More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3954 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3954  PTS system transcriptional activator  100 
 
 
869 aa  1800    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0131  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.41 
 
 
915 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0683  AAA superfamily ATPase with N- receiver domain  30.88 
 
 
880 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0624  AAA superfamily ATPase with N- receiver domain  30.75 
 
 
909 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771481  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4788  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  31.02 
 
 
921 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.566133  normal  0.531695 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4889  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  31.02 
 
 
921 aa  376  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27762  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4948  sigma-54 interaction domain-containing protein  31.02 
 
 
921 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725422  normal  0.337098 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0120  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.83 
 
 
977 aa  261  4e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4597  sigma-54 factor, interaction domain-containing protein  37.75 
 
 
906 aa  251  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.956591  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0261  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.24 
 
 
901 aa  248  4e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2133  PTS system transcriptional activator  40.81 
 
 
892 aa  241  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3748  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.22 
 
 
897 aa  240  9e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00968283  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5324  transcription antiterminator, BglG family  43.69 
 
 
891 aa  239  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3278  sigma-54 dependent transcription regulator  42.41 
 
 
932 aa  237  7e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5635  transcription antiterminator, BglG family  43.37 
 
 
891 aa  236  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.396867  hitchhiker  0.00000000250243 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5052  BigG family transcription antiterminator  43.04 
 
 
891 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.309517  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4897  transcriptional antiterminator  43.04 
 
 
891 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0871125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5437  BigG family transcription antiterminator  43.04 
 
 
891 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.250784  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5293  transcription antiterminator, BglG family  43.04 
 
 
891 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5369  transcription antiterminator, BglG family  41.37 
 
 
891 aa  233  9e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000331131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4882  transcriptional antiterminator  42.72 
 
 
891 aa  233  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5313  BigG family transcription antiterminator  42.39 
 
 
358 aa  232  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4997  PTS system transcriptional activator  41.69 
 
 
892 aa  231  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2191  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.75 
 
 
437 aa  225  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4052  sigma-54 dependent transcription regulator  40.9 
 
 
932 aa  220  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0716366 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4103  sigma-54 dependent transcription regulator  40.9 
 
 
932 aa  220  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3998  sigma-54 dependent transcription regulator  40.6 
 
 
932 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3980  sigma-54 dependent transcription regulator  40.36 
 
 
932 aa  219  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.436261  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3323  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.38 
 
 
458 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.581416  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 
361 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.54 
 
 
623 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  33.07 
 
 
582 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.99 
 
 
599 aa  115  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  36.41 
 
 
641 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1407  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.74 
 
 
456 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2653  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.79 
 
 
482 aa  114  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2382  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.86 
 
 
454 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.598165  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  32.77 
 
 
581 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  34.1 
 
 
525 aa  112  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  32.77 
 
 
581 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.17 
 
 
545 aa  111  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  36.71 
 
 
630 aa  111  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  35.17 
 
 
545 aa  111  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0889  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.16 
 
 
457 aa  111  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.562969  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1417  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.46 
 
 
457 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.74 
 
 
457 aa  110  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 
455 aa  110  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  39.88 
 
 
419 aa  110  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0074  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.28 
 
 
453 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.67 
 
 
640 aa  110  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.61 
 
 
452 aa  110  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  35.78 
 
 
608 aa  110  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  35.44 
 
 
664 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01588  two-component system, response regulator  31.85 
 
 
464 aa  109  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.396226  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1443  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.06 
 
 
456 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.99 
 
 
476 aa  110  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0103  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.25 
 
 
519 aa  108  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000150576  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  34.14 
 
 
679 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.74 
 
 
457 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1656  sigma-54 activating ATPase  31.01 
 
 
386 aa  108  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0864275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  37.32 
 
 
624 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2937  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.06 
 
 
457 aa  109  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  33.33 
 
 
677 aa  108  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.05 
 
 
564 aa  108  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0883  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.03 
 
 
466 aa  108  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.77 
 
 
451 aa  108  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.53 
 
 
496 aa  108  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  31.68 
 
 
524 aa  107  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1319  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.5 
 
 
457 aa  107  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.4 
 
 
452 aa  107  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0833  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.03 
 
 
466 aa  107  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.96038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0879  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.03 
 
 
466 aa  107  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.35 
 
 
452 aa  107  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0948  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.92 
 
 
452 aa  107  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0266805  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.84 
 
 
576 aa  106  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  32.48 
 
 
485 aa  106  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1313  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.02 
 
 
470 aa  106  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  30.71 
 
 
664 aa  106  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.6 
 
 
508 aa  106  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001942  putative sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  32.37 
 
 
447 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.77 
 
 
360 aa  106  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3997  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  31.84 
 
 
455 aa  106  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2772  NifA subfamily transcriptional regulator  30.66 
 
 
516 aa  106  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229167  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  29.02 
 
 
501 aa  105  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  34.62 
 
 
363 aa  105  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  35.75 
 
 
629 aa  105  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0734  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.67 
 
 
477 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1522  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.35 
 
 
461 aa  105  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  34.6 
 
 
510 aa  105  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 
551 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  31.62 
 
 
507 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.91 
 
 
458 aa  105  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  35.75 
 
 
629 aa  105  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.26 
 
 
601 aa  105  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.36 
 
 
594 aa  105  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.58 
 
 
333 aa  105  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  34.04 
 
 
518 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.05 
 
 
483 aa  105  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  36.28 
 
 
580 aa  105  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3541  response regulator receiver protein  32.89 
 
 
1009 aa  105  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>