More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1453 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1453  3-oxoacid CoA-transferase  100 
 
 
237 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00126643  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2803  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  94.37 
 
 
244 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3228  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.42 
 
 
234 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.761635  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1892  acetate CoA-transferase, subunit A  92.7 
 
 
234 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.38 
 
 
233 aa  441  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2327  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.7 
 
 
234 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.409856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2399  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.7 
 
 
234 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.619037  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.27 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1525  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.27 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1714  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.85 
 
 
234 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2978  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.27 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2851  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.27 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1667  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.85 
 
 
234 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2732  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  88.41 
 
 
234 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2251  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  88.41 
 
 
237 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1357  3-oxoacid CoA-transferase  86.27 
 
 
233 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01941  putative succinyl-CoA transferase, alpha subunit  71.06 
 
 
235 aa  353  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.546528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1670  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  71.3 
 
 
235 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.835044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.13 
 
 
232 aa  350  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3295  putative CoA transferase, subunit A  72.84 
 
 
232 aa  349  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38660  putative CoA transferase, subunit A  72.84 
 
 
232 aa  349  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1140  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.98 
 
 
232 aa  340  9e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.373341 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1598  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, alpha subunit  72.29 
 
 
239 aa  336  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.844563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.52 
 
 
239 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3237  3-oxoacid CoA-transferase  69.96 
 
 
233 aa  334  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3455  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A family  69.53 
 
 
233 aa  332  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0518  3-oxoacid CoA-transferase  66.95 
 
 
253 aa  333  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3122  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  70.69 
 
 
232 aa  330  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.408127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2594  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.69 
 
 
232 aa  330  9e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2735  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.69 
 
 
232 aa  330  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51610  3-oxoacid CoA-transferase  69.83 
 
 
232 aa  330  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2431  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.26 
 
 
232 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3291  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.67 
 
 
235 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0656  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.24 
 
 
235 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3467  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.83 
 
 
235 aa  325  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3055  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.81 
 
 
234 aa  325  4.0000000000000003e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.184306 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  69.7 
 
 
302 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.26 
 
 
234 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1784  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.26 
 
 
234 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2076  3-oxoacid CoA-transferase  67.53 
 
 
232 aa  320  9.000000000000001e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.568433  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4610  3-oxoacid CoA-transferase  68.4 
 
 
234 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000693974  normal  0.91923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1390  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.53 
 
 
234 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6963  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.63 
 
 
231 aa  313  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.550727  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1563  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.1 
 
 
234 aa  310  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.47 
 
 
229 aa  309  2.9999999999999997e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.38 
 
 
234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  66.38 
 
 
233 aa  304  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2761  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.23 
 
 
234 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527249  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  63.6 
 
 
463 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0888  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.32 
 
 
233 aa  303  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.04 
 
 
233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  64.5 
 
 
232 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  61.64 
 
 
235 aa  301  5.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  66.82 
 
 
244 aa  300  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0983  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.97 
 
 
234 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1443  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.97 
 
 
234 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1465  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.97 
 
 
234 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.04 
 
 
236 aa  298  4e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2918  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.83 
 
 
233 aa  297  8e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000077275 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1350  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.53 
 
 
234 aa  297  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.5 
 
 
237 aa  297  1e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0517  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.07 
 
 
243 aa  296  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.04 
 
 
245 aa  294  8e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.04 
 
 
245 aa  294  8e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.91 
 
 
245 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  63.09 
 
 
238 aa  292  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  63.91 
 
 
237 aa  292  4e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.17 
 
 
244 aa  291  6e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.23 
 
 
238 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.61 
 
 
255 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.47 
 
 
231 aa  290  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.23 
 
 
245 aa  290  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17570  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.38 
 
 
232 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.14 
 
 
237 aa  290  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1984  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.78 
 
 
233 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015466 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.34 
 
 
233 aa  289  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  63.04 
 
 
242 aa  288  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.35 
 
 
242 aa  288  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1366  3-oxoacid CoA-transferase  66.67 
 
 
234 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.04 
 
 
233 aa  285  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2658  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.97 
 
 
272 aa  285  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  61.37 
 
 
235 aa  284  7e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.63 
 
 
267 aa  284  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1914  3-ketoacid CoA transferase alpha subunit  62.45 
 
 
232 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507414  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.45 
 
 
232 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2340  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  60.26 
 
 
234 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.3 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1153  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  66.23 
 
 
232 aa  281  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03105  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  61.14 
 
 
233 aa  281  7.000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.433161  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1706  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.38 
 
 
233 aa  281  8.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3127  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.72 
 
 
270 aa  280  1e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.400116  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.3 
 
 
235 aa  280  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0351  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.65 
 
 
236 aa  279  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.901849  normal  0.0804864 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  60.09 
 
 
329 aa  279  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>