More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001942 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_001942  putative sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  100 
 
 
447 aa  919    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2674  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.19 
 
 
469 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.19 
 
 
469 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2849  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.19 
 
 
469 aa  519  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1407  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.95 
 
 
456 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2937  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.51 
 
 
457 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1443  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.51 
 
 
456 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1417  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.53 
 
 
457 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3709  sigma-54 factor, interaction region  53.91 
 
 
457 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3997  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  55.89 
 
 
455 aa  485  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1491  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.48 
 
 
449 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174924  hitchhiker  0.0000639824 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1319  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
468 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
468 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  44.11 
 
 
491 aa  340  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1901  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.4 
 
 
473 aa  319  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0172472 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 
503 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000181807 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5076  helix-turn-helix, Fis-type  44.12 
 
 
467 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3379  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.1 
 
 
352 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.270245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1133  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.11 
 
 
352 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1136  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.3 
 
 
466 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3376  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 
466 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0730  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
388 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3768  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.97 
 
 
365 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.251278  normal  0.151277 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3879  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.97 
 
 
365 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5077  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.76 
 
 
338 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0260  response regulator receiver domain-containing protein  51.57 
 
 
443 aa  302  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_003296  RS02227  sigma-54 interacting transcription regulator protein  49.84 
 
 
384 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.16 
 
 
351 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170653 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6043  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.42 
 
 
455 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174163  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01277  putative sigma-54 interacting response regulator protein  49.24 
 
 
443 aa  297  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.420993  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.58 
 
 
455 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4156  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
443 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.58 
 
 
455 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7013  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.16 
 
 
455 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624192  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4752  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
477 aa  296  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.102519  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1378  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
455 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713038  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6451  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
455 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5447  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.84 
 
 
455 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491011 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1004  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3034  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1982  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1382  putative sigma-54 interacting response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.134405  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2268  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.071991  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1293  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3163  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
456 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0273  sigma-54 specific transcriptional regulator, Fis famliy  49.51 
 
 
342 aa  288  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.090117  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4246  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.35 
 
 
400 aa  279  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.8 
 
 
467 aa  279  8e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2280  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
453 aa  277  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.65 
 
 
477 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4344  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
547 aa  276  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0144211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.78 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.37 
 
 
451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
451 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.62 
 
 
468 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.26 
 
 
454 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.95 
 
 
453 aa  269  5.9999999999999995e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.07 
 
 
466 aa  269  7e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.17 
 
 
453 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.32 
 
 
460 aa  267  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.24 
 
 
452 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.98 
 
 
447 aa  267  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.84 
 
 
456 aa  267  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.8 
 
 
454 aa  266  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.79 
 
 
454 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4674  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.75 
 
 
463 aa  266  7e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1827  helix-turn-helix, Fis-type  40.9 
 
 
465 aa  265  8.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
537 aa  265  8.999999999999999e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.06 
 
 
467 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.59 
 
 
448 aa  264  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  39.03 
 
 
517 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1641  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.84 
 
 
326 aa  264  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.448907  normal  0.233034 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.63 
 
 
458 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.81 
 
 
490 aa  264  3e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.3 
 
 
457 aa  264  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.66 
 
 
467 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.1 
 
 
474 aa  263  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.03 
 
 
457 aa  262  8e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.13 
 
 
469 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
450 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.67 
 
 
457 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  40.26 
 
 
466 aa  262  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.87 
 
 
433 aa  261  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
457 aa  261  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1377  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.98 
 
 
473 aa  261  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.490125  normal  0.921369 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  37.8 
 
 
448 aa  262  1e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.11 
 
 
457 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
445 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.18 
 
 
480 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3991  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.69 
 
 
346 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.1 
 
 
487 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4376  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.69 
 
 
346 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.262344  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
480 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.59 
 
 
549 aa  260  3e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
469 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.85 
 
 
461 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.41 
 
 
485 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  44.34 
 
 
539 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4257  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.63 
 
 
385 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.549795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>