101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2062 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2062  hypothetical protein  100 
 
 
238 aa  481  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2561  DTW  75.11 
 
 
243 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0180989  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1520  hypothetical protein  77.57 
 
 
237 aa  347  7e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0474866  normal  0.0473662 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2572  hypothetical protein  76.04 
 
 
243 aa  339  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328993  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2899  DTW  73.06 
 
 
243 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.124472  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3935  hypothetical protein  67.98 
 
 
246 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2845  DTW domain containing protein  71.96 
 
 
243 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.517511  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4026  DTW domain-containing protein  36.18 
 
 
199 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169478  normal  0.0883291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4520  DTW domain containing protein  34.67 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108637  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2058  DTW  34.65 
 
 
203 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.382489  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1391  DTW domain-containing protein  34.67 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3447  hypothetical protein  30.48 
 
 
209 aa  91.7  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1801  DTW domain-containing protein  33.67 
 
 
197 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26433  normal  0.410877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32830  DTW domain protein  33.67 
 
 
213 aa  90.1  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3812  DTW domain-containing protein  31.75 
 
 
199 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00599656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3947  DTW domain-containing protein  31.66 
 
 
200 aa  89  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1899  DTW domain containing protein  31.19 
 
 
203 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.369938  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1820  DTW domain containing protein  31.19 
 
 
202 aa  88.6  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0889  DTW domain-containing protein  28.43 
 
 
208 aa  87.4  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458899  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3749  DTW domain-containing protein  32.28 
 
 
188 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0256  DTW domain-containing protein  28.57 
 
 
197 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004037  hypothetical protein  30.96 
 
 
204 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.152409  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1728  hypothetical protein  32.49 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0343203  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1459  DTW  33.17 
 
 
197 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0198  DTW domain-containing protein  29.44 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4554  hypothetical protein  29.29 
 
 
197 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0326  DTW domain-containing protein  27.7 
 
 
201 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3739  DTW domain-containing protein  29.21 
 
 
241 aa  79.3  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0810655  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0198  DTW domain containing protein  28.93 
 
 
207 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3586  DTW domain-containing protein  28.72 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4137  DTW domain-containing protein  28.43 
 
 
207 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3822  DTW domain-containing protein  30.32 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0945  DTW domain-containing protein  28.23 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0983717  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3664  DTW  31 
 
 
199 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0140034  normal  0.15667 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3954  DTW domain-containing protein  27.27 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0299  DTW domain-containing protein  25 
 
 
203 aa  72  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1957  DTW domain-containing protein  30.96 
 
 
227 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1739  DTW domain-containing protein  27.86 
 
 
204 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.438659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1830  DTW domain-containing protein  31.05 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3914  hypothetical protein  31.98 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1758  DTW domain containing protein  30.65 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.370644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0091  DTW domain-containing protein  31.47 
 
 
215 aa  70.1  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00346625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46020  hypothetical protein  31.98 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.637513  normal  0.748876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4292  DTW domain-containing protein  28.43 
 
 
196 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.616546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1565  hypothetical protein  26.79 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0932097  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_93924  predicted protein  27.15 
 
 
252 aa  65.9  0.0000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0426424 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0863  DTW  24.06 
 
 
198 aa  64.3  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2829  DTW domain-containing protein  25.27 
 
 
200 aa  63.5  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2149  DTW domain-containing protein  25.52 
 
 
243 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1429  hypothetical protein  30.73 
 
 
201 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.57306  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3314  hypothetical protein  26.63 
 
 
201 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4270  DTW domain-containing protein  28 
 
 
181 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0664777 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04079  DTW domain containing protein  24.86 
 
 
194 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2431  DTW domain containing protein  29.76 
 
 
201 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109423  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2518  DTW domain containing protein  29.76 
 
 
201 aa  59.7  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0676  hypothetical protein  24.04 
 
 
183 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390701  unclonable  0.0000000107509 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2401  DTW domain-containing protein  28.07 
 
 
205 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663769  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0255  DTW domain-containing protein  29.41 
 
 
174 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3422  hypothetical protein  26.83 
 
 
202 aa  53.9  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4029  hypothetical protein  26.67 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.309235  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1535  hypothetical protein  25.68 
 
 
238 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1461  DTW domain containing protein  28.75 
 
 
246 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0317  DTW domain-containing protein  25.39 
 
 
211 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3493  hypothetical protein  37.04 
 
 
205 aa  52.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38500  hypothetical protein  28.65 
 
 
232 aa  52.4  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2613  hypothetical protein  29.44 
 
 
177 aa  52.4  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01424  hypothetical protein  26.67 
 
 
171 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0179  DTW  27.8 
 
 
199 aa  50.1  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.165291  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3956  DTW  27.48 
 
 
245 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.222792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17650  hypothetical protein  25.35 
 
 
238 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3747  DTW domain-containing protein  24.02 
 
 
234 aa  48.9  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410798  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002117  hypothetical protein  25.13 
 
 
201 aa  48.5  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2099  DTW domain-containing protein  23.68 
 
 
189 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2890  DTW  25.13 
 
 
247 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2978  hypothetical protein  22.39 
 
 
226 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0338202  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4284  DTW domain-containing protein  34.07 
 
 
241 aa  46.6  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2844  DTW domain protein  22.28 
 
 
226 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1085  DTW domain containing protein  22.86 
 
 
232 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.202356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2740  DTW domain-containing protein  22.86 
 
 
232 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.209586  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1094  DTW domain-containing protein  22.86 
 
 
232 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.158379  normal  0.0446057 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2760  DTW domain protein  21.78 
 
 
226 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00353783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2736  DTW domain-containing protein  23.74 
 
 
232 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00625703  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2862  DTW domain protein  22.39 
 
 
226 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  0.735331 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2870  DTW domain-containing protein  22.86 
 
 
232 aa  45.4  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.308845  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2953  DTW domain protein  22.86 
 
 
232 aa  45.4  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0352183  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2866  DTW domain-containing protein  22.39 
 
 
226 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3820  DTW domain protein  22.86 
 
 
232 aa  45.4  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00329477  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02477  hypothetical protein  22.86 
 
 
232 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02441  hypothetical protein  22.86 
 
 
232 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1236  DTW domain-containing protein  26.4 
 
 
236 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000731638 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1565  DTW domain-containing protein  33.82 
 
 
167 aa  43.9  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3007  DTW domain containing protein  32.39 
 
 
175 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000157344  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2286  DTW domain-containing protein  21.83 
 
 
247 aa  43.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384037 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3314  DTW domain containing protein  23.08 
 
 
248 aa  43.1  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1919  DTW domain-containing protein  24.86 
 
 
164 aa  42.7  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1289  DTW domain-containing protein  40.68 
 
 
244 aa  42.4  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1634  DTW domain containing protein  25.84 
 
 
236 aa  42  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4083  DTW domain-containing protein  25.84 
 
 
236 aa  42  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3342  DTW domain-containing protein  23.03 
 
 
228 aa  42  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.342433  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3464  DTW domain-containing protein  23.03 
 
 
249 aa  42  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0992214  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>