89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2572 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2572  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328993  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2899  DTW  86.09 
 
 		 243 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.124472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2561  DTW  76.13 
 
 		 243 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0180989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2845  DTW domain containing protein  79.13 
 
 		 243 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.517511  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2062  hypothetical protein  75.11 
 
 		 238 aa  352  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3935  hypothetical protein  68.51 
 
 		 246 aa  324  7e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1520  hypothetical protein  69.16 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0474866  normal  0.0473662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3947  DTW domain-containing protein  35.03 
 
 		 200 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1801  DTW domain-containing protein  36.18 
 
 		 197 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26433  normal  0.410877 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3586  DTW domain-containing protein  34.97 
 
 		 200 aa  96.3  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4026  DTW domain-containing protein  33.17 
 
 		 199 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169478  normal  0.0883291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1391  DTW domain-containing protein  33.67 
 
 		 199 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0256  DTW domain-containing protein  30.88 
 
 		 197 aa  90.5  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4520  DTW domain containing protein  33.67 
 
 		 199 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32830  DTW domain protein  33.16 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0889  DTW domain-containing protein  28.93 
 
 		 208 aa  89  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3812  DTW domain-containing protein  29.73 
 
 		 199 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00599656 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3447  hypothetical protein  31.43 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1728  hypothetical protein  34.52 
 
 		 199 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0343203  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3822  DTW domain-containing protein  32.66 
 
 		 188 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3749  DTW domain-containing protein  33.69 
 
 		 188 aa  85.5  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1957  DTW domain-containing protein  30.66 
 
 		 227 aa  85.5  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1758  DTW domain containing protein  34.02 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.370644  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0198  DTW domain-containing protein  30.96 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004037  hypothetical protein  30.45 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.152409  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4554  hypothetical protein  31 
 
 		 197 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1565  hypothetical protein  28.83 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0932097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0198  DTW domain containing protein  32.5 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0863  DTW  27.72 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3664  DTW  32.99 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0140034  normal  0.15667 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4137  DTW domain-containing protein  32.5 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0326  DTW domain-containing protein  30.19 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3739  DTW domain-containing protein  30.26 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0810655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2058  DTW  29.78 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.382489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1459  DTW  31.94 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0299  DTW domain-containing protein  27.92 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1820  DTW domain containing protein  28.44 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1899  DTW domain containing protein  29.46 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.369938  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3914  hypothetical protein  31.98 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1830  DTW domain-containing protein  31.73 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46020  hypothetical protein  30.36 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.637513  normal  0.748876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0945  DTW domain-containing protein  28.92 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0983717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3954  DTW domain-containing protein  29.7 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1739  DTW domain-containing protein  29.23 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.438659 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0091  DTW domain-containing protein  31.82 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00346625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4292  DTW domain-containing protein  29.21 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.616546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4270  DTW domain-containing protein  30.46 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0664777 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0255  DTW domain-containing protein  30.15 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_93924  predicted protein  26.42 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0426424 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0676  hypothetical protein  27.23 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390701  unclonable  0.0000000107509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2829  DTW domain-containing protein  26.11 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2149  DTW domain-containing protein  25.52 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1429  hypothetical protein  30 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.57306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2401  DTW domain-containing protein  29.24 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0317  DTW domain-containing protein  28.35 
 
 		 211 aa  62  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04079  DTW domain containing protein  27.22 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3493  hypothetical protein  41.98 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2431  DTW domain containing protein  30 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109423  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2518  DTW domain containing protein  30 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3314  hypothetical protein  27.22 
 
 		 201 aa  58.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1461  DTW domain containing protein  29.65 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2921  hypothetical protein  26.7 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002117  hypothetical protein  26.78 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01424  hypothetical protein  26.04 
 
 		 171 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2099  DTW domain-containing protein  24.6 
 
 		 189 aa  52.8  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2890  DTW  29.03 
 
 		 247 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2613  hypothetical protein  25.29 
 
 		 177 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2978  hypothetical protein  23.44 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0338202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2388  hypothetical protein  24.21 
 
 		 198 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3007  DTW domain containing protein  28.91 
 
 		 175 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000157344  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1565  DTW domain-containing protein  39.39 
 
 		 167 aa  48.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3747  DTW domain-containing protein  24.73 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410798  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2844  DTW domain protein  22.38 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38500  hypothetical protein  27.23 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2760  DTW domain protein  22.38 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00353783  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2862  DTW domain protein  22.38 
 
 		 226 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  0.735331 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2866  DTW domain-containing protein  22.38 
 
 		 226 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3422  hypothetical protein  24.37 
 
 		 202 aa  45.8  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4029  hypothetical protein  26.53 
 
 		 236 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.309235  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2954  hypothetical protein  22.39 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3956  DTW  26.92 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.222792  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0179  DTW  24.62 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.165291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2020  DTW domain containing protein  25.9 
 
 		 186 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.443073  hitchhiker  0.00543273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2540  DTW domain-containing protein  21.78 
 
 		 236 aa  42.4  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.565238 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4284  DTW domain-containing protein  31.87 
 
 		 241 aa  42.4  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3616  hypothetical protein  24.05 
 
 		 152 aa  42  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.337798  hitchhiker  0.00610419 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1085  DTW domain containing protein  22.77 
 
 		 232 aa  42  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.202356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2740  DTW domain-containing protein  22.77 
 
 		 232 aa  42  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.209586  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1094  DTW domain-containing protein  22.77 
 
 		 232 aa  42  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.158379  normal  0.0446057 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>