95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2899 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2899  DTW  100 
 
 		 243 aa  490  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.124472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2572  hypothetical protein  86.09 
 
 		 243 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328993  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2845  DTW domain containing protein  77.83 
 
 		 243 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.517511  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2561  DTW  75.76 
 
 		 243 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0180989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2062  hypothetical protein  72.29 
 
 		 238 aa  349  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3935  hypothetical protein  66.95 
 
 		 246 aa  318  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1520  hypothetical protein  66.36 
 
 		 237 aa  301  9e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0474866  normal  0.0473662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3947  DTW domain-containing protein  34.17 
 
 		 200 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3447  hypothetical protein  32.86 
 
 		 209 aa  95.5  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32830  DTW domain protein  34.62 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4026  DTW domain-containing protein  33.33 
 
 		 199 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169478  normal  0.0883291 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0198  DTW domain-containing protein  34.52 
 
 		 207 aa  89  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3586  DTW domain-containing protein  31.55 
 
 		 200 aa  89  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4520  DTW domain containing protein  31.84 
 
 		 199 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1391  DTW domain-containing protein  31.84 
 
 		 199 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1801  DTW domain-containing protein  33.83 
 
 		 197 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26433  normal  0.410877 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3812  DTW domain-containing protein  29.28 
 
 		 199 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00599656 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0198  DTW domain containing protein  34.01 
 
 		 207 aa  85.1  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3822  DTW domain-containing protein  32.98 
 
 		 188 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4137  DTW domain-containing protein  33.5 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004037  hypothetical protein  30.18 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.152409  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4554  hypothetical protein  32.32 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1565  hypothetical protein  29.28 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0932097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0889  DTW domain-containing protein  26.9 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3749  DTW domain-containing protein  31.91 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0326  DTW domain-containing protein  29.3 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1728  hypothetical protein  30.85 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0343203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0256  DTW domain-containing protein  30.39 
 
 		 197 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1459  DTW  31.16 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0945  DTW domain-containing protein  29.15 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0983717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1957  DTW domain-containing protein  29.33 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0299  DTW domain-containing protein  28.43 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3739  DTW domain-containing protein  28.02 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0810655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1758  DTW domain containing protein  29.41 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.370644  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3664  DTW  31.47 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0140034  normal  0.15667 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0863  DTW  26.88 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4292  DTW domain-containing protein  30.5 
 
 		 196 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.616546  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1830  DTW domain-containing protein  31.25 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2058  DTW  27.23 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.382489  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1820  DTW domain containing protein  26.73 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3954  DTW domain-containing protein  28.71 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1899  DTW domain containing protein  28.57 
 
 		 203 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.369938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46020  hypothetical protein  27.68 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.637513  normal  0.748876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4270  DTW domain-containing protein  33.33 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0664777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3914  hypothetical protein  30.46 
 
 		 203 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_93924  predicted protein  27.36 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0426424 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0091  DTW domain-containing protein  30.54 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00346625 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1739  DTW domain-containing protein  26.87 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.438659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2149  DTW domain-containing protein  25 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0317  DTW domain-containing protein  27.64 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002117  hypothetical protein  27.36 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2829  DTW domain-containing protein  24.87 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3314  hypothetical protein  26.63 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2401  DTW domain-containing protein  28.07 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3493  hypothetical protein  41.98 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0676  hypothetical protein  23.76 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390701  unclonable  0.0000000107509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2921  hypothetical protein  26.96 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04079  DTW domain containing protein  26.67 
 
 		 194 aa  57  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1429  hypothetical protein  29.47 
 
 		 201 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.57306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0255  DTW domain-containing protein  29.23 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2431  DTW domain containing protein  27.56 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109423  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2613  hypothetical protein  29.82 
 
 		 177 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2518  DTW domain containing protein  27.56 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01424  hypothetical protein  26.56 
 
 		 171 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1461  DTW domain containing protein  28.19 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3422  hypothetical protein  24.75 
 
 		 202 aa  52.4  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2099  DTW domain-containing protein  24.47 
 
 		 189 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3007  DTW domain containing protein  30.58 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000157344  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2978  hypothetical protein  23.61 
 
 		 226 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0338202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2760  DTW domain protein  23.61 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00353783  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2862  DTW domain protein  23.61 
 
 		 226 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  0.735331 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2866  DTW domain-containing protein  23.61 
 
 		 226 aa  49.3  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3616  hypothetical protein  25.16 
 
 		 152 aa  48.5  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.337798  hitchhiker  0.00610419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1565  DTW domain-containing protein  40.3 
 
 		 167 aa  48.5  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2844  DTW domain protein  23.15 
 
 		 226 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3747  DTW domain-containing protein  24.73 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410798  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2890  DTW  27.5 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0179  DTW  24.62 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.165291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2954  hypothetical protein  24.39 
 
 		 195 aa  43.5  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2540  DTW domain-containing protein  22.53 
 
 		 236 aa  43.9  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.565238 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4284  DTW domain-containing protein  32.97 
 
 		 241 aa  43.9  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2736  DTW domain-containing protein  23.91 
 
 		 232 aa  43.5  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00625703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2086  DTW domain-containing protein  24.62 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1094  DTW domain-containing protein  23.24 
 
 		 232 aa  43.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.158379  normal  0.0446057 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2740  DTW domain-containing protein  23.24 
 
 		 232 aa  43.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.209586  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1085  DTW domain containing protein  23.24 
 
 		 232 aa  43.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.202356  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2953  DTW domain protein  23.24 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0352183  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3820  DTW domain protein  23.24 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00329477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2870  DTW domain-containing protein  23.24 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.308845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3956  DTW  40 
 
 		 245 aa  42.4  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.222792  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1181  DTW  36.14 
 
 		 247 aa  42.4  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00304  hypothetical protein  25.57 
 
 		 170 aa  42.4  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02477  hypothetical protein  23.24 
 
 		 232 aa  42.4  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02441  hypothetical protein  23.24 
 
 		 232 aa  42.4  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38500  hypothetical protein  25.81 
 
 		 232 aa  42  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>