140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3409 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3409  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  100 
 
 		 381 aa  774    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.702089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3045  ClpP protease, putative  71.16 
 
 		 387 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0206351  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1198  peptidase S14 ClpP  67.89 
 
 		 383 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1874  peptidase S14, ClpP  40.76 
 
 		 361 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  33.96 
 
 		 1156 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3202  Clp protease domain protein  35.66 
 
 		 651 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.790281  hitchhiker  0.00227439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1864  Clp protease domain protein  35.66 
 
 		 651 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657309 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0787  peptidase S14 ClpP  38.94 
 
 		 668 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0494258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0756  peptidase S14 ClpP  38.94 
 
 		 671 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0900  Clp protease domain protein  39.49 
 
 		 652 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0783  peptidase S14 ClpP  40.39 
 
 		 669 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.364039 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3598  peptidase S14 ClpP  40.29 
 
 		 640 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1061  peptidase S14, ClpP  38.83 
 
 		 257 aa  141  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1081  peptidase S14 ClpP  38.83 
 
 		 257 aa  141  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.631599  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1071  ATP-dependent protease  33.04 
 
 		 684 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.146018  hitchhiker  0.00123703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1408  ATP-dependent protease  33.04 
 
 		 684 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104115  hitchhiker  0.000644227 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1143  ATP-dependent protease  33.04 
 
 		 683 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2239  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  31.97 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00816781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3804  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  31.9 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4092  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  31.9 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4920  peptidase S14 ClpP  32.36 
 
 		 365 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.558143 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0695  ATP-dependent protease  33.47 
 
 		 689 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.265261  hitchhiker  0.00014029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2253  peptidase S14, ClpP  36.02 
 
 		 674 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0288659 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0586  Clp protease  37.36 
 
 		 247 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3249  peptidase S14, ClpP  35.41 
 
 		 667 aa  117  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1678  peptidase S14, ClpP  37.31 
 
 		 656 aa  116  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0660  Clp protease  39.89 
 
 		 248 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2853  peptidase S14 ClpP  39.55 
 
 		 564 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12086  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1378  Clp protease  39.89 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00455608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3971  peptidase S14, ClpP  36.92 
 
 		 216 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.269828 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2190  peptidase S14, ClpP  44.1 
 
 		 688 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000592191 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3590  peptidase S14 ClpP  42.37 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.226439  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4003  Clp protease  35.89 
 
 		 230 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2605  peptidase S14, ClpP  36.89 
 
 		 258 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7330  peptidase S14 ClpP  36.51 
 
 		 237 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.307077  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1086  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP, putative  37.02 
 
 		 242 aa  106  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2623  Clp protease  38.89 
 
 		 197 aa  106  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  36.31 
 
 		 620 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2473  peptidase S14 ClpP  33.67 
 
 		 227 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0399  ClpP protease family protein  36.46 
 
 		 229 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2835  peptidase S14 ClpP  36.46 
 
 		 229 aa  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0643  peptidase S14, ClpP  37.57 
 
 		 282 aa  99.8  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2501  peptidase S14 ClpP  37.89 
 
 		 280 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0361  peptidase S14, ClpP  38.04 
 
 		 280 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0990  peptidase S14, ClpP  38.04 
 
 		 280 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1720  peptidase S14, ClpP  37.7 
 
 		 247 aa  92.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1633  peptidase S14 ClpP  32.95 
 
 		 287 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0626  peptidase S14 ClpP  35 
 
 		 244 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0961  peptidase S14, ClpP  35.58 
 
 		 641 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.019957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4252  peptidase S14 ClpP  34.97 
 
 		 179 aa  87.8  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1253  peptidase S14, ClpP  35.91 
 
 		 226 aa  85.5  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3437  peptidase S14 ClpP  28.79 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2964  ClpP protease family protein  33.51 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03500  peptidase S14 ClpP  31.67 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3866  peptidase S14 ClpP  35 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220297 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1046  ClpP protease  34.78 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304732  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2068  putative ClpP-like protease  35.96 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2593  peptidase S14 ClpP  35.29 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.315454 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1629  peptidase S14, ClpP  35.81 
 
 		 242 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3317  peptidase S14, ClpP  35.96 
 
 		 279 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1484  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  33.71 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2700  phage protein  37.21 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.946322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6597  putative peptidase S14, ClpP  34.88 
 
 		 684 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1115  peptidase S14, ClpP  32.52 
 
 		 243 aa  75.5  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1304  peptidase S14 ClpP  32.46 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1543  peptidase S14, ClpP  30.81 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2389  peptidase S14, ClpP  33.12 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.142476  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4464  ClpP protease  30.1 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000555404 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1646  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  34.09 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6185  ClpP-type protease  29.02 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.141561  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1205  peptidase S14, ClpP  28.76 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0522889  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0013  putative endopeptidase  33.6 
 
 		 243 aa  62.8  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2021  peptidase S14, ClpP  32.05 
 
 		 245 aa  58.9  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2057  peptidase S14 ClpP  32.05 
 
 		 245 aa  58.9  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4258  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.2 
 
 		 240 aa  55.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.621412  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2808  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  29.77 
 
 		 208 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0596044  normal  0.977221 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1706  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  29.85 
 
 		 229 aa  53.9  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.103444  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_002620  TC0715  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  32.09 
 
 		 196 aa  53.1  0.000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1169  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.6 
 
 		 210 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.201865  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0776  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  28.57 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4545  endopeptidase Clp  28.48 
 
 		 216 aa  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.843015  normal  0.610335 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_14387  predicted protein  27.15 
 
 		 214 aa  51.2  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209543  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5772  peptidase S14 ClpP  31.71 
 
 		 400 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0418  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.41 
 
 		 222 aa  50.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.169971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1370  Endopeptidase Clp  26.85 
 
 		 207 aa  49.7  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4896  Endopeptidase Clp  29.05 
 
 		 219 aa  48.9  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.826169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1109  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  27.44 
 
 		 209 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.42074  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0396  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  30.99 
 
 		 200 aa  48.1  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1068  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.67 
 
 		 228 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11730  protease subunit of ATP-dependent protease  30.41 
 
 		 206 aa  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.533928  normal  0.37296 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0395  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.95 
 
 		 196 aa  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.208207  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2194  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  25.17 
 
 		 203 aa  47.4  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28390  protease subunit of ATP-dependent protease  30.07 
 
 		 197 aa  47.4  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10817 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0615  Endopeptidase Clp  27.78 
 
 		 202 aa  47.4  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0446476  normal  0.853287 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3190  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  27.08 
 
 		 215 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0240901  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1529  Endopeptidase Clp  26.39 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0209327  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2848  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.32 
 
 		 208 aa  47  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0259579 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0700  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.03 
 
 		 199 aa  47  0.0006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1071  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  26.21 
 
 		 259 aa  45.4  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.340083  normal  0.0736757 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2774  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  27.08 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.410804  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>