 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1784  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.24 
 
 
234 aa  322  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  65.81 
 
 
302 aa  322  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1984  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.23 
 
 
233 aa  322  5e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0959  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.67 
 
 
235 aa  321  7e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248714  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  65.52 
 
 
232 aa  320  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  65.38 
 
 
234 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.92 
 
 
242 aa  319  3e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4610  3-oxoacid CoA-transferase  64.96 
 
 
234 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000693974  normal  0.91923 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.11 
 
 
233 aa  317  1e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1390  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.96 
 
 
234 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.09 
 
 
231 aa  316  3e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0568  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.8 
 
 
236 aa  315  5e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.95839  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.23 
 
 
233 aa  314  8e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2340  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.53 
 
 
234 aa  314  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3108  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
232 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0784994  normal  0.0838265 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1563  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.09 
 
 
234 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4683  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.07 
 
 
245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18930  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.83 
 
 
237 aa  313  1.9999999999999998e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0745996  normal  0.773659 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5436  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  65.09 
 
 
235 aa  312  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1456  3-oxoacid CoA-transferase  65.52 
 
 
235 aa  311  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0699745  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3823  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.35 
 
 
242 aa  310  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2761  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.53 
 
 
234 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527249  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2658  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.63 
 
 
272 aa  309  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  65.07 
 
 
244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0649  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.09 
 
 
238 aa  308  5e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3127  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.47 
 
 
270 aa  304  7e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.400116  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1443  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.53 
 
 
234 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0983  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.53 
 
 
234 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1465  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.53 
 
 
234 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.7 
 
 
463 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.16 
 
 
235 aa  301  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1350  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.1 
 
 
234 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17570  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.96 
 
 
232 aa  301  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.76 
 
 
267 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.03 
 
 
246 aa  300  1e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4164  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.57 
 
 
235 aa  300  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1153  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.52 
 
 
232 aa  299  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0572  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.52 
 
 
235 aa  298  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0035741  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2635  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.91 
 
 
239 aa  298  7e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.04 
 
 
229 aa  297  8e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1961  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.36 
 
 
235 aa  295  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1762  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.36 
 
 
235 aa  295  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.14249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1653  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.65 
 
 
233 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697123  normal  0.0258223 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0517  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.79 
 
 
243 aa  294  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1009  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.61 
 
 
231 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.996272  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1366  3-oxoacid CoA-transferase  64.96 
 
 
234 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  61.14 
 
 
237 aa  293  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1983  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.22 
 
 
233 aa  292  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4266  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.79 
 
 
235 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.367586  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4889  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.96 
 
 
236 aa  290  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.269229  normal  0.0348451 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.11 
 
 
251 aa  290  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  60.7 
 
 
237 aa  288  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.47 
 
 
236 aa  288  6e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584651  normal  0.485272 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5023  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.09 
 
 
236 aa  288  7e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1905  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  63.79 
 
 
235 aa  286  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.17 
 
 
236 aa  285  5.999999999999999e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.48 
 
 
233 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2803  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.83 
 
 
244 aa  280  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01941  putative succinyl-CoA transferase, alpha subunit  59.23 
 
 
235 aa  278  6e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.546528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.57 
 
 
232 aa  278  8e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3228  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.13 
 
 
234 aa  277  9e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.761635  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1453  3-oxoacid CoA-transferase  60.43 
 
 
237 aa  277  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00126643  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  58.55 
 
 
235 aa  277  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1892  acetate CoA-transferase, subunit A  60 
 
 
234 aa  275  6e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2327  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60 
 
 
234 aa  274  7e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.409856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2399  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60 
 
 
234 aa  274  7e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.619037  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1714  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.57 
 
 
234 aa  274  9e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2851  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.13 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2978  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.13 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.13 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1525  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.13 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>