More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4635 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  100 
 
 
238 aa  487  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  93.28 
 
 
238 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  91.6 
 
 
238 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  88.79 
 
 
242 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  86.86 
 
 
329 aa  435  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3950  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  88.56 
 
 
245 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  88.79 
 
 
235 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.99 
 
 
245 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  77.31 
 
 
245 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.63 
 
 
245 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.99 
 
 
245 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.57 
 
 
255 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  78.11 
 
 
235 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  77.25 
 
 
235 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  72.53 
 
 
233 aa  356  1.9999999999999998e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5001  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  75.32 
 
 
246 aa  354  7.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0462314  hitchhiker  0.0019273 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  69.75 
 
 
244 aa  351  7e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  72.17 
 
 
233 aa  347  8e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.24 
 
 
237 aa  344  8.999999999999999e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2123  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  68.83 
 
 
236 aa  342  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.678104  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  68.97 
 
 
232 aa  339  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.26 
 
 
234 aa  338  4e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  67.95 
 
 
302 aa  337  8e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1984  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.1 
 
 
233 aa  337  9e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2658  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.3 
 
 
272 aa  336  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1784  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.38 
 
 
234 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  67.95 
 
 
234 aa  335  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  67.95 
 
 
234 aa  334  7e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.31 
 
 
242 aa  332  3e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4610  3-oxoacid CoA-transferase  67.52 
 
 
234 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000693974  normal  0.91923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1390  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.09 
 
 
234 aa  329  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1456  3-oxoacid CoA-transferase  68.67 
 
 
235 aa  329  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0699745  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.52 
 
 
232 aa  328  4e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1914  3-ketoacid CoA transferase alpha subunit  66.52 
 
 
232 aa  328  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507414  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1563  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.67 
 
 
234 aa  328  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3127  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.42 
 
 
270 aa  328  5.0000000000000004e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.400116  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.54 
 
 
233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.67 
 
 
235 aa  325  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0959  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.24 
 
 
235 aa  325  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248714  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2761  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.81 
 
 
234 aa  323  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527249  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0568  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.1 
 
 
236 aa  323  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.95839  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2340  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.26 
 
 
234 aa  323  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.81 
 
 
233 aa  322  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1961  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.38 
 
 
235 aa  322  4e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1762  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.38 
 
 
235 aa  322  4e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.14249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.12 
 
 
267 aa  321  5e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3823  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.22 
 
 
242 aa  319  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  66.81 
 
 
244 aa  319  3e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3108  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.81 
 
 
232 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0784994  normal  0.0838265 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1153  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  69.4 
 
 
232 aa  318  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4266  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.67 
 
 
235 aa  316  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.367586  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0983  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.67 
 
 
234 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.29 
 
 
246 aa  316  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1465  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.67 
 
 
234 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4683  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.64 
 
 
245 aa  316  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1443  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.67 
 
 
234 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5436  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  65.52 
 
 
235 aa  315  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0649  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.22 
 
 
238 aa  315  4e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1350  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.24 
 
 
234 aa  315  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0517  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.3 
 
 
243 aa  315  6e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193325 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18930  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.22 
 
 
237 aa  311  4.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0745996  normal  0.773659 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.04 
 
 
231 aa  311  4.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17570  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.83 
 
 
232 aa  311  4.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  64.63 
 
 
463 aa  311  5.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.63 
 
 
237 aa  311  5.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  64.63 
 
 
237 aa  308  4e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1983  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.7 
 
 
233 aa  308  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2635  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.35 
 
 
239 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1653  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.26 
 
 
233 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697123  normal  0.0258223 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4164  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.61 
 
 
235 aa  306  3e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.68 
 
 
236 aa  305  4.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.5 
 
 
236 aa  305  5.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584651  normal  0.485272 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1366  3-oxoacid CoA-transferase  65.81 
 
 
234 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0572  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.66 
 
 
235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0035741  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.04 
 
 
229 aa  301  6.000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1009  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.17 
 
 
231 aa  298  4e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.996272  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1905  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.24 
 
 
235 aa  298  7e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5023  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.09 
 
 
236 aa  295  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4889  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.09 
 
 
236 aa  294  7e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.269229  normal  0.0348451 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3847  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.43 
 
 
251 aa  289  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.64 
 
 
233 aa  288  6e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2803  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.28 
 
 
244 aa  286  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3228  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.37 
 
 
234 aa  286  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.761635  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60 
 
 
232 aa  284  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  60.26 
 
 
235 aa  284  9e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1453  3-oxoacid CoA-transferase  61.3 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00126643  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1892  acetate CoA-transferase, subunit A  62.61 
 
 
234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2327  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.61 
 
 
234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.409856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2399  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.61 
 
 
234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.619037  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1714  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.17 
 
 
234 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2918  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.34 
 
 
233 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000077275 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1706  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.61 
 
 
233 aa  281  5.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12526  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase alpha subunit scoA  58.97 
 
 
248 aa  281  5.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.399784  normal  0.0529319 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1525  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.3 
 
 
234 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.3 
 
 
234 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>