More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2466 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  77.46 
 
 		 177 aa  285  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  77.46 
 
 		 177 aa  284  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2230  NusB antitermination factor  79.07 
 
 		 186 aa  281  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.965888  hitchhiker  0.00121319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  77.4 
 
 		 181 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  72.67 
 
 		 177 aa  251  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  72.05 
 
 		 187 aa  243  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  70.12 
 
 		 173 aa  241  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  74.17 
 
 		 176 aa  239  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  55.03 
 
 		 176 aa  175  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  47.62 
 
 		 167 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  48.84 
 
 		 171 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 155 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  49.36 
 
 		 161 aa  154  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  51.03 
 
 		 171 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  51.09 
 
 		 145 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  50.75 
 
 		 155 aa  148  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  43.5 
 
 		 166 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  46.81 
 
 		 163 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  46.48 
 
 		 158 aa  131  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  47.52 
 
 		 144 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  47.1 
 
 		 145 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  47.52 
 
 		 144 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  44.76 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 159 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  41.82 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 159 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  44.59 
 
 		 158 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 145 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 145 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 145 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  43.36 
 
 		 145 aa  122  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 145 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 145 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  42.34 
 
 		 147 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  42.34 
 
 		 147 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 159 aa  121  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0493  NusB antitermination factor  44.3 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.298968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  43.75 
 
 		 169 aa  118  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  39.31 
 
 		 165 aa  118  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  39.31 
 
 		 165 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 131 aa  115  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  44.53 
 
 		 148 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  41.35 
 
 		 149 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2070  NusB antitermination factor  36.41 
 
 		 375 aa  109  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  37.28 
 
 		 166 aa  109  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 174 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2393  NusB antitermination factor  37.29 
 
 		 315 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  41.3 
 
 		 161 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  40.4 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  39.44 
 
 		 196 aa  105  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2284  NusB antitermination factor  34.18 
 
 		 252 aa  105  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0460977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  34.88 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  34.88 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  34.88 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  41.61 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  39.84 
 
 		 134 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  36.42 
 
 		 187 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  39.06 
 
 		 134 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  101  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  39.26 
 
 		 140 aa  101  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  40.44 
 
 		 138 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 		 140 aa  100  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 144 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  36.72 
 
 		 134 aa  98.2  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  35.62 
 
 		 155 aa  97.4  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  40.46 
 
 		 135 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  36.72 
 
 		 134 aa  97.1  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  38.51 
 
 		 150 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  96.3  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  39.2 
 
 		 138 aa  95.5  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  39.2 
 
 		 138 aa  95.5  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  39.2 
 
 		 138 aa  95.5  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  39.2 
 
 		 138 aa  95.5  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  95.1  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  95.1  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  95.1  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  41.41 
 
 		 139 aa  92.8  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  37.31 
 
 		 138 aa  92.8  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  36.72 
 
 		 134 aa  92.8  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  36.3 
 
 		 155 aa  91.7  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  37.6 
 
 		 139 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>