More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4889 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_4889  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  100 
 
 
236 aa  484  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.269229  normal  0.0348451 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3823  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  85.41 
 
 
242 aa  416  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5023  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  86.21 
 
 
236 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  77.97 
 
 
236 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584651  normal  0.485272 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5064  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  86.85 
 
 
213 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.648557  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.49 
 
 
237 aa  334  5e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.95 
 
 
234 aa  327  1.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.49 
 
 
242 aa  326  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.24 
 
 
255 aa  323  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
245 aa  322  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
245 aa  322  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2123  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.96 
 
 
236 aa  320  9.000000000000001e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.678104  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  69.7 
 
 
242 aa  319  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  67.81 
 
 
329 aa  318  3.9999999999999996e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.53 
 
 
232 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1914  3-ketoacid CoA transferase alpha subunit  67.53 
 
 
232 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507414  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  68.26 
 
 
235 aa  315  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.23 
 
 
245 aa  315  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  66.52 
 
 
232 aa  315  5e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  66.96 
 
 
244 aa  314  9e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4164  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.64 
 
 
235 aa  314  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.96 
 
 
238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0959  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.53 
 
 
235 aa  311  5.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248714  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.94 
 
 
245 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.09 
 
 
238 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.09 
 
 
238 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1390  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.35 
 
 
234 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4610  3-oxoacid CoA-transferase  64.35 
 
 
234 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000693974  normal  0.91923 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1563  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.48 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  63.48 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  63.04 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  63.04 
 
 
234 aa  305  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1784  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.91 
 
 
234 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3950  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.96 
 
 
245 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2340  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.93 
 
 
234 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.5 
 
 
237 aa  305  6e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5436  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  66.23 
 
 
235 aa  304  9.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  64.04 
 
 
233 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.22 
 
 
235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1984  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.04 
 
 
233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015466 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  64.07 
 
 
237 aa  301  5.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.19 
 
 
231 aa  300  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.94 
 
 
233 aa  300  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  63.44 
 
 
463 aa  300  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0572  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.8 
 
 
235 aa  299  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0035741  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.5 
 
 
244 aa  298  4e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.04 
 
 
235 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0517  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.67 
 
 
243 aa  296  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193325 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3108  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.67 
 
 
232 aa  295  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0784994  normal  0.0838265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2658  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.04 
 
 
272 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2761  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.87 
 
 
234 aa  295  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527249  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1009  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.01 
 
 
231 aa  292  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.996272  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18930  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.41 
 
 
237 aa  292  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0745996  normal  0.773659 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0983  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.78 
 
 
234 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1465  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.78 
 
 
234 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4683  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.5 
 
 
245 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.32 
 
 
267 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1443  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.35 
 
 
234 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5001  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.5 
 
 
246 aa  288  4e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0462314  hitchhiker  0.0019273 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1350  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.35 
 
 
234 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.62 
 
 
233 aa  288  6e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3127  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.16 
 
 
270 aa  286  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.400116  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0649  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.87 
 
 
238 aa  287  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.18 
 
 
233 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  63.16 
 
 
229 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.64 
 
 
236 aa  285  4e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1153  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.78 
 
 
232 aa  285  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17570  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.54 
 
 
232 aa  284  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1456  3-oxoacid CoA-transferase  63.52 
 
 
235 aa  284  8e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0699745  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.95 
 
 
235 aa  284  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.61 
 
 
233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.57 
 
 
246 aa  282  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2635  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.04 
 
 
239 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.64 
 
 
232 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1653  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.35 
 
 
233 aa  279  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697123  normal  0.0258223 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1983  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.35 
 
 
233 aa  279  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01941  putative succinyl-CoA transferase, alpha subunit  61.61 
 
 
235 aa  279  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.546528  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0518  3-oxoacid CoA-transferase  59.83 
 
 
253 aa  278  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2803  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.57 
 
 
244 aa  277  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460445  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1961  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.16 
 
 
235 aa  276  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1706  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.6 
 
 
233 aa  276  2e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1762  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.16 
 
 
235 aa  276  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.14249  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0568  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  61.7 
 
 
236 aa  275  4e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.95839  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1366  3-oxoacid CoA-transferase  61.3 
 
 
234 aa  275  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4266  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.79 
 
 
235 aa  275  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.367586  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3228  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.84 
 
 
234 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.761635  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1453  3-oxoacid CoA-transferase  62.73 
 
 
237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00126643  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1525  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.28 
 
 
234 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2978  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.28 
 
 
234 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2851  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.28 
 
 
234 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.28 
 
 
234 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1714  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.84 
 
 
234 aa  270  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2327  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.84 
 
 
234 aa  269  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.409856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2399  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.84 
 
 
234 aa  269  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.619037  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1892  acetate CoA-transferase, subunit A  61.84 
 
 
234 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>