More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7540 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  100 
 
 		 156 aa  304  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  98.08 
 
 		 156 aa  300  6.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  79.73 
 
 		 172 aa  244  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  76.13 
 
 		 171 aa  237  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  76.13 
 
 		 171 aa  237  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  79.05 
 
 		 197 aa  236  8e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  58.11 
 
 		 174 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  58.11 
 
 		 169 aa  175  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  57.93 
 
 		 155 aa  174  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  56.08 
 
 		 169 aa  173  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  56.08 
 
 		 174 aa  173  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  58.11 
 
 		 160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  58.11 
 
 		 161 aa  169  9e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  55.41 
 
 		 169 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  57.24 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  53.33 
 
 		 163 aa  163  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  51.75 
 
 		 171 aa  148  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  51.75 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  51.75 
 
 		 171 aa  148  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  48.23 
 
 		 160 aa  142  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  47.55 
 
 		 160 aa  140  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  49.3 
 
 		 154 aa  140  5e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  46.85 
 
 		 160 aa  140  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  50.34 
 
 		 167 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  45.14 
 
 		 160 aa  137  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  46.58 
 
 		 171 aa  124  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  40.28 
 
 		 149 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  42.75 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  43.54 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  43.71 
 
 		 157 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  43.6 
 
 		 185 aa  114  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  43.71 
 
 		 155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  43.36 
 
 		 157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  44.76 
 
 		 165 aa  110  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  42.97 
 
 		 151 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  41.84 
 
 		 159 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  40.52 
 
 		 183 aa  104  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  38.41 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 134 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  37.86 
 
 		 134 aa  93.6  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  42.61 
 
 		 148 aa  92  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  37.14 
 
 		 134 aa  91.3  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  41.43 
 
 		 166 aa  89  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  38.03 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  87  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  87  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  37.32 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  87  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  37.14 
 
 		 135 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  36.73 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  35.95 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  36.49 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  35.95 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  35.86 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  37.68 
 
 		 143 aa  74.7  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  33.33 
 
 		 190 aa  73.9  0.0000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  32.86 
 
 		 143 aa  73.2  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  30.71 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  31.08 
 
 		 145 aa  72  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  37.86 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 156 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  34.53 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  34.53 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  34.53 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  32.89 
 
 		 159 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  28.57 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  30 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.64 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  32.41 
 
 		 174 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  32.47 
 
 		 155 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  28.57 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  36.46 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  32.03 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  36.17 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  32.68 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  32.67 
 
 		 155 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  40 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  32.45 
 
 		 156 aa  67.8  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  32.89 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  32.03 
 
 		 165 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  29.85 
 
 		 154 aa  67.8  0.00000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  32.09 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  32.48 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  35.14 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  29.37 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  33.58 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  33.11 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  29.2 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>