More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6185 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6185  ClpP-type protease  100 
 
 		 284 aa  576  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.141561  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1543  peptidase S14, ClpP  61.84 
 
 		 281 aa  337  9.999999999999999e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2501  peptidase S14 ClpP  50.81 
 
 		 280 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3866  peptidase S14 ClpP  50 
 
 		 280 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220297 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1046  ClpP protease  48.79 
 
 		 280 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1633  peptidase S14 ClpP  46.09 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0643  peptidase S14, ClpP  51.57 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0361  peptidase S14, ClpP  45.55 
 
 		 280 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0990  peptidase S14, ClpP  45.55 
 
 		 280 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4464  ClpP protease  45.02 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000555404 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2964  ClpP protease family protein  43.87 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3317  peptidase S14, ClpP  44.96 
 
 		 279 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2068  putative ClpP-like protease  44.96 
 
 		 279 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2593  peptidase S14 ClpP  42.86 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.315454 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1874  peptidase S14, ClpP  41.45 
 
 		 361 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0787  peptidase S14 ClpP  35.03 
 
 		 668 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0494258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3202  Clp protease domain protein  41.48 
 
 		 651 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.790281  hitchhiker  0.00227439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1864  Clp protease domain protein  41.48 
 
 		 651 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  41.48 
 
 		 1156 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0756  peptidase S14 ClpP  35.03 
 
 		 671 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3598  peptidase S14 ClpP  35.38 
 
 		 640 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0783  peptidase S14 ClpP  38.46 
 
 		 669 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.364039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0900  Clp protease domain protein  40.72 
 
 		 652 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3971  peptidase S14, ClpP  39.16 
 
 		 216 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.269828 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0695  ATP-dependent protease  38.92 
 
 		 689 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.265261  hitchhiker  0.00014029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  41.36 
 
 		 620 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2473  peptidase S14 ClpP  41.21 
 
 		 227 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1720  peptidase S14, ClpP  40.51 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0399  ClpP protease family protein  38.69 
 
 		 229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2835  peptidase S14 ClpP  38.69 
 
 		 229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0626  peptidase S14 ClpP  42.28 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7330  peptidase S14 ClpP  37.79 
 
 		 237 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.307077  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1071  ATP-dependent protease  36.81 
 
 		 684 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.146018  hitchhiker  0.00123703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1408  ATP-dependent protease  36.81 
 
 		 684 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104115  hitchhiker  0.000644227 
 
 
-
 
NC_002936  DET1086  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP, putative  38.71 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1081  peptidase S14 ClpP  35.56 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.631599  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1115  peptidase S14, ClpP  40.65 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2389  peptidase S14, ClpP  38.61 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.142476  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1061  peptidase S14, ClpP  35.56 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1143  ATP-dependent protease  36.26 
 
 		 683 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0586  Clp protease  35.33 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2605  peptidase S14, ClpP  37.57 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2700  phage protein  33.7 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.946322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2853  peptidase S14 ClpP  39.05 
 
 		 564 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12086  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3590  peptidase S14 ClpP  41.18 
 
 		 247 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.226439  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1378  Clp protease  36.93 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00455608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0660  Clp protease  36.93 
 
 		 248 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1678  peptidase S14, ClpP  32.07 
 
 		 656 aa  99.8  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6597  putative peptidase S14, ClpP  40.85 
 
 		 684 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2190  peptidase S14, ClpP  35.62 
 
 		 688 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000592191 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4252  peptidase S14 ClpP  36.23 
 
 		 179 aa  95.5  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2253  peptidase S14, ClpP  32.98 
 
 		 674 aa  95.5  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0288659 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2239  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  38.28 
 
 		 251 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00816781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3804  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  35.03 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4092  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  35.03 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3249  peptidase S14, ClpP  32.91 
 
 		 667 aa  94.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1253  peptidase S14, ClpP  36.36 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1629  peptidase S14, ClpP  40 
 
 		 242 aa  94  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0013  putative endopeptidase  35.71 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4920  peptidase S14 ClpP  36.87 
 
 		 365 aa  89.7  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.558143 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2623  Clp protease  39.67 
 
 		 197 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5772  peptidase S14 ClpP  40.74 
 
 		 400 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1646  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  38.1 
 
 		 229 aa  86.3  5e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03500  peptidase S14 ClpP  31.72 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4003  Clp protease  26.26 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3437  peptidase S14 ClpP  32.94 
 
 		 345 aa  82  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3045  ClpP protease, putative  30.23 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0206351  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1484  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  35.67 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0961  peptidase S14, ClpP  35.58 
 
 		 641 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.019957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3409  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  29.02 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.702089  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2021  peptidase S14, ClpP  34.81 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2057  peptidase S14 ClpP  34.81 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1304  peptidase S14 ClpP  32.76 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1198  peptidase S14 ClpP  29.05 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124862 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2151  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.37 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0319  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.43 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0202  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  33.33 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.211478  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0901  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  32.35 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1205  peptidase S14, ClpP  36.14 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0522889  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1527  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.14 
 
 		 218 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.73019  normal  0.314697 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28390  protease subunit of ATP-dependent protease  29.77 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10817 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2913  Endopeptidase Clp  33.56 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15461  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.68 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.614772 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1088  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  31.16 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.850787  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0628  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.57 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0289928  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0292  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.57 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2808  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  27.61 
 
 		 208 aa  58.5  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0596044  normal  0.977221 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09641  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  27.82 
 
 		 205 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.486621  normal  0.137034 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0691  Endopeptidase Clp  30.22 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.238496  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1448  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.41 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3232  endopeptidase Clp  30.83 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.124427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0197  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.37 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389971  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1519  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.6 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.169691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3055  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.41 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1830  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.37 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1338  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  30.15 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114529  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2956  endopeptidase Clp  31.11 
 
 		 197 aa  57  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.152745  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0752  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  31.58 
 
 		 211 aa  57  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2206  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.56 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1068  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  31.25 
 
 		 228 aa  57  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>