More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6120 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6120  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  100 
 
 
235 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5885  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  87.18 
 
 
235 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6799  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  87.61 
 
 
235 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704148  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3720  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  86.75 
 
 
235 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0638  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  86.75 
 
 
235 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0600  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  86.32 
 
 
235 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5092  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  81.2 
 
 
235 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5020  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  76.15 
 
 
249 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.363473  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3591  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  61.11 
 
 
276 aa  306  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3710  3-oxoacid CoA-transferase  63.25 
 
 
236 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4457  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.26 
 
 
233 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.33812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0643  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A (pcaI)  61.01 
 
 
233 aa  271  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.371061  normal  0.0641252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4312  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.06 
 
 
235 aa  270  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.457397  normal  0.761681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2597  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.55 
 
 
230 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.260319 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1871  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  61.01 
 
 
231 aa  268  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.17369 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3951  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  60.55 
 
 
231 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3593  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.55 
 
 
231 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310124  normal  0.560913 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  59.46 
 
 
237 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1552  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  59.46 
 
 
237 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1483  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  59.46 
 
 
282 aa  264  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1200  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  59.46 
 
 
282 aa  264  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0056  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  59.46 
 
 
282 aa  264  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.16571  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0054  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
282 aa  264  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0067  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
282 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200296  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5289  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.82 
 
 
231 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.496045 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  59.01 
 
 
237 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5288  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
237 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.595074  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3129  3-oxoadipate CoA-transferase  59.91 
 
 
237 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
238 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5113  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  59.46 
 
 
238 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
238 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3158  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
238 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.913746  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5017  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.46 
 
 
238 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3037  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.87 
 
 
228 aa  255  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625654  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2873  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.42 
 
 
231 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3550  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.42 
 
 
231 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520535  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4435  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.34 
 
 
233 aa  252  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5585  coenzyme A transferase  58.72 
 
 
246 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0865  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.42 
 
 
236 aa  250  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5059  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  58.8 
 
 
226 aa  249  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00434544  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  56.62 
 
 
219 aa  249  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0138899  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.9 
 
 
225 aa  249  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.513534 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4072  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.82 
 
 
219 aa  249  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3086  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.71 
 
 
221 aa  248  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3848  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.63 
 
 
233 aa  248  5e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1036  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  53.71 
 
 
233 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.138374  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3946  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.71 
 
 
233 aa  246  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.358275 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4594  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.56 
 
 
228 aa  245  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5561  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.13 
 
 
233 aa  244  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.670135  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0620  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  58.37 
 
 
220 aa  244  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1120  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.17 
 
 
225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1262  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  55.96 
 
 
230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3667  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  58.65 
 
 
221 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2066  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.34 
 
 
231 aa  242  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0689657  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2459  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.34 
 
 
231 aa  242  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.695651  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0526  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.85 
 
 
232 aa  240  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1076  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  57.14 
 
 
221 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0564  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.29 
 
 
232 aa  238  8e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.802929  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2254  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A protein  55.95 
 
 
229 aa  237  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0955089  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.39 
 
 
232 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1730  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.39 
 
 
232 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1702  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  53.39 
 
 
232 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.125286  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1113  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.28 
 
 
231 aa  236  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1680  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.39 
 
 
232 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.514841  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0833  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.55 
 
 
233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1504  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  57.41 
 
 
223 aa  230  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5856  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.34 
 
 
245 aa  228  7e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.857787  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1229  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  53.81 
 
 
238 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000422585  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6364  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50.67 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0311035  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4403  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.46 
 
 
232 aa  224  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189982  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2257  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50 
 
 
233 aa  224  8e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  49.57 
 
 
229 aa  223  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1846  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.33 
 
 
228 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.42 
 
 
255 aa  221  7e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0518  3-oxoacid CoA-transferase  47.58 
 
 
253 aa  221  7e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2608  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  50.21 
 
 
302 aa  221  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.34 
 
 
245 aa  221  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.34 
 
 
245 aa  221  8e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5001  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  54.15 
 
 
246 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0462314  hitchhiker  0.0019273 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1506  coenzyme A transferase  55.09 
 
 
232 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.825778  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1458  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  52.68 
 
 
238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.46 
 
 
227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.359655 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1877  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  49.79 
 
 
234 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1725  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  49.79 
 
 
232 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0951  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0890692  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0213  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0677248  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1108  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase alpha subunit  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356707  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1550  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1699  3-oxoacid CoA-transferase subunit A  49.79 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288367  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0491  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.71 
 
 
246 aa  215  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1434  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  51.34 
 
 
238 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4635  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  51.79 
 
 
238 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.853485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4027  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.39 
 
 
223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.071671  normal  0.667356 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1010  coenzyme A transferase  49.78 
 
 
329 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.436488  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2969  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.77 
 
 
235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.534819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  51.6 
 
 
235 aa  212  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  47.53 
 
 
235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.66 
 
 
235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1269  coenzyme A transferase  48.5 
 
 
233 aa  211  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.703297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>