More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2575 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  100 
 
 
233 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2803  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  93.51 
 
 
244 aa  447  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3228  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.7 
 
 
234 aa  450  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.761635  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1714  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.67 
 
 
234 aa  443  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1453  3-oxoacid CoA-transferase  91.38 
 
 
237 aa  441  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00126643  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1892  acetate CoA-transferase, subunit A  92.67 
 
 
234 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2327  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.67 
 
 
234 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.409856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2399  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.67 
 
 
234 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.619037  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1525  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.38 
 
 
234 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2851  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.38 
 
 
234 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.38 
 
 
234 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2978  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  91.38 
 
 
234 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1667  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  92.24 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2732  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  88.79 
 
 
234 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1357  3-oxoacid CoA-transferase  90.04 
 
 
233 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2251  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  87.07 
 
 
237 aa  407  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0590  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  72.84 
 
 
232 aa  359  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3295  putative CoA transferase, subunit A  75 
 
 
232 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38660  putative CoA transferase, subunit A  75 
 
 
232 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01941  putative succinyl-CoA transferase, alpha subunit  71.24 
 
 
235 aa  352  2.9999999999999997e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.546528  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1598  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, alpha subunit  75.76 
 
 
239 aa  350  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.844563  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1670  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  70.82 
 
 
235 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.835044  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1140  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.71 
 
 
232 aa  347  7e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.373341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3455  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A family  73.71 
 
 
233 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3237  3-oxoacid CoA-transferase  73.28 
 
 
233 aa  342  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0518  3-oxoacid CoA-transferase  69.7 
 
 
253 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.7 
 
 
239 aa  342  4e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3122  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  73.28 
 
 
232 aa  341  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.408127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2594  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.28 
 
 
232 aa  341  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2735  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.28 
 
 
232 aa  341  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2431  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  73.28 
 
 
232 aa  340  7e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0656  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.86 
 
 
235 aa  338  5e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51610  3-oxoacid CoA-transferase  71.98 
 
 
232 aa  337  8e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3291  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  72.29 
 
 
235 aa  337  9e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3467  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  71.43 
 
 
235 aa  334  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3055  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  70.26 
 
 
234 aa  333  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.184306 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2076  3-oxoacid CoA-transferase  69.83 
 
 
232 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.568433  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  70.26 
 
 
302 aa  328  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  69.83 
 
 
234 aa  327  8e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1784  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.83 
 
 
234 aa  327  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  69.83 
 
 
234 aa  327  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4610  3-oxoacid CoA-transferase  68.53 
 
 
234 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000693974  normal  0.91923 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6963  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.5 
 
 
231 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.550727  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1390  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.67 
 
 
234 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1563  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.24 
 
 
234 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.47 
 
 
229 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.5 
 
 
234 aa  311  3.9999999999999997e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  67.1 
 
 
233 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  69.09 
 
 
244 aa  306  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  63.2 
 
 
235 aa  306  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  65.09 
 
 
232 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  64.04 
 
 
463 aa  305  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1443  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
234 aa  304  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0983  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  68.1 
 
 
234 aa  304  7e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1465  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.1 
 
 
234 aa  304  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2918  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.04 
 
 
233 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000077275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0517  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  66.52 
 
 
243 aa  301  5.000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193325 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1350  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  67.24 
 
 
234 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.07 
 
 
233 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2761  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.22 
 
 
234 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527249  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0888  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.77 
 
 
233 aa  300  1e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  64.22 
 
 
238 aa  297  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.36 
 
 
245 aa  297  9e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.93 
 
 
245 aa  297  9e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.93 
 
 
245 aa  297  9e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2349  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.9 
 
 
237 aa  296  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.991944  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.5 
 
 
245 aa  295  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  65.07 
 
 
237 aa  295  4e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17570  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.97 
 
 
232 aa  295  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6830  acetyl-CoA/acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  63.36 
 
 
242 aa  294  7e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.261495  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.93 
 
 
238 aa  294  9e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.52 
 
 
255 aa  292  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.34 
 
 
244 aa  291  4e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4701  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.22 
 
 
242 aa  291  6e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196334  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60 
 
 
236 aa  291  6e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.36 
 
 
233 aa  290  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1984  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.5 
 
 
233 aa  289  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015466 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.9 
 
 
232 aa  289  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1914  3-ketoacid CoA transferase alpha subunit  61.9 
 
 
232 aa  289  3e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507414  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0825  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.2 
 
 
233 aa  288  3e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1153  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  67.24 
 
 
232 aa  289  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  63.91 
 
 
237 aa  288  4e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  61.64 
 
 
235 aa  288  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.64 
 
 
238 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03105  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  62.77 
 
 
233 aa  288  6e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.433161  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.3 
 
 
231 aa  287  8e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1142  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.07 
 
 
235 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1505  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.5 
 
 
237 aa  286  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0571069  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1706  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  68.12 
 
 
233 aa  286  1e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0351  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.14 
 
 
236 aa  286  2.9999999999999996e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.901849  normal  0.0804864 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2340  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  59.74 
 
 
234 aa  284  9e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1366  3-oxoacid CoA-transferase  64.66 
 
 
234 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  65.07 
 
 
267 aa  283  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.48 
 
 
235 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4683  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.83 
 
 
245 aa  282  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.728384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>