More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_11450 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 
159 aa  328  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  99.37 
 
 
159 aa  327  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  80.5 
 
 
159 aa  271  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  85.5 
 
 
131 aa  241  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  67.74 
 
 
166 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  67.1 
 
 
166 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  64.6 
 
 
165 aa  215  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  64.6 
 
 
165 aa  214  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  65.81 
 
 
166 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  65.81 
 
 
166 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  65.81 
 
 
166 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  57.79 
 
 
158 aa  183  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
150 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  61.59 
 
 
140 aa  167  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  60.61 
 
 
135 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  59.09 
 
 
134 aa  164  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  57.46 
 
 
149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  49.7 
 
 
166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  48.15 
 
 
174 aa  161  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  50.35 
 
 
145 aa  157  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  52.9 
 
 
158 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  48.94 
 
 
144 aa  155  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  53.79 
 
 
134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  53.79 
 
 
134 aa  153  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  48.23 
 
 
144 aa  154  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  56.06 
 
 
134 aa  153  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  53.03 
 
 
134 aa  153  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  56.92 
 
 
134 aa  153  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  52.59 
 
 
148 aa  152  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  52.55 
 
 
140 aa  150  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  52.03 
 
 
155 aa  149  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  51.35 
 
 
155 aa  149  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  52.03 
 
 
155 aa  149  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  49.33 
 
 
171 aa  148  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  50.68 
 
 
156 aa  147  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  52.55 
 
 
138 aa  147  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  54.55 
 
 
133 aa  146  9e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  48.98 
 
 
161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  56.91 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  49.66 
 
 
187 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  56.1 
 
 
138 aa  144  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  56.1 
 
 
138 aa  144  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  48.91 
 
 
145 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  48.91 
 
 
145 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  56.1 
 
 
138 aa  144  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  48.91 
 
 
145 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  49.64 
 
 
145 aa  144  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  50.36 
 
 
145 aa  145  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  58.54 
 
 
139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  52.24 
 
 
139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  57.72 
 
 
139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  46.71 
 
 
155 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  43.57 
 
 
147 aa  143  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  43.57 
 
 
147 aa  143  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  48.18 
 
 
145 aa  142  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  56.1 
 
 
139 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  52.21 
 
 
187 aa  141  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  44.03 
 
 
166 aa  141  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  48.18 
 
 
145 aa  140  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  48.18 
 
 
145 aa  140  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  56.91 
 
 
139 aa  140  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00364  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.997296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0498  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  45.51 
 
 
159 aa  139  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00368  hypothetical protein  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.801313  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  46.21 
 
 
167 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  55.28 
 
 
139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  49.25 
 
 
155 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  45.71 
 
 
145 aa  137  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  50.74 
 
 
173 aa  137  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  51.11 
 
 
144 aa  136  8.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  40.72 
 
 
176 aa  136  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  43.4 
 
 
171 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  42.21 
 
 
161 aa  134  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  47.92 
 
 
145 aa  134  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>