More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2676 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 174 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  87.93 
 
 		 169 aa  307  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  81.61 
 
 		 169 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  82.76 
 
 		 174 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  82.89 
 
 		 160 aa  269  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  80.77 
 
 		 161 aa  266  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  79.25 
 
 		 169 aa  266  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  62.67 
 
 		 154 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  62.16 
 
 		 155 aa  197  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  59.48 
 
 		 160 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  57.43 
 
 		 163 aa  188  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  55.97 
 
 		 197 aa  185  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  57.82 
 
 		 160 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  56.76 
 
 		 172 aa  181  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  57.14 
 
 		 160 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  56.08 
 
 		 160 aa  181  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  55.26 
 
 		 171 aa  179  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  55.26 
 
 		 171 aa  179  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  56.76 
 
 		 171 aa  177  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  56.76 
 
 		 171 aa  177  4.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  56.46 
 
 		 168 aa  176  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  56.67 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  56.08 
 
 		 156 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  55.94 
 
 		 154 aa  173  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  53.16 
 
 		 167 aa  163  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  53.28 
 
 		 171 aa  143  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  47.83 
 
 		 160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  47.55 
 
 		 153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  44.16 
 
 		 160 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  44.52 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  44.23 
 
 		 157 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  44.16 
 
 		 155 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  44.16 
 
 		 157 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  42.77 
 
 		 165 aa  117  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  43.75 
 
 		 159 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  40.99 
 
 		 165 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  46.56 
 
 		 151 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  42.97 
 
 		 148 aa  108  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  37.91 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  38.98 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  44.37 
 
 		 166 aa  98.2  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  34.57 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  36.48 
 
 		 158 aa  95.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  36.6 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  36.6 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  32.76 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  35.03 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  34.69 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  35.12 
 
 		 177 aa  78.2  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  35.12 
 
 		 177 aa  78.2  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  34.27 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  33.11 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  33.15 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  31.25 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  32.37 
 
 		 155 aa  74.7  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  35.03 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  31.08 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  30.72 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  34.12 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  35.82 
 
 		 156 aa  74.3  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  32.95 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  35.06 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  31.43 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  33.09 
 
 		 136 aa  72  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  34.27 
 
 		 159 aa  72  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  30.6 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  35 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  35 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  35 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  28.47 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  26.81 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>