167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3045 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3045  ClpP protease, putative  100 
 
 		 387 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0206351  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3409  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  71.16 
 
 		 381 aa  544  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.702089  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1198  peptidase S14 ClpP  70.98 
 
 		 383 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1874  peptidase S14, ClpP  38.98 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  34.72 
 
 		 1156 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3202  Clp protease domain protein  35.86 
 
 		 651 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.790281  hitchhiker  0.00227439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1864  Clp protease domain protein  35.86 
 
 		 651 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0900  Clp protease domain protein  35.94 
 
 		 652 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0756  peptidase S14 ClpP  36.48 
 
 		 671 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0787  peptidase S14 ClpP  36.48 
 
 		 668 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0494258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3598  peptidase S14 ClpP  36.62 
 
 		 640 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0783  peptidase S14 ClpP  37.93 
 
 		 669 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.364039 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1061  peptidase S14, ClpP  35.75 
 
 		 257 aa  126  6e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1081  peptidase S14 ClpP  35.75 
 
 		 257 aa  126  6e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.631599  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4920  peptidase S14 ClpP  34.26 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.558143 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3804  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  33.33 
 
 		 251 aa  122  9e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4092  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  33.33 
 
 		 251 aa  122  9e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1678  peptidase S14, ClpP  36.29 
 
 		 656 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2239  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  33.33 
 
 		 251 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00816781  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0695  ATP-dependent protease  33.62 
 
 		 689 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.265261  hitchhiker  0.00014029 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3249  peptidase S14, ClpP  37.5 
 
 		 667 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1143  ATP-dependent protease  33 
 
 		 683 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1408  ATP-dependent protease  33 
 
 		 684 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104115  hitchhiker  0.000644227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1071  ATP-dependent protease  33 
 
 		 684 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.146018  hitchhiker  0.00123703 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0586  Clp protease  34.36 
 
 		 247 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2190  peptidase S14, ClpP  41.72 
 
 		 688 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000592191 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2853  peptidase S14 ClpP  34.08 
 
 		 564 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12086  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0660  Clp protease  38.69 
 
 		 248 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2253  peptidase S14, ClpP  33.2 
 
 		 674 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0288659 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1378  Clp protease  38.69 
 
 		 247 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00455608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3971  peptidase S14, ClpP  34.87 
 
 		 216 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.269828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7330  peptidase S14 ClpP  34.39 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.307077  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3590  peptidase S14 ClpP  39.76 
 
 		 247 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.226439  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1086  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP, putative  36.59 
 
 		 242 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0399  ClpP protease family protein  38.99 
 
 		 229 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2835  peptidase S14 ClpP  38.99 
 
 		 229 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2605  peptidase S14, ClpP  34.29 
 
 		 258 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  35.12 
 
 		 620 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2623  Clp protease  37.04 
 
 		 197 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4003  Clp protease  32.7 
 
 		 230 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1633  peptidase S14 ClpP  34.9 
 
 		 287 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0643  peptidase S14, ClpP  40.49 
 
 		 282 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2501  peptidase S14 ClpP  31.64 
 
 		 280 aa  94  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2473  peptidase S14 ClpP  31.82 
 
 		 227 aa  92.8  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3437  peptidase S14 ClpP  29.41 
 
 		 345 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0361  peptidase S14, ClpP  31.6 
 
 		 280 aa  87.8  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0990  peptidase S14, ClpP  31.6 
 
 		 280 aa  87.8  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0626  peptidase S14 ClpP  32.91 
 
 		 244 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1253  peptidase S14, ClpP  34.3 
 
 		 226 aa  87.4  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1720  peptidase S14, ClpP  34.65 
 
 		 247 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03500  peptidase S14 ClpP  30.68 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2068  putative ClpP-like protease  32.5 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254217  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3317  peptidase S14, ClpP  32.5 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1629  peptidase S14, ClpP  35.81 
 
 		 242 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4252  peptidase S14 ClpP  29.29 
 
 		 179 aa  81.6  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0961  peptidase S14, ClpP  33.54 
 
 		 641 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.019957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1484  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  32.39 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1046  ClpP protease  31.09 
 
 		 280 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304732  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1304  peptidase S14 ClpP  35.68 
 
 		 260 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3866  peptidase S14 ClpP  30.58 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220297 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2964  ClpP protease family protein  32.23 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2700  phage protein  30.64 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.946322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2389  peptidase S14, ClpP  33.75 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.142476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1543  peptidase S14, ClpP  32.2 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2593  peptidase S14 ClpP  32.38 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.315454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4464  ClpP protease  33.16 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000555404 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1115  peptidase S14, ClpP  26.41 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6185  ClpP-type protease  30.23 
 
 		 284 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.141561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6597  putative peptidase S14, ClpP  33.33 
 
 		 684 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1646  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  31.3 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5772  peptidase S14 ClpP  30.37 
 
 		 400 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0013  putative endopeptidase  30 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2021  peptidase S14, ClpP  31.41 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2057  peptidase S14 ClpP  31.41 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1205  peptidase S14, ClpP  34.62 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0522889  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4258  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  25.88 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.621412  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1370  Endopeptidase Clp  25.17 
 
 		 207 aa  55.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_14387  predicted protein  29.61 
 
 		 214 aa  55.5  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209543  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2194  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  26.14 
 
 		 203 aa  54.3  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1706  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  27.14 
 
 		 229 aa  54.3  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.103444  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1169  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.24 
 
 		 210 aa  53.5  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.201865  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4545  endopeptidase Clp  26.04 
 
 		 216 aa  52.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.843015  normal  0.610335 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3399  Endopeptidase Clp  24.36 
 
 		 210 aa  51.2  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0715  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.85 
 
 		 196 aa  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1529  Endopeptidase Clp  25.69 
 
 		 213 aa  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0209327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1978  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.68 
 
 		 197 aa  49.7  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3499  endopeptidase Clp  24.49 
 
 		 213 aa  49.7  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0591598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2808  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  25.19 
 
 		 208 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0596044  normal  0.977221 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4896  Endopeptidase Clp  27.39 
 
 		 219 aa  48.9  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.826169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2477  endopeptidase Clp  29.93 
 
 		 217 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.353713 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  25.51 
 
 		 463 aa  48.9  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2774  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.39 
 
 		 238 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.410804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0738  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.29 
 
 		 236 aa  48.1  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.764357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3878  endopeptidase Clp  24.49 
 
 		 213 aa  48.9  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.182477  hitchhiker  0.00149389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2848  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.03 
 
 		 208 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0259579 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0292  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  25.32 
 
 		 196 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0879  Clp protease  24.11 
 
 		 203 aa  47.4  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3324  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.63 
 
 		 212 aa  47.4  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.09384 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09641  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  25.32 
 
 		 205 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.486621  normal  0.137034 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3517  Endopeptidase Clp  25.53 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>