More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2389 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2389  peptidase S14, ClpP  100 
 
 		 351 aa  702    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.142476  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5772  peptidase S14 ClpP  45.83 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6597  putative peptidase S14, ClpP  50.27 
 
 		 684 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1874  peptidase S14, ClpP  43.98 
 
 		 361 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2501  peptidase S14 ClpP  44.03 
 
 		 280 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1633  peptidase S14 ClpP  34.14 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3971  peptidase S14, ClpP  36.7 
 
 		 216 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.269828 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2853  peptidase S14 ClpP  38.69 
 
 		 564 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12086  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2190  peptidase S14, ClpP  35.03 
 
 		 688 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000592191 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2473  peptidase S14 ClpP  37.5 
 
 		 227 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  40.27 
 
 		 620 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3866  peptidase S14 ClpP  40.51 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220297 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0900  Clp protease domain protein  28.82 
 
 		 652 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1046  ClpP protease  41.14 
 
 		 280 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304732  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2253  peptidase S14, ClpP  33.8 
 
 		 674 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0288659 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1408  ATP-dependent protease  27.58 
 
 		 684 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104115  hitchhiker  0.000644227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1071  ATP-dependent protease  27.58 
 
 		 684 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.146018  hitchhiker  0.00123703 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0643  peptidase S14, ClpP  35.58 
 
 		 282 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4252  peptidase S14 ClpP  40.74 
 
 		 179 aa  106  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0361  peptidase S14, ClpP  36.48 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0990  peptidase S14, ClpP  36.48 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1143  ATP-dependent protease  31.94 
 
 		 683 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1081  peptidase S14 ClpP  35.23 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.631599  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1061  peptidase S14, ClpP  35.23 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0626  peptidase S14 ClpP  41.73 
 
 		 244 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0787  peptidase S14 ClpP  31.31 
 
 		 668 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0494258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7330  peptidase S14 ClpP  36.46 
 
 		 237 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.307077  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2593  peptidase S14 ClpP  38.75 
 
 		 284 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.315454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4464  ClpP protease  41.95 
 
 		 282 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000555404 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2964  ClpP protease family protein  37.5 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0756  peptidase S14 ClpP  31.34 
 
 		 671 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6185  ClpP-type protease  38.65 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.141561  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0695  ATP-dependent protease  26.37 
 
 		 689 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.265261  hitchhiker  0.00014029 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1543  peptidase S14, ClpP  39.26 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1086  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP, putative  35.5 
 
 		 242 aa  99.8  6e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3202  Clp protease domain protein  32.34 
 
 		 651 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.790281  hitchhiker  0.00227439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  32.34 
 
 		 1156 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4003  Clp protease  28.87 
 
 		 230 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1864  Clp protease domain protein  32.34 
 
 		 651 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657309 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3598  peptidase S14 ClpP  30.96 
 
 		 640 aa  99.4  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3590  peptidase S14 ClpP  33.33 
 
 		 247 aa  99.4  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.226439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0783  peptidase S14 ClpP  34.57 
 
 		 669 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.364039 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0586  Clp protease  34.15 
 
 		 247 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0399  ClpP protease family protein  34.78 
 
 		 229 aa  96.3  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1678  peptidase S14, ClpP  31.88 
 
 		 656 aa  96.3  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1378  Clp protease  32.57 
 
 		 247 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00455608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0660  Clp protease  35.4 
 
 		 248 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1115  peptidase S14, ClpP  39.71 
 
 		 243 aa  95.9  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2835  peptidase S14 ClpP  33.7 
 
 		 229 aa  95.1  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2068  putative ClpP-like protease  38.27 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254217  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1720  peptidase S14, ClpP  34.13 
 
 		 247 aa  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3317  peptidase S14, ClpP  38.27 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2623  Clp protease  35.67 
 
 		 197 aa  89.7  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3249  peptidase S14, ClpP  30.05 
 
 		 667 aa  89  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2605  peptidase S14, ClpP  32.16 
 
 		 258 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1629  peptidase S14, ClpP  40.36 
 
 		 242 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03500  peptidase S14 ClpP  32.32 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1253  peptidase S14, ClpP  39.39 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2239  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  29.9 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00816781  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1646  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  34.48 
 
 		 229 aa  82.4  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3804  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  29.9 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4092  prophage LambdaBa02, Clp protease family protein  29.9 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3045  ClpP protease, putative  30.67 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0206351  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4920  peptidase S14 ClpP  30.34 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.558143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3409  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  33.54 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.702089  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2700  phage protein  32.84 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.946322 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0961  peptidase S14, ClpP  39.06 
 
 		 641 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.019957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2021  peptidase S14, ClpP  41.09 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2057  peptidase S14 ClpP  41.09 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1198  peptidase S14 ClpP  30.49 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124862 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0013  putative endopeptidase  31.5 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1304  peptidase S14 ClpP  30.05 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3437  peptidase S14 ClpP  28.99 
 
 		 345 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2511  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.93 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1531  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  30.3 
 
 		 208 aa  62  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.307133  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1484  protease subunit of ATP-dependent Clp protease  28.16 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1749  Endopeptidase Clp  27.7 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0934  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  28.87 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.593149  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0396  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  30.53 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1292  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  28.38 
 
 		 202 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0505091 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3055  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  27.97 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1265  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.37 
 
 		 209 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1459  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.28 
 
 		 202 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0954  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  28.87 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.02611  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1519  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.03 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.169691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3517  Endopeptidase Clp  29.79 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2645  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  27.46 
 
 		 202 aa  57  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.0470319 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2544  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.76 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00389922 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1305  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.24 
 
 		 197 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0017  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.36 
 
 		 195 aa  55.8  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2808  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  26.72 
 
 		 208 aa  55.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0596044  normal  0.977221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0776  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  26.53 
 
 		 215 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1247  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.46 
 
 		 196 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.063421 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0709  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.36 
 
 		 195 aa  55.8  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1128  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.08 
 
 		 202 aa  55.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4371  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.76 
 
 		 202 aa  55.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307002  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_002950  PG0418  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.23 
 
 		 222 aa  55.1  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.169971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3190  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.53 
 
 		 215 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0240901  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1209  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.08 
 
 		 202 aa  54.7  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0908  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.76 
 
 		 209 aa  55.1  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>